I 2007 var han stiftede partner for Bertelsen & Scheving Arkitekter, der med restaurerede historiske bygninger med udgangspunkt i en særlig viden om kulturarv, byen og de økonomiske og sociale mekanismer, der styrer, udvikler og fortæller byens historie. Jens Bertelsen har bl.a. stået for den omfattende transformation af en nedlagt fabrik til det nuværende Københavns Erhvervsakademi (KEA) Campus Empire, udvikling af tanken om mikro-haver i Sundholm (nomineret til MIPIM Award) samt gesamtkunstwerk’et Angles and Ghosts (2006) sammen med billedkunstneren Erik A. Frandsen ved Langkjær Gymnasium. Han blev i 2012 udnævnt til Kongelig bygningsinspektør for inspektorat 3 & 4, der bl.a omfattede Amalienborg, Christiansborg Slot, Fredensborg Slot m.v.
Jens Bertelsen var som kongelig bygningsinspektør fast tilknyttet Sorø Akdademi, hvor han efterfølgende gennemførte en omfattende restaurering af Sorø Klosterkirke, der bl.a omfattede et nyt tag af bly, genåbning af de oprindelige døre samt fjernelse af den historicistiske indgangsportal, og dermed genskabte perspektivet, der giver et langt vue mod Holbergs grav tegnet af Johannes Wiedewelt.
I 2022 afhændede han tegnestuen til Over Byen Arkitekter og reaktiverede i 2023 tegnestuen Arkitekt Bertelsen, der primært er beskæftiget med restaurering, transformation og bevaring af bygninger med udgangspunkt i arkitektoniskkulturarv.
Jens Bertelsen er også en anerkendt formidler som bogforlægger og udstillingskurator. Han har sideløbende drevet bogforlaget Aristo, der står bag en række præmierede bøger sammen med fotografen Jens Lindhe om bl.a. kulturarv, historiske bygninger og arkitektur og bogsamarbejder med kunstnere, som fx Morten Stræde og Ingvar Cronhammar.
PixelHaveBy, Sundholm Syd, parallelopdrag og lokalplan for Københavns Kommune, 2009-10.
Rosenhuset. Renovering af den fredede tidl. administrationsbygning på Tuborg tegnet af Anton Rosen for Københavns Byggestyring og Realdania A/S 2007-2009.
Enhedskole ved Havnen, folke- og gymnasieskole for Ingrid Jespersens Gymnasieskole, del af “Havebyen der danner serier af pauser”, byudviklingsplan for Nordhavnen, København. Indkøb i konkurrence 2008.
“Havebyen der danner serier af pauser”, byudviklingsplan for Nordhavnen, København. Indkøb i konkurrence 2008, s.m. Breimann & Bruun Garten- u. Landschaftsarchitekten MAA, Hamburg, og Niras A/S 2008
F38, forretningsejendom på Strøget i København, Frederiksberggade 38, Tetris A/S, 2009.
“De hemmelige haver”, nybyggeri kontorer og strategi for renoveringer af ejendomskompleks og gårdrum ved Købmagergade, København. For Oskar Jensen Ejendomme A/S 2008.
Café og restaurant Oonaco, indretning og belysning i det fredede Stellinghus tegnet af Arne Jacobsen1937, København, for MGCF&B 2007-08.
Mindepark og besøgcenter Bernauerstrasse, Berlin. Konkurrence, s.m. Breimann & Bruun Garten- u. Landschaftsarchitekten MAA, Hamburg 2007
PAD furniture, Beijing, indretning af møbelhus, 2007
Centro Cultural Managua, Nicaragua 1988-94, projektleder for restaurering og ombygning af tidl. hotel til kulturhus, støttet af Danida og Norad.
Almennyttige boliger, “Nonnebanken”, Herfølge1983, ansat hos Jordsal, Bech & Thomsen.
Publikationer og grafiske arbejder
Ulrik Plesner: In Situ. Arkitektoniske erindringer fra Sri Lanka. Selvbiografi med fokus på årene i Sri Lanka og samarbejdet med Geoffrey Bawa. Aristo forlag, 2012. 451 sider, rigt illustreret.