Stygiolobus

Stygiolobus ist eine Gattung von Archaeen in der Familie Sulfolobaceae. Typusart ist Stygiolobus azoricus.

Beschreibung

Die Mitglieder der Gattung Stygiolobus, repräsentiert durch ihre Typusart S. azoricus mit Referenzstamm FC6, sind anaerobe, extrem thermoacidophile (hitze- und säureliebende) Archaeen der Ordnung Sulfolobales. Wie in der Erstbeschreibung 1991 berichtet, konnten die Isolate FC6, FC4 und RG1 bei 80 °C und einem pH-Wert von 3,0 (fast so sauer wie Essig) kultiviert werden. Die FC6-Zellen lysieren bei pH-Werten über etwa 7,5 bis 8. Für die 1991er Erstbeschreibung wurden insgesamt 11 anaerobe Proben aus kochenden Solfatarquellen, Schlamm und Böden auf der Azoren-Insel São Miguel entnommen. Die Temperatur- und pH-Bereiche vor Ort lagen zwischen 72 und 102 °C bzw. pH 2,0 und 5,5. Im Detail:

Die Zellwände enthalten Muraminsäure und Meso-Diaminopimelinsäure (2,6-Diaminopimelinsäure, DAP). Der G+C-Gehalts beträgt etwa 38 mol%. Die 1991er Analysen legten eine Klassifizierung in die Familie Sulfolobaceae (Ordnung Sulfolobales) nahe. Aufgrund ihrer streng anaeroben Lebensweise, der fehlenden signifikanten DNA-Homologie mit anderen Mitgliedern der Sulfolobales und ihres G+C-Gehalts unterschieden sich die drei Stämme jedoch von den vier zuvor beschriebenen Gattungen dieser Ordnung, was Anlass für die Aufstellung der damals neuen Gattung Stygiolobus mit ihrer Typusart gab.

Artenliste

Die derzeit akzeptierte Taxonomie basiert auf der List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) und dem National Center for Biotechnology Information (NCBI), ergänzt um Einträge aus der Genome Taxonomy Database (GTDB), Stand: 26. Dezember 2025:

Gattung (Biologie) Stygiolobus Segerer et al. 1991^(L,N,G) [Stygiolobus Segerer et al. 1991 emend. Sakai et al. 2022^(N)]

• Spezies Stygiolobus azoricus Segerer et al. 1991^(L,N,G) (Typusart^(L,G))
  • Stamm DSM 6296^(L,N) alias JCM 9021^(L,N) oder FC6^(L,N,G) – Fundort: Furnas Caldeiras, São Miguel, Azoren
  • Stamm FC4 – Fundort: Furnas Caldeiras, São Miguel, Azoren
  • Stamm RG1 – Fundort: Caldeiras da Ribeira grande, São Miguel, Azoren

• Spezies Stygiolobus caldivivus Sakai et al. 2022^(L) [Stygiolobus sp. KN-1^(N)]
  • Stamm JCM 34622 alias KCTC 4293^(L,N) oder KN-1^(L,N,G) – Fundort: Dai Kyokan Jigoku, Präfektur Nagasaki. Japan

• Spezies Stygiolobus sp037389425^(G) [Stygiolobus sp. CP850M^(N), Stygiolobus sp. RP850M^(N), Stygiolobus sp. CP8521M^(N), Stygiolobus sp. CP859M^(N), [Sulfolobaceae archaeon RBS.bin.8]
  • Stamm CP850M^(N,G) – Fundort: Cinder Pool (CP), im Bogen des Tantalus Creek nordwestlich vom Constant Geyser, One Hundred Spring Plain (OSP), Yellowstone-Nationalpark, USA^(N)
  • Stamm CP8521M^(N,G) – Fundort: ebenda^(N)
  • Stamm CP859M^(N,G) – Fundort: ebenda^(N)
  • Stamm RP850M^(N,G) – Fundort: Realgar Spring/Pond (RP), Norris-Geysir-Becken, Yellowstone-Nationalpark, USA^(N)
  • Stamm RSEP2^(G) – Fundort: ENVO:0000207, Thermalquelle im Yellowstone Lake, Yellowstone-Nationalpark, USA^(G)
  • Stamm RBS.bin.8^(G) – Fundort: 'Red Bubbler' Spring (RBS) am Tantalus Creek, West-Südwest vom Rediscovered Geyser Norris-Geysir-Becken, Yellowstone-Nationalpark, USA

• L – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ)
• N – Taxonomie des National Center for Biotechnology Information (NCBI)
• G – Genome Taxonomy Database (GTDB)

Wo nicht anders angegeben ist der erste Stamm (bzw. das erste MAG) Typusstamm (englisch type strain) für die jeweilige Spezies.

