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En 2005, il crée la direction du développement culturel de l’institut national de recherches archéologiques préventives (Inrap) qu’il dirige jusqu’en 2013. Dans ce cadre, il organise plusieurs colloques scientifiques, dont un colloque sur l’«Archéologie du judaïsme en France et en Europe» (2010),.
En , il est nommé directeur du Musée d’Art et d’Histoire du Judaïsme à Paris (MAHJ),. Dans ce cadre, il a notamment organisé les colloques «Archéologie du judaïsme en France et en Europe» (2010) dont les actes ont été publiés en 2011 (Inrap / La Découverte), «Saint-Louis et les juifs» (2014), «L’antisémitisme en France – XIXe – XXIesiècle» (2016), «Juifs et protestants: cinq siècles de relations en Europe» (2017), «Le judaïsme: une tache aveugle dans le récit national?» (2019) et «Archéologie du judaïsme en France en Europe» (avec Philippe Blanchard et Amélie Sagasser, 2022).
En 2021, il publie l'ouvrage Archéologie du Judaïsme en France qui éclaire la présence juive en France durant l’Antiquité et complète les rares informations sur le premier Moyen Âge. Dans Livre Hebdo, Jean-Claude Perrier note à cette occasion que Paul Salmona plaide «pour le développement des recherches visant à redonner aux Juifs la place qui fut la leur à travers 2000 ans de notre histoire, sachant que le judaïsme est encore minoré dans les domaines archéologique, universitaire ou artistique. (...) Qu’on donne à Paul Salmona une chaire quelque part». Face à la montée de l'antisémitisme, Paul Salmona estime que la participation des Juifs à l'histoire de France mérite d'être redécouverte et mise en avant.
1984: «Dédale 84. Création et nouvelles technologies», Circa, centre culturel de rencontres de la Chartreuse de Villeneuve-lès-Avignon (commissaire adjoint)
1999-2000: «L’empire du Temps – Mythes et créations», au musée du Louvre (conseiller des commissaires)
L’Archéologie du judaïsme en France et en Europe, sous la direction de Paul Salmona et Laurence Sigal, Paris, La Découverte, 2011, (ISBN9782707166944),
Saint Louis et les juifs – Politique et idéologie sous le règne de Louis IX, sous la direction de Paul Salmona et Juliette Sibon, Paris, Éditions du Patrimoine, 2015, (ISBN275770446X),
Art et histoire du Judaïsme. Un abécédaire, sous la direction de Paul Salmona, Paris, Flammarion, 2018, (ISBN9782081427143)
Juifs et protestants – Parcours croisés 1517-2017 (avec Patrick Cabanel), Le Cheylard, éditions Dolmazon, 2020 (ISBN9782911584725)
Les juifs, une tache aveugle dans le récit national, sous la direction de Paul Salmona et Claire Soussen, Albin Michel, 2021 (ISBN9782226459824)
Archéologie du Judaïsme en France, éditions La Découverte - INRAP - musée d’art et d’histoire du Judaïsme, 2021
Archéologie du judaïsme en Europe (avec Philippe Blanchard et Amélie Sagasser, dir.), Paris, CNRS Editions-Inrap-mahJ, 2023
Articles
«Le judaïsme médiéval en France: une présence oubliée» (avec Laurence Sigal), Paris, Le Monde,
«Nos ancêtres les juifs d’Europe», dossier coordonné par Paul Salmona, Paris, L’Arche n° 620,
“Les archives du sol”, in «Le Patrimoine», Textes et documents pour la classe, CNDP,
«Archéologie», in Leselbaum J. et Spire A. (dir.), Dictionnaire du judaïsme français depuis 1944, Paris, Armand Colin-Le Bord de l’eau, 2013
“Un descubriment capdal per a la historia de l’Europa medieval”, in Tragedia al call – Tàrrega 1348, Tàrrega, Museu Comarcal de l’Urgell, 2014,
«Effets de temps», in Moshe Ninio – Lapse (cat. exp.), Paris, musée d’art et d’histoire du Judaïsme, 2016
«Présences, expulsions et reconstitutions de communautés juives en France», in Archéologie des migrations, La Découverte, 2017
«Replacer les objets au sein d’une évocation globale des cultures du judaïsme: le musée d’art et d’histoire du judaïsme à Paris», in Du lieu de culte à la salle de musée – Muséologie des édifices religieux, sous la direction de Claire Merleau-Ponty, Paris, L’Harmattan, 2017
«La présence juive de l’Antiquité à la fin du Moyen Âge est absente du récit national», Paris, Le Monde,
«Histoire d’une acquisition majeure», in Helmar Lerski. Pionnier de la lumière (cat. exp.), Paris, Gallimard, 2018.
