Rosetta@home

Rosetta@home
FejlesztőBaker Laboratórium (Washingtoni Egyetem)
Rosetta Commons
Első kiadás2005. október 16.
Operációs rendszerplatformfüggetlen
PlatformBerkeley Open Infrastructure for Network Computing
Állapotaktív
Kategória
  • fehérjeszerkezet-előrejelzés
  • volunteer computing
  • Berkeley Open Infrastructure for Network Computing projects
  • szabad szoftver
A Rosetta@home weboldala

A Rosetta@home a Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC) platformon futó elosztott számítási projekt. A Washingtoni Egyetem Baker Laboratóriumában futó program célja a fehérjeszerkezet-előrejelzés, valamint új fehérjemolekulák tervezése. Az ötvenötezer önkéntes számítógépeinek összekapcsolásával futó szoftver teljesítménye 2020. szeptember 19-én 487 946 GigaFLOPS. A Foldit online videójáték a crowdsourcing modelljét alkalmazva járul hozzá ezen célokhoz. A Rosetta@home-ot a proteomika (fehérjevizsgálat) mellett a malária, Alzheimer-kór és más megbetegedések kutatására is használják. A szoftverbe építendő komponensek alfatesztelése a RALPH@home projekt keretein belül zajlik.

A többi BOINC-projekthez hasonlóan a Rosetta@home a számítógép üresjáratát használja a számítások elvégzésére; az eredményeket a központi szerverre küldi, majd ellenőrzést követően közös adatbázisba kerülnek. A felhasználók hozzájárulásaikat a program képernyővédőjén követhetik nyomon.

A projekt keretében a szerkezeti bioinformatika új eljárásait is kutatják; az eredményeket más szoftverekhez (például RosettaDock) használják fel. A rendszer két fontos komponense a CASP és CAPRI; előbbi célja a fehérjeszerkezet-előrejelzés, utóbbié pedig a fehérjék molekuláris szerkezetének vizsgálata. A teszteket kétévente futtatják le. A Rosetta@home a háromdimenziós fehérjevizsgálati rendszerek egyik legjobbja. A Covid19-pandémia elleni kutatáshoz csatlakozó felhasználóknak köszönhetően a rendszer teljesítménye 2020. március 28-án meghaladta az 1,7 PetaFLOPS-ot. A rendszer kutatói által 2020. szeptember 9-én közzétett dokumentáció tíz lehetséges antivirális fehérje leírását tartalmazza. A projekt a megelőzés és a kezelés lehetséges módjainak vizsgálatában is részt vett. A Rosetta@home csapata szerint az önkéntesek hozzájárultak az Icosavax IVX-411 vakcinájának (és az antivirális fehérjék) kifejlesztéséhez, melynek első és második fázisú tesztjei 2021 júniusában kezdődtek meg.

A Rosetta@home hozzájárult egy lehetséges rákellenes gyógyszer, az NL-201 kifejlesztéséhez is.

A szoftver leírása

A Rosetta@home szoftver és a BOINC környezet Windowson, Linuxon, macOS-en és más operációs rendszereken (például FreeBSD) is futtatható. A részvételhez 500 MHz-es processzorra, 200 MB szabad tárterületre, 512 MB RAM-ra és internetkapcsolatra van szükség. A kliens és a szerver közötti kommunikáció a 80-as (HTTP), a jelszó ellenőrzése pedig a 443-as (HTTPS) porton zajlik. A BOINC-kliens a helyi és távoli feladatokhoz az 1043-as és 31416-os portokat használja. A távoli szerveren található feladategységeket a rendszer az önkéntesek számítógépéhez rendeli; a duplikátumok elkerülése érdekében minden feladat egyedi azonosítót kap, ez segít a fehérje energiatérképének megrajzolásában is. A Rosetta@home által alkotott szerkezeti előrejelzések a legkedvezőbb (például természetes) állapotot jelző globális minimumot határozzák meg.

A grafikus felhasználói felület elsődleges komponense az adott feladat előrehaladását jelző képernyővédő, amelyen a fehérje átalakulása, valamint a szabadentalpia függvénye látható. A képernyőről a négyzetes közép eltérése is leolvasható.

A többi BOINC-projekthez hasonlóan a Rosetta@home is a felhasználó számítógépének üresjáratát használja a feladatok futtatásához. Az eredetileg Fortran nyelven íródott programnak 2008. február 8-án jelent meg C++-alapú, objektumorientált verziója. A Rosetta Commons által karbantartott forráskód a tudományos közösség számára ingyenesen, a gyógyszerészeti cégek számára pedig díjfizetés ellenében érhető el.

