Archaeoglobaceae

Archaeoglobaceae
REM-Aufnahmen von A. fulgidus Stamm 7324
Systematik
Domäne: Archaeen (Archaea) Reich: Methanobacteriati Stamm: Methanobacteriota Klasse: Archaeoglobi Ordnung: Archaeoglobales Familie: Archaeoglobaceae
Wissenschaftlicher Name
Archaeoglobaceae
Huber & Stetter 2002

Archaeoglobaceae bezeichnet eine Familie von Archaeen im Phylum Methanobacteriota (früher „Euryarchaeota“ genannt). Alle bekannten Gattungen der Archaeoglobaceae sind hyperthermophil (extrem hitzeliebend) und kommen in der Nähe von Hydrothermalquellen im Meer vor. In der gegenwärtig akzeptieren Taxonomie sind die Archaeoglobaceae die einzige Familie in der Ordnung Archaeoglobales, die wiederum die einzige Ordnung in der Klasse Archaeoglobi ist. Metagenomik-Daten legen jedoch die Existenz weiterer Mitglieder in der Ordnung und der Klasse nahe.

Metabolismus

Auch wenn sie alle phylogenetisch miteinander verwandt sind, unterscheiden sich die Gattungen der Archaeoglobaceae in Einzelheiten ihres Stoffwechsels. Die Archaeen der Gattung Archaeoglobus sind chemoorganotrophe und sulfatreduzierend. Sie sind die einzigen bekannten Vertreter der Archaeen, die über diese Art des Stoffwechsels verfügen (Stand 2005). Die Mitglieder der Gattung Ferroglobus sind hingegen chemolithotrophe Organismen und verbinden die Oxidation von Eisen mit der Reduktion von Nitrat. Die Vertreter der Gattung Geoglobus sind eisenreduzierende Archaeen, die Wasserstoffgas oder organische Verbindungen als Energiequelle nutzen.

Systematik

Die hier angegebene Taxonomie basiert auf folgenden Quellen:

• (L) – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)
• (N) – National Center for Biotechnology Information (NCBI)
• (G) – Genome Taxonomy Database (GTDB).

Die unter Einbeziehung von Metagenomik-Daten erstellte GTDB teilt etliche der Gattungen und Spezies aus der herkömmlichen Systematik auf.

Referenzstämme sind durch ein hochgestelltes T (ᵀ – englisch type) gekennzeichnet, die Typ-Taxa sind fett wiedergegeben. Stand: Anfang März 2023.

Klasse Archaeoglobi Garrity & Holt 2002^(G,L,N)

• Ordnung Archaeoglobales Huber & Stetter 2002^(G,L,N)
  • Familie Archaeoglobaceae Huber & Stetter 2002^(G,L,N)
    • Gattung Archaeoglobus Stetter 1988^(G,L,N)

      In der GTDB sind einige der zugehörigen Arten abgespaltet und in neuen Gattungen mit den provisorischen Bezeichnungen Archaeoglobus_A, Archaeoglobus_B und Archaeoglobus_C untergebracht.^(G)