«Perspectives archéologiques», dans Savants et Croyants. Les juifs d’Europe du Nord au Moyen Âge, sous la direction de Nicolas Hatot et Judith Olszowy-Schlanger, Gand et Rouen, Snoek-musées de Rouen, 2018.
«L’archéologie des communautés juives européennes» (avec Philippe Blanchard), in Une Histoire des civilisations. Comment l’archéologie bouleverse nos connaissances, sous la direction de Jean-Paul Demoule, Dominique Garcia et Alain Schnapp, Paris, La Découverte, 2018.
«Le rouleau d'Esther de Gérard Garouste», in Gérard Garouste et l'école des prophètes (cat. exp.), Lieu de mémoire du Chambon-sur-Lignon, 2019 (ISBN9782952951371).
«Adolfo Kaminsky, photographe clandestin», in Adolfo Kaminsky – Changer la donne, Paris, Cent Mille milliards, 2019.
«A quoi sert la mise au ban de Maurras par la justice si l’amnésie vient la recouvrir?», Le Monde,
«Visée mémorielle, geste artistique et contresens historique: le monument de Dani Karavan à Gurs», L’Arche, mai-, p. 28-29.
«Dissolution de Civitas: “Faire des juifs de France des étrangers relève d’une falsification”», Le Monde,
«Traces archéologiques de la présence juive dans l’Antiquité et au premier Moyen Âge», in Sylvie Anne Goldberg (dir.), Histoire juive de la France, Paris, Albin Michel, , p. 52-56.
«La synagogue médiévale de Rouen», in Goldberg 2023, p.107
«Vestiges et oubli de la présence juive médiévale», in Goldberg 2023, p.243-248
«Un cimetière judéo-ibérique à La Bastide-Clairence», in Goldberg 2023, p.286
“Une note de bas de page dans le Malet et Isaac”, in «Juif visible / Juif invisible», Plurielles n° 24, Revue culturelle pour un judaïsme humaniste et laïque, 2023
«Latrines. Ce qui reste de Rivesaltes», in Formes de la ruine (cat. exp.), musée des Beaux-Arts de Lyon, Liénart, 2024, p. 419-420
«Un antisémitisme au noir dans Les allées du salon», in Le Journal des arts, 2024
“Archéologie des cimetières juifs médiévaux en France”, in «Les cimetières juifs en France: histoire, mémoire, patrimoine», Archives juives n° 57, PUF, 2024, p. 25-50.
«D’un pogrom à l’autre. Chana Orloff et son héritage», in Danielle Cohen-Levinas (dir.), Le monde d’après. 7 octobre 2023, Paris, Cerf, 2024, p. 55-59.
“Las colecciones arqueológicas judías en los museos franceses”, in Arturo Ruiz Taboada (dir.), Toledo en la gestión de la nueva arqueología judía en Europa, Madrid, Ministerio de Cultura, 2024, p. 179-195
“Archéologie de la présence juive en France”, in «Les juifs en France. L’histoire oubliée», Revue des deux mondes, mai-juin 2024.
«L’archéologie demain», entretien croisé avec Benoît Bérard, Valérie Delattre, Valérie Matoïan et Réjane Roure, dans Anne Lehoërff et Nicolas Grimal (dir.), L’archéologie française en France et à l’étranger. Assises scientifiques, Académies des Inscriptions et Belles Lettres – ministère de la Culture, 2024.
«Commentaire», in Nurith Aviv, Filmer la parole, Paris, Exils, 2025, p. 211-216.
“Le réseau des musées engagés. Pour que les musées soient des lieux familiers”, entretien croisé avec Constance Rivière et Olivier Cogne, recueilli par Isabel Nottaris et David Fernandes, in «Engagement et militance», Lettre de l’Ocim n° 211, .
«Une conception symphonique du musée. Michel Laclotte et l’auditorium du Louvre», Predellajournal of visual arts, n° 57, 2025.
«Retour sur les campagnes archéologiques de Gérard Nahon dans les cimetières judéo-ibériques de La Bastide-Clairence, Bidache et Peyrehorade dans les années 1960», Seizième siècle, n° 27, automne 2025.
↑Pierre Aimar, «Exposition Jean-Nicolas Gérard et ses invités, Maison de la céramique, Dieulefit, du 19 juillet au 28 septembre 2014», Sortir ici et ailleurs, magazine des arts et des spectacles, (lire en ligne, consulté le )
↑Céramique française 1970–2000: Donation France et Wolfgang Kermer, Sarreguemines, Édition Musées de Sarreguemines, 2018 (ISBN978-2-91375-924-4), p. 70, pl. coul.
