Film mali açıdan başarılı olmasına ve eleştirmenler tarafından oldukça iyi karşılanmasına rağmen, olay örgüsü önemli eleştiriler aldı. Filmin konusu bir parça kurgu olmasına rağmen kısmen gerçeklik payı vardır. Gerçek hikâyede iki fark vardı: birincisi, Enigma makinasını ilk ele geçirenler HMS Bulldog'ın İngiliz mürettebatıydı. Bu makine Alman U-110 denizaltısından, Mayıs 1941'de, Kuzey Atlantik'te, Amerika Birleşik Devletleri'nin savaşa girmesinden önce ele geçirildi. İkincisi, gerçek U-571 ele geçirilmedi ve Ocak 1944'te İrlanda açıklarında Avustralya Kraliyet Hava Kuvvetleri tarafından batırıldı. Bu yanlışlıkların neden olduğu öfke Britanya Parlamentosuna ulaştı ve Başbakan Tony Blair filmin İngiliz denizcilere bir "hakaret" olduğunu kabul etti.
Film, müttefik kuvvetlerinin yük gemilerinin Alman U-boatlar tarafından batırılmasını engellemek için nasıl uğraştıklarını anlatan bir özetle başlar. Sahne, bir İngiliz yük gemisini torpidolayıp batıran U-571'e döner. Dakikalar sonra, sonarcı, yüksek hızda yaklaşan bir pervane sesini fark eder. Kaptan, periskobu çevirir ve yaklaşmakta olan müttefiklere ait düşman destroyerini görür. Destroyer sualtı bombaları bırakır ve U-571 hasar görür. Aldığı hasardan dolayı tekrar su üstüne çıkmak zorunda kalır. Denizaltının bataryaları bitmiş, dizel motorları kullanılamaz hale gelmiş ve motorları çalıştıran tüm mürettebat da ölmüştür. Bunun üzerine Alman U-571'in kaptanı Kapitänleutnant (Yüzbaşı) Günther Wassner (Thomas Kretschmann), telsizcisine Berlin'e bir yardım çağrısı (SOS) göndermesini emreder fakat bu yardım çağrısının şifresi Amerikan istihbaratı tarafından yakalanır ve çözülür. Bunun üzerine ABD Donanması, Enigma adı verilen bu kodlama cihazı makinasını çalmaya karar verir. Bunun için U-571'i batırmaya çalışmak üzere denizaltı S-33'ü bir Alman ikmal U-botuna benzeyecek şekilde modifiye etmiştir. S-33 mürettebatı görevi almadan önce denizaltının subayı Teğmen Tyler, kendi denizaltının komutasını Yüzbaşı Dahlgren tarafından bloke edilmesinden memnun değildir.
Fırtınalı bir gecede, S-33'ün Alman askeri kılığına girmiş Amerikalı mürettebatı U-571'e yaklaşır. Denizaltıya Teğmen Tyler ve birkaç asker adım atar. Onları SOS çağrılarına yardım geldiğini zanneden denizaltının kaptanı ve diğer Alman mürettebatı sevinçle karşılar fakat bir Alman askeri onların düşman asker olduğunu anlar ve silahlı çatışma çıkar. Amerikalılar onları alt eder. U-571'i emniyete aldıktan sonra, Amerikan S-33 denizaltısı, oraya ulaşan Alman ikmal denizaltısı tarafından torpillenip batırılır. Dahlgren güverteden havaya uçar ve ağır yaralanır; Denizde mücadele ederken kurtarılmayı reddeder ve ele geçirilen denizaltıya binmelerini ve derhal suya dalmalarını emreder. Tyler, U-571'in komutasını alır ve yüzeyin altına dalar, burada daha sonra Alman ikmal denizaltısına saldırıp batırırlar.
Geminin bazı onarımlarını yaptıktan ve gücünü geri kazandırdıktan sonra Tyler, hasarlı denizaltıyı Cornwall'daki Land's End'e yönlendirmeye karar verir. Bununla birlikte, U-571'in Amerikalılar tarafından el koyulduğunun farkında olmayan bir Alman keşif uçağı tarafından tespit edilirler. Yakınlardaki bir Alman muhrip, kendilerine bazı mürettebatı gönderir ancak Alman askerleri Denizaltıya tam yaklaştıklarında, Tyler onlara silah çeker ve geri dönmelerini söyler. Denizaltı daha sonra su altı bombalarını düşürmeye başlayan Alman muhripinin altına dalar. U-571'in komutanı yüzbaşı Wassner tutulduğu yerden kaçar ve Tyler'ın mürettebatından birini öldürür motorları sabote eder ve yakalanıp etkisiz hale getirilir.
Alman muhrip, derinlik bombalarını düşürmeye devam eder. U-571, 600 fit'in (180 m) altına düşer ve yüksek su basıncından zarar görür. Batmaya başlarlar ve bunu ancak kontrolsüz bir şekilde yükselerek tersine çevirebilirler. Tyler, mürettebattan Trigger'a kalan tek torpidoyu fırlatabilmek için sintineye dalmasını emreder.
Trigger, su basmış bölmenin içinde nefes almak için bir hava hortumu kullanır. Kıç tüpüne giden hava valfini kapatır, ancak ulaşamadığı ikinci bir sızıntı bulur. Mürettebat, Wassner'in zincirlenmiş olmasına rağmen, komutanı olduğu denizaltısının ele geçirildiğine dair bir sinyal vermek için demirlere vurup Mors Kodu kullandığını anlar ve bu nedenle Hirsch onu öldürür. U-571, son torpidosunu ateşleyemeyecek şekilde ağır hasar görmüştür ve içeriyi su basmaya başlar. Onları takip eden muhrip, ana toplarıyla ateş eder: hasar pimleri Trigger'in ayağı, hava hortumunun ulaşamayacağı bir yerde olduğu için geri dönemez, boğulmadan önce vanayı kapatmayı başarır. Ölümüne pahasına bunu başarınca torpidonun ateşlenmek için hazır olduğunu gösteren gösterge aktif hale gelir. Tyler bunu hemen farkeder, Tank'a torpidoyu ateşlemesini emreder; Alman muhrip, torpidodan kaçacak manevrayı yapamaz ve tam isabetle batırılır. Mürettebat rahat bir nefes alırken Tank, Trigger'ın boğularak öldüğünü bildirir. Ancak, denizaltı ciddi hasar almıştır ve bu yüzden mürettebat ellerinde Enigma ile Alman denizaltısını terk eder. Sonunda ABD Donanması'ndan PBY Catalina gemisi tarafından tespit edilirler, cankurtaran botları ile kurtarılırlar. Güvertede U-571'i dalgaların altından sonsuza dek batarken izlerler.