    • Gattung Ferroglobus Hafenbradl et al. 1997^(L,G,N)
      • Spezies Ferroglobus placidus Hafenbradl et al. 1997^(L,G,N)
        • Stamm AEDII12DOᵀ^(L,N) alias DSM:10642ᵀ^(L,G,N)
          – Fundort: Italien, Hydrothermalfeld vor Insel Vulcano^(N)
      • Spezies Ferroglobus sp015520115^(G) [Ferroglobus sp. isolate S146_9^(N)]
        • Stamm S146_9ᵀ^(G,N)
          – Fundort: Pazifik, Brothers Volcano
    • Gattung Geoglobus Kashefi et al. 2002^(L,G,N)
    • Gattung „Candidatus Methanomixotrophus“ corrig. Liu et al. 2020^(L) [„Ca. Methanomixophus“ Liu et al. 2020^(L)]
      • Spezies „Ca. Methanomixotrophus dualis“ corrig. Liu et al. 2020^(L) [„Ca. Methanomixophus dualitatem“ Liu et al. 2020^(L)]
        • Stamm WYZ-LMO1ᵀ alias LMO1ᵀ^(L)
        • Stamm [WYZ-]LMO3 alias LM03
          – Fundort: Yellowstone-Nationalpark, Washburn Hot Springs (bzw. Obsidian Pool)
      • Spezies „Ca. Methanomixotrophus hydrogenitrophicus“ corrig. Liu et al. 2020^(L) [„Ca. Methanomixotrophus hydrogenitrophicum“ Liu et al. 2020^(L)]
        • Stamm in16ᵀ
          – Fundort: China, Jiangsu Erdölreservoir
    • Gattung „Candidatus Methanoproducendum“ Hua et al. 2019
      • Spezies „Ca. Methanoproducendum senex“ Hua et al. 2019
        • Stamm GMQP bin_32ᵀ
          – Fundort: China, Tengchong, Heiße Quelle GuMingQuan
    • Gattung JdFR-37^(G)
      • Spezies JdFR-37 sp002010215^(G) [Archaeoglobus sp. JdFR-37^(N)]
        • Stamm JdFR-37ᵀ^(G,N)
          – Fundort: Pazifik, Fluide der basaltischen Kruste^(N)(N) am Juan-de-Fuca-Rücken (JdFR)
  • Familie JdFR-42^(G)
    • Gattung JdFR-42^(G)
      • Spezies JdFR-42 sp002010305^(G) [Archaeoglobi archaeon JdFR-42^(N)]
        • Stamm JdFR-42ᵀ^(G,N)
          – Fundort: Pazifik, Fluide in der basaltischen Flanke des Juan-de-Fuca-Rückens^(N) (JdFR)
  • Mitglieder der Ordnung Archaeoglobales incertae sedis

    • Spezies Archaeoglobales archaeon ex4484_92^(N)
      • Stamm ex4484_92ᵀ^(G,N) (GTDB:Failed Quality Check)
        – Fundort: Golf von Kalifornien, Guaymas Basin^(N)

• Ordnung JdFR-21^(G)
  • Familie JdFR-21^(G)
    • Gattung JdFR-21^(G)
      • Spezies JdFR-21 sp002011165^(G) [Euryarchaeota archaeon JdFR-21^(N)]
        • Stamm JdFR-21ᵀ^(G,N)
          – Fundort: Pazifik, Bodenfluide des Juan-de-Fuca-Rückens^(N) (JdFR)

• Mitglieder der Klasse Archaeoglobi incertae sedis

  • Spezies Archaeoglobi archaeon isolate WYZ-LMO2^(N)
    • Stamm WYZ-LMO2^(N)

Phylogenie

Anmerkungen:

※ – „Archaeoglobus species-group 2“

In eckigen Klammern ist vermerkt, in welchen Gattungen sich die Archaeoglobus-Arten nach dem in der GTDB vorgenommenen Split wiederfinden.

Anmerkungen

1. ↑ Die 16S-rRNA-Daten legen eine Zugehörigkeit von Archaeoglobus infectus zur Gattung mit der provisorischen Bezeichnung Archaeoglobus_A nahe, um Monophylie zu gewährleisten.

Weiterführende Literatur

Weblinks

Wikispecies: Archaeoglobaceae – Artenverzeichnis

• Sayers, Schoch et al.: Archaeoglobaceae. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database, abgerufen am 5. Juni 2021 (englisch). 
• Galina Slobodkina, Maxime Allioux, Alexander Merkel, Marie-Anne Cambon-Bonavita, Karine Alain, Mohamed Jebbar, Alexander Slobodkin: Physiological and Genomic Characterization of a Hyperthermophilic Archaeon Archaeoglobus neptunius sp. nov. Isolated From a Deep-Sea Hydrothermal Vent Warrants the Reclassification of the Genus. In: Frontiers in Microbiology, Sektion Extreme Microbiology, Band 12; 16. Juli 2021; doi:10.3389/fmicb.2021.679245, ResearchGate:353294464 (englisch).
• Archaeoglobaceae, auf: Species2000
• MicrobeWiki: Suche: Archaeoglobaceae. Kenyon College, Department of Biology
• J. P. Euzéby: Archaeoglobaceae. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), abgerufen am 17. November 2021. 
• Archaeoglobaceae, auf Lifemap NCBI Version
• Archaeoglobi, auf OneZoom
• Archaeoglobaceae, auf LifeGate