Jelentősége

A fehérjék háromdimenziós képét röntgenes vizsgálattal vagy mágneses magrezonanciával (NMR) tudják megállapítani. A folyamat lassú (hetekig, vagy akár hónapokig is tarthat) és drága (egy fehérje lemodellezése százezer dolláros költséggel jár). Az új szekvenciák felfedezésének üteme jóval meghaladja a szerkezetük megállapításáét: a Biotechnológiai Információk Nemzeti Központjában 7,4 millió fehérjét tartanak nyilván, azonban a fehérjeadatbankban mindössze 52 ezer háromdimenziós szerkezetet tárolnak. A Rosetta@home céljai között szerepel a képalkotás gyorsabbá és olcsóbbá tétele, valamint a nehezen vizsgálható membránfehérjék (például a G-protein-kapcsolt receptorok) szerkezetének feltérképezése.

A képalkotás eredményét a kétévenkénti CASP-vizsgálatban értékelik ki, melynek részeként a szerkezeti felépítést megpróbálják az aminosav-szekvenciából levezetni. A Rosetta@home csapata volt az első, amely T0281 jelű mintájával képes volt a fehérjeszerkezetet az atomi szint közeléig visszafejteni. Az ab initio leképezés nehézkes, mivel a szerkezeti helyett csak a szekvenciális homológiára és a fehérje fizikai kölcsönhatásaira támaszkodhat. A Rosetta@home 2006 óta használja a CASP-ot; a 7-es verzió idején a csapat az önkéntesek által biztosított számítási kapacitásnak köszönhetően minden kategóriában az élmezőnyben volt. A CAPRI projektben hasonló eredményeket értek el.

2008 elején a természetben addig soha nem vizsgált módszerrel alkottak fehérjét; ehhez az ötletet egy 2004-es tanulmány adta, amely a fehérjéknek a természeteshez képest fejlettebb enzimi aktivitását mutatta be. A David Baker csapata által 2008-ban dokumentált módszertannak fontos szerepe lehet a gyógyszerkutatás, a kármentesítés és a zöld kémia területén is.

Betegségkutatás

A megbetegedésekkel kapcsolatos kutatások a David Baker által vezetett dokumentációban olvashatóak, amelyek 2016 előtt a projekt fórumán jelent meg, azóta pedig a hírek között teszik közzé.

Alzheimer-kór

A Rosetta@home-mal feltérképezték az Alzheimer-kórt okozó amiloidok szerkezetét, azonban azt nem tudni, hogy ezzel sikerülhet-e a kór kialakulását meggátolni.

Lépfene

A RosettaDock segítségével feltérképezték a lépfene toxinjának kialakulását, melynek köszönhetően fejlettebb vakcinákat sikerült előállítani.

Herpesz

Az immunglobulin G és a HSV-1 (herpeszvírus) kölcsönhatásának vizsgálatával kiküszöbölhetők a fehérje–fehérje-kapcsolatok kristálytani vizsgálatainak problémái.

HIV

A Bill & Melinda Gates Foundation által nyújtott 19,4 millió dolláros támogatást a humán immundeficiencia-vírus (HIV) elleni vakcinák fejlesztésére használták fel.

Malária

A Grand Challenges In Global Health kezdeményezés keretein belül kutatott endonukleáz segíthet a maláriát terjesztő szúnyogok kiirtásában vagy a betegség terjesztésének megakadályozására. A fehérje–DNS kapcsolatok modellezésével és befolyásolásával a Rosetta@home fontos szerepet tölt be a rák kezelésében is ígéretes génterápiában.

Covid19

A molekuláris vizsgálatok a SARS-CoV-2 tüskefehérje felépítését a laboratóriumi mérhetőség előtt hetekkel meg tudták állapítani. 2020. június 26-án bejelentették, hogy a koronavírus virionjait semlegesítő fehérjét hoztak létre. Szeptember 9-én a Science magazinban tíz gátló fehérjét dokumentáltak, amelyek esetében vizsgálják a koronavírus kezelésében való használhatóságot.

A Rosetta@home közreműködésével egy Covid19-vakcinát is kifejlesztettek.

