Années 1990 : mémoire de l'esclavage et de la traite transatlantique
Au cours des années 1990, Victor Bouadjio s'investit dans les questions relatives à la mémoire de la traite transatlantique et de l'esclavage. Il exerce notamment la fonction de vice-président de l'association Les Anneaux de la Mémoire, dans le cadre de laquelle il participe à des travaux de recherche, de sensibilisation et d'échanges culturels liés à l'histoire de la traite négrière. Il prend notamment part aux activités organisées autour de l'exposition internationale Les Anneaux de la Mémoire : Nantes, Europe, Afrique, Amériques, présentée au château des ducs de Bretagne à Nantes du 4 décembre 1992 au 29 mai 1994.
En 1998, il publie Esclavage, 150 ans après, inspiré d'une controverse survenue lors d'une conférence commémorant à Nantes le 150e anniversaire de l'abolition de l'esclavage : un historien y refuse de qualifier la traite des Noirs de génocide ou de crime contre l'humanité, tandis qu'un intervenant africain affirme que les Africains sont désormais libérés des dominations étrangères et peuvent construire leur avenir. Bouadjio interroge la persistance des représentations raciales et des mécanismes d’intériorisation de la domination. Il défend une reconquête de la mémoire et des savoirs africains comme préalable à une véritable émancipation, ainsi que l'affirmation d'une souveraineté politique et culturelle africaine qui dépasserait le ressentiment historique.
Institut Ébena et diffusion des savoirs africains
A partir de 1996, Victor Bouadjio développe sa propre activité associative, sous le nom d'Institut Tandem du Monde Noir, qui deviendra plus tard l'Institut Ébena, dont il est le président. En 2004, il développe et met en place, dans le cadre de son association, le Salon du livre africain d'Angers ainsi qu'une activité éditoriale consacrée aux thématiques africaines et aux valeurs immatérielles de l'Afrique.
Victor Bouadjio collabore notamment avec le sociologue et anthropologue malien Many Camara, vice-président de l'Institut Ébena et co-organisateur du Salon du livre africain d'Angers. Ensemble, ils publient Les Routes des Savoirs : L'Afrique, dans 20 ans ?, édité par les éditions Ébena en 2010. Bouadjio et Camara interviennent également dans le cadre d'un cycle de conférences de l'Institut municipal d'Angers de la saison 2009-2010, intitulé L'Afrique et la diaspora noire face aux grands enjeux du XXIe siècle, organisé en partenariat avec l'Institut Ébena.