Einzelnachweise

1. 1 2 3 4 Sayers, Schoch et al.: Archaeoglobaceae. National Center for Biotechnology Information (NCBI) Taxonomy database, abgerufen am 5. Juni 2021 (englisch). 
2. 1 2 J. P. Euzéby: Archaeoglobaceae. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), abgerufen am 17. November 2021. 
3. 1 2 Archeoglobi (class). In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 20. Juni 2022 (englisch). 
4. ↑ M. T. Madigan, J. T. Martinko: Brock Biology of Microorganisms. 11th Auflage. Pearson Prentice Hall, 2005 (englisch). 
5. ↑ Sayers, Schoch et al.: MAG: Ferroglobus sp. isolate S146_96,… National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide, abgerufen am 5. März 2023 (englisch).  Die angegebenen Koordinaten zeigen auf den Brothers Volcano im Pazifik.
6. 1 2 3 4 Yi-Fan Liu, Jing Chen, Livia S. Zaramela, Li-Ying Wang, Serge Maurice Mbadinga, Zhao-Wei Hou, Xiao-Lin Wu, Ji-Dong Gu, Karsten Zengler, Bo-Zhong Mu: Genomic and Transcriptomic Evidence Supports Methane Metabolism in Archaeoglobi. In: ASM Journals: mSystems, Band 5, Nr. 2, 17. März 2020; doi:10.1128/mSystems.00651-19, PMC 7380581 (freier Volltext), PMID 32184369 (englisch).
7. ↑ LPSN: Species "Candidatus Methanomixotrophus dualis" corrig. Liu et al. 2020.
8. ↑ Washburn Hot Springs. Auf Mapcarta (de).
9. ↑ Washburn Hot Springs. Topographische Karte auf Natural Atlas.
10. 1 2 3 Zheng-Shuang Hua, Yu-Lin Wang, Paul N. Evans, Yan-Ni Qu, Kian Mau Goh, Yang-Zhi Rao, Yan-Ling Qi, Yu-Xian Li, Min-Jun Huang, Jian-Yu Jiao, Ya-Ting Chen, Yan-Ping Mao, Wen-Sheng Shu, Wael Hozzein, Brian P. Hedlund, Gene W. Tyson, Tong Zhang, Wen-Jun Li: Insights into the ecological roles and evolution of methyl-coenzyme M reductase-containing hot spring Archaea. In: Nature Communications, Band 10, Nr. 4574, 8. Oktober 2019; doi:10.1038/s41467-019-12574-y, PMC 6783470 (freier Volltext), PMID 31594929 (englisch).
11. ↑ Mackenzie M. Lynes, Viola Krukenberg, Zackary J. Jay, Anthony J. Kohtz, Christine A. Gobrogge, Rachel L. Spietz, Roland Hatzenpichler: Diversity and function of methyl-coenzyme M reductase-encoding archaea in Yellowstone hot springs revealed by metagenomics and mesocosm experiments. In: Nature: ISME Communications, Band 3, Nr. 22, 22. März 2023 (englisch).
12. ↑ The LTP. Abgerufen am 10. Mai 2023 (englisch).  „The All-Species Living Tree“. Dazu:
    • Tree: LTP_all_06_2022.ntree, Newick-Format
    • Release Notes: LTP_06_2022 Release Notes. Abgerufen am 10. Mai 2023 (englisch). 
13. ↑ GTDB release 08-RS214. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 10. Mai 2023 (englisch).  Dazu:
    • Tree: ar53_r214.sp_label, Newick-Format
    • Historie: Taxon History. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 10. Mai 2023 (englisch).