Rák

A Rosetta@home kutatói által kifejlesztett interleukin-2 receptor hatásosnak bizonyult a rák ellen. A 2020 szeptemberében a The New Yorkernek adott interjújában David Baker szerint a Neoleukin kezelésének embereken való tesztelése „az év későbbi szakaszában” kezdődhet meg. 2020 decemberében bejelentették, hogy a tesztelés első fázisához szükséges engedélyeket benyújtják az amerikai gyógyszerügynökségnek (120 résztvevővel hasonló kérelmet nyújtottak be Ausztráliában). A tesztelés 2021. május 5-én kezdődött meg.

Komponensek

RosettaDesign

A Top7 fehérje szuperpozíciója (piros) és kristályszerkezete (kék)

A 2000-ben létrehozott RosettaDesignnal 2002-ben sikerült létrehozni a természetben korábban nem észlelt alakú Top7 fehérjét. A szoftver segítségével elért 1,2 ångström szokatlanul pontos előrejelzést jelent. A tanulmány 2002-ben jelent meg a Science folyóiratban. A fehérjeadatbank a Top7-et 2006 októberében a hónap molekulájának választotta; a Rosetta@home logója a fehérjemagok kristálytani képéből áll.

Brian Kuhlman, a Rosetta@home csapatának egykori tagja (ma az Észak-karolinai Egyetem (Chapel Hill) docense) a RosettaDesignt online szolgáltatásként biztosítja.

RosettaDock

A fehérjék kölcsönhatásának vizsgálatára alkalmas RosettaDockot 2002-ben, az első CAPRI-kiértékeléskor állították üzembe. A kísérlet során a streptococcus pyogenes A exotoxinja és egy T-limfocita béta láncolata, valamint a sertésekben jelenlévő alfa-amiláz és a tevefélékben megtalálható antitestek közötti kölcsönhatásokat vizsgálták. Ugyan a RosettaDockkal a lehetséges hétből csak kettő becslés volt sikeres, a CAPRI-vizsgálat 19 eredményéből ez volt a hetedik legjobb.

Mivel Jeffrey Gray, a RosettaDock atyja a Johns Hopkins Egyetemen folytatta karrierjét, távollétében a Washingtoni Egyetem saját verziót fejlesztett; az eltérések ellenére mindkettő jól teljesített a CAPRI-kiértékelésen. Gray szoftverváltozata nem kereskedelmi célokra ingyenesen elérhető.

2006 októberében a RosettaDockot a Rosetta@home-ba integrálták, ezáltal a kölcsönhatások modellezéséhez elegendő a fehérjegerinc felhasználása. Az ezt követő finomhangolás során az oldalláncos reakciókban a fehérjéket a legalacsonyabb energiaszint felvétele érdekében optimalizálták. A megnövekedett számítási kapacitásnak köszönhetően a harmadik CAPRI-kiértékelés során a Rosetta@home a 63 csoportból a 6. legjobb eredményt érte el.

Robetta

A Robetta (Rosetta Beta) szerver a Baker Laboratórium által biztosított fehérjeszerkezet-előrejelző rendszer. A szervert 2002 óta használják a CASP-vizsgálatokban (CASP5, 6 és 7 verziók), ahol a gépi és emberi előrejelzés esetén is az átlagnál jobban szerepelt. A CASP8-nál már a Rosetta@home nagy felbontású atomi finomhangoló módszerét használták; korábban a Rosetta@home-énál alacsonyabb pontosságot a funkció hiányával magyarázták. A CASP11-nél a rendszer a GREMLIN nevű fehérje-kölcsönhatási térképpel egészült ki.

Foldit

Az önkéntesek javaslatára 2008. május 9-én online videójátékot tettek közzé, amelynek szeptember 25-én már több mint 59 ezer felhasználója volt. A szoftverben a fehérjék szerkezetének és aminosavainak manipulációjával kell kedvezőbb változatokat létrehozni. A játékosok egyedül vagy csapatban is részt vehetnek a programban, amiért pontokat szerezhetnek.

Összehasonlítás hasonló projektekkel

Az alábbi projektek célja a Rosetta@home-hoz hasonló, azonban a megvalósítás módja eltérő. A QMC@Home, Docking@Home, POEM@Home, Similarity Matrix of Proteins és TANPAKU szoftverek szintén a BOINC platformot használják.

Folding@home

A Folding@home az egyetlen fehérjekutató szoftver, amely nem a BOINC-platformon fut. Az Alzheimer-kórt vizsgáló Folding@home a fehérjéket molekuláris modellekkel vizsgálja. A Folding@home-ot a Rosetta@home-mal elért eredmények ellenőrzésére is használják. A Folding@home a Rosetta@home számítási kapacitásának közel 108-szorosát használja.