Viren

Stygiolobus-Vertreter werden von Viren der Familie Rudiviridae parasitiert, darunter dem Stygiolobus rod-shaped virus (SRV; Spezies Azorudivirus furnasense, früher Azorudivirus SRV) mit stäbchenförmigen Virionen. SRV hat ein lineares dsDNA-Genom mit einer Länge von 28.096 bp (Basenpaaren).

Etymologie

Der Gattungsname Stygiolobus setzt sich zusammen aus dem lateinischen Adjektiv stygius ‚vom Styx‘, ‚zum Styx gehörig‘, ‚aus der Unterwelt‘; sowie lobus ‚Lappen‘. Der Name bezeichnet also einen lappigen Organismus aus dem Hades lobe; N.L. masc. n. Stygiolobus.

• Das Art-Epitheton azoricus ist ein neulateinisches Adjektiv mit der Bedeutung ‚von den Azoren‘, ‚zu den Azoren gehörig‘, was sich auf den Ort der erstmaligen Isolation der Art bezieht.

• Das Art-Epitheton caldivivus setzt sich zusammen aus den lateinischen Adjektiven caldus ‚heiß‘ und vivus ‚lebend‘, es verweist damit auf einen in einer heißen Umgebung lebenden Organismus.

Weiterführende Literatur

• Gisle Vestergaard, Shiraz A. Shah, Ariane Bize: ​Stygiolobus Rod-Shaped Virus and the Interplay of Crenarchaeal Rudiviruses with the CRISPR Antiviral System. In: Journal of Bacteriology, Band 190, Nr. 20, 15. Oktober 2008, S. 6837​–6845; doi:10.1128/JB.00795-08, PMC 2566220 (freier Volltext), PMID 18723627 (englisch).
• Karl O. Stetter: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Hrsg.: J. T. Staley, M. P. Bryant, N. Pfennig, J. G Holt. 1. Auflage. Band  3. The Williams & Wilkins Co., Baltimore 1989, Order III. Sulfolobales ord. nov. Family Sulfolobaceae fam. nov., S. 169 (englisch). 

Einzelnachweise

1. 1 2 3 4 5 6 7 8 LPSN: Genus Stygiolobus Segerer et al. 1991.
2. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 Andreas H. Segerer, Antonio Trincone, Manfred Gahrtz, Karl O. Stetter: ​Stygiolobus azoricus gen. nov., sp. nov. represents a novel genus of anaerobic, extremely thermoacidophilic archaebacteria of the order Sulfolobales. In: International Journal of Systematic Bacteriology (International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology), Band 41, Nr. 4, 1. Oktober 1991, S. 495–501; doi:10.1099/00207713-41-4-495 (englisch).
3. 1 2 3 NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Stygiolobus, Details: Segerer et al. 1991 (genus), homotypic synonym: Stygiolobus Segerer et al. 1991 emend. Sakai et al. 2022; graphisch: Stygiolobus, auf Lifemap.
4. 1 2 3 4 GTDB: Stygiolobus.
5. 1 2 Koichi Nakamura, Norio Kurosawa, Hiroyuki D. Sakai: Complete Genome Sequence of a Novel Thermoacidophilic and Facultatively Anaerobic Crenarchaeon, Stygiolobus sp. Strain KN-1. In: Environmental Microbiology: Microbiology Resource Announcements, Band 10, Nr. 39, 30. September 2021; doi:10.1128/mra.00581-21, ResearchGate:354971203 (englisch).
6. ↑ Dai Kyokan Jigoku. Auf: Google Maps.
7. 1 2 NCBI: Genome assembly ASM3224893v1. GCA_032248935.1: Sulfolobaceae archaeon RBS.bin.8.
8. ↑ Constant Geyser. Auf GeoNames.
9. ↑ Realgar Spring. Auf: GeoNames.
10. ↑ Rediscovered Geyser. Auf MapCarta (de).
11. ↑ ICTV: Taxon name: Azorudivirus furnasense. Dazu:
    • ICTV: 2020.141B.R.Rudiviridae.zip (docx & xlsx).
    • NCBI Taxonomy Browser: Stygiolobus rod-shaped virus.
    • NCBI Nucleotide: Stygiolobus rod-shaped virus.