Folyamatos, szigorú titoktartás övezte a tervezést, egészen addig, míg 1988. április 20-án az USAF közzéadott egy, a gépet ábrázoló rajzot.
A hivatalos bemutató november 22-én történt, az első prototípus 1989. július 17-én repült. Összesen 135 gép építésére érkezett megrendelés, 120 gépnek hidrogénbomba hordozására is alkalmasnak kellett lennie. Végül 21 gép épült meg, ennek oka elsősorban a megváltozott nemzetközi politikai helyzet, másodsorban a repülőgép igen magas gyártási ára, ami elérte a 2,2 milliárd dollárt darabonként.
Harctéri alkalmazása
A B-2-es első harci alkalmazása a koszovói háborúban történt 1999-ben, és ez a repülő dobta le az első JDAM "okos" GPS irányítású bombákat a háborúban.
A repülőgép szolgált Afganisztánban is, ahol a leghosszabb légi misszió is nevéhez köthető. Az iraki háború során 680 000kg bombát dobott le, köztük 583 JDAM okos bombát is. 2011 márciusában bevetéseket teljesített a líbiai "no-fly" zónákban is.
2011 májusában az Osama bin Laden elleni légicsapást is ezzel a géppel kívánták végrehajtani Pakisztánban, de a várhatóan magas számú civil áldozatok miatt ezt az akciót törölték.
2017. január 18-án egy ISIS elleni akció során közel 100 milicistát ölt meg egy kiképzőtábor lebombázása során.
A Spirit of Kansas2008. február 23-án nem sokkal a guami felszállást követően lezuhant, a személyzet sikeresen elhagyta a gépet, ezek után azonban felszállási tilalommal sújtották a típust, amelynek feloldása 2008. április 23-án történt meg. A B-2 flotta ezzel 20 gépre fogyatkozott. A baleset oka a gépek Pitot-csövébe került víz volt, ami a felszállás előtt a csövek bekapcsolt fűtése miatt felforrt, így a felszállás alatt a berendezés a valósnál nagyobb sebességet mutatott, így a gép kis magasságon átesett.
A Missouri államban lévő 509. bombázó ezred kötelékében szolgál 19 gép (Whiteman Air Force Base).