World Community Grid

A World Community Grid részeként működő Human Proteome Folding Project (HPF) keretein belül a genomok szerkezetét vizsgálták. Richard Bonneau, a HPF atyja részt vett a Rosetta@home megalkotásában.

Predictor@home

Az egykori Predictor@home célja szintén a fehérjeszerkezet-előrejelzés volt, amelyhez a dTASSER-módszertant használta.

Önkéntesek közreműködése

2020. március 28-án a 150 országból bekapcsolódó 53 ezer felhasználó 54 800 számítógépe több mint 1,7 PetaFLOPS teljesítményt biztosított. A résztvevők hozzájárulásaikat BOINC-kreditekkel követhetik nyomon. A CASP-vizsgálathoz fehérjeszerkezetet előrejelző felhasználókat megemlítik a tudományos publikációkban, a legalacsonyabb energiaszintet előrejelző résztvevő (egyéni felhasználó vagy csoport) felkerül a projekt honlapjának „Nap előrejelzője” szakaszába, a profiljukat teljesen kitöltők közül véletlenszerűen kiválasztott résztvevőt pedig a nap felhasználójának választják.

Jegyzetek

  1. ↑ "What is Rosetta@home?" (angol nyelven). Washingtoni Egyetem. 2008. szeptember 13. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  2. ↑ "RALPH@home" (angol nyelven). Washingtoni Egyetem. 2016. január 13. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 8.
  3. 1 2 Marc F. Lensink – Raúl Méndez – Shoshana J. Wodak: Docking and scoring protein complexes: CAPRI 3rd Edition. (angolul) Proteins, LXIX. évf. 4. sz. (2007. december) 704–718. o. doi Hozzáférés: 20218. augusztus 6.
  4. ↑ Oliver Peckham (2020. március 4.). "Rosetta@home Rallies a Legion of Computers Against the Coronavirus" (angol nyelven). HPC Wire. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  5. 1 2 3 Longxing Cao et al: De novo design of picomolar SARS-CoV-2 miniprotein inhibitors. (angolul) Science, CCCLXX. évf. 6515. sz. (2020. október 23.) 426–431. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  6. ↑ "Coronavirus update from David Baker. Thank you all for your contributions!" (angol nyelven). Rosetta@home. 2020. szeptember 21. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  7. ↑ "Trial Review" (angol nyelven). Australian New Zealand Clinical Trials Registry. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  8. ↑ "Another publication in Nature describing the first de novo designed proteins with anti-cancer activity" (angol nyelven). Rosetta@home. 2019. január 14. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  9. ↑ "Download BOINC client software" (angol nyelven). Berkeley Open Infrastructure for Network Computing. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  10. ↑ "Recommended System Requirements" (angol nyelven). Washingtoni Egyetem. 2008. szeptember 25. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  11. ↑ "Rosetta@Home FAQ (work in progress)" (angol nyelven). Washingtoni Egyetem. 2006. január 23. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  12. ↑ "Random Seed" (angol nyelven). Rosetta@home. 2005. november 14. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  13. ↑ "Quick guide to Rosetta and its graphics" (angol nyelven). Washingtoni Egyetem. 2008. szeptember 24. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  14. 1 2 "News Archive" (angol nyelven). Washingtoni Egyetem. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  15. ↑ "Problems with minirosetta version 1.+" (angol nyelven). Rosetta@home. 2008. február 6. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  16. ↑ "Rosetta Commons" (angol nyelven). Rosetta Commons. 2008. szeptember 15. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  17. ↑ "PDB Statistics: Protein-only Structures Released Per Year" (angol nyelven). Protein Data Bank. Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  18. ↑ "David Baker's Rosetta@home journal" (angol nyelven). Rosetta@home. 2006. szeptember 10. Hozzáférés: 2021. augusztus 6.
  19. ↑ "Prediction and Design of Macromolecular Structures and Interactions" (angol nyelven). Rosetta@home. 2008. szeptember 25. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  20. ↑ Jürgen Kopp et al: Assessment of CASP7 predictions for template-based modeling targets. (angolul) Proteins, LXIX. évf. S8. sz. (2007) 38–56. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  21. ↑ Randy J. Read – Gayatri Chavali: Assessment of CASP7 predictions in the high accuracy template-based modeling category. (angolul) Proteins, LXIX. évf. S8. sz. (2007) 27–37. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  22. 1 2 Ralf Jauch et al: Assessment of CASP7 structure predictions for template free targets. (angolul) Proteins, LXIX. évf. S8. sz. (2007) 57–67. