Arheogeneetika on iidse DNA uurimine kasutades erinevaid molekulaargeneetilisi meetodeid ja DNA ressursse. Võib ka öelda, et arheogeneetika tegeleb nii inimeste kui ka loomade ja taimede geneetilise materjali uurimisega, et saada teadmisi evolutsiooni kohta.
Iidset DNA-d saab ekstraheerida erinevatest kivistunud proovidest, sealhulgas luudest, munakoortest ja kunstlikult säilitatud kudedest inimeste ja loomade proovides. Taimedes saab iidset DNA-d eraldada seemnetest ja kudedest.
Arheogeneetika abil saadakse geneetilisi tõendeid muistsete populatsioonirühmade rände, kodustamise sündmuste ning taimede ja loomade evolutsiooni kohta.
Mõiste "arheogeneetika" võttis kasutusele arheoloog Colin Renfrew.
2021. aasta veebruaris teatasid teadlased, et mammuti jäänustest saadi kätte üle miljoni aasta vanune DNA, mis kunagi järjestatud.
Arheogeneetika uurimisharu ulatub tagasi Ludwik ja Hanka Hirszfeldi ning Arthur Mouranti inimveregruppide uurimiseni. Luca Cavalli-Sforza uuris pikka aega Euroopa eelajaloolise elanikkonna veregruppe ja avaldas tulemused oma raamatus "The History and Geography of Human Genes" 1994. aastal. Otsustava läbimurde saavutas Allan Wilson, kes analüüsis geneetilist materjali molekulaarbioloogia abil. 1967. aastal jõudis ta kromosoomide hübridisatsioone kasutades järeldusele, et inimesed ja šimpansid eraldusid alles umbes kuus miljonit aastat tagasi. 1987. aastal esitas ta seejärel mitokondriaalse Eeva hüpoteesi.
Eestis on arheogeneetika koolkonna rajanud Richard Villems. Tema juhtimisel toimus aastatel 2014–2019 teadusprojekti "Täisgenoomse ajastu koidik arheogeneetikas" raames uurimistöö, milles osalesid Tartu Ülikooli genoomika instituudi teadurid (põhitäitjad Ene Metspalu, Siiri Rootsi, Maere Reidla ja Mait Metspalu).
Tartu Ülikooli ajaloo ja arheoloogia instituudis on laboratoorse arheoloogia professori Aivar Kriiska üks peamisi uurimissuundi arheogeneetika.