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  23. 1 2 Chu Wang et al: RosettaDock in CAPRI rounds 6–12. (angolul) Proteins, LXIX. évf. 4. sz. (2007. december) 758–763. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  24. 1 2 Lin Jiang et al: De Novo Computational Design of Retro-Aldol Enzymes. (angolul) Science, CCCXIX. évf. 5868. sz. (2008. március 7.) 1387–1391. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  25. ↑ Erika Check Hayden: Protein prize up for grabs after retraction. (angolul) Nature, (2008) doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  26. 1 2 David Baker. "Disease Related Research" (angol nyelven). Rosetta@home. 2008. szeptember 23. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  27. ↑ "David Baker's Rosetta@home journal" (angol nyelven). Rosetta@home. 2006. szeptember 10. Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  28. ↑ Brian Kuhlman – David Baker: Native protein sequences are close to optimal for their structures. (angolul) Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, XCVII. évf. 19. sz. (2000. szeptember 12.) 10383–10388. o. arch doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  29. ↑ "Amyloid fibril structure prediction" (angol nyelven). Rosetta@home. 2006. szeptember 23. Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  30. ↑ "Publications on R@H's Alzheimer's work?" (angol nyelven). Rosetta@home. 2008. július 27. Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  31. ↑ Chu Wang – Ora Schueler-Furman – David Baker: Improved side-chain modeling for protein–protein docking. (angolul) Protein Science, XIV. évf. 5. sz. (2005. május) 1328–1339. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  32. ↑ Jeffrey J.Gray et al: Protein–Protein Docking with Simultaneous Optimization of Rigid-body Displacement and Side-chain Conformations. (angolul) Journal of Molecular Biology, CCCXXXI. évf. 1. sz. (2003. augusztus 1.) 281–299. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  33. 1 2 Ora Schueler-Furman – Chu Wang – David Baker: Progress in protein–protein docking: Atomic resolution predictions in the CAPRI experiment using RosettaDock with an improved treatment of side-chain flexibility. (angolul) Proteins, LX. évf. 2. sz. (2005. augusztus 1.) 187–194. o. doi
  34. ↑ D. Borden Lacy et al: A model of anthrax toxin lethal factor bound to protective antigen. (angolul) Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, CII. évf. 45. sz. (2005. november 8.) 16409–16414. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  35. ↑ Mark T. Albrecht et al: Human Monoclonal Antibodies against Anthrax Lethal Factor and Protective Antigen Act Independently To Protect against Bacillus anthracis Infection and Enhance Endogenous Immunity to Anthrax. (angolul) Infection and Immunity, LXXV. évf. 11. sz. (2007. november) 5425–5433. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  36. ↑ Elizabeth R Sprague et al: Crystal Structure of the HSV-1 Fc Receptor Bound to Fc Reveals a Mechanism for Antibody Bipolar Bridging. (angolul) PLOS Biology, (2006. május 2.) doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  37. ↑ Tom Paulson (2006. július 18.). "Gates Foundation awards $287 million for HIV vaccine research" (angol nyelven). Seattle Post-Intelligencer. 2021. február 11. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 7. {{cite web}}: |archive-date= / |archive-url= timestamp mismatch; 2012. október 21. suggested (súgó)
  38. ↑ Liu Y.; et al. (2007). "Development of IgG1 b12 scaffolds and HIV-1 env-based outer domain immunogens capable of eliciting and detecting IgG1 b12-like antibodies" (PDF) (angol nyelven). Global HIV Vaccine Enterprise. 2009. február 25. dátummal az eredeti (PDF) címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 7. {{cite web}}: Explicit use of et al. in: |author= (súgó)
  39. ↑ "Dr. Baker's journal archive 2006" (angol nyelven). Rosetta@home. Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  40. ↑ Dr. Austin Burt. "Homing Endonuclease Genes: New Tools for Mosquito Population Engineering and Control" (angol nyelven). Grand Challenges In Global Health. 2008. július 6. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  41. ↑ Nikolai Windbichler et al: Homing endonuclease mediated gene targeting in Anopheles gambiae cells and embryos. (angolul) Nucleic Aids Research, XXXV. évf. 17. sz. (2007. szeptember 1.) 5922–5933. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  42. ↑ Justin Ashworth et al: Computational redesign of endonuclease DNA binding and cleavage specificity. (angolul) Nature, 441. sz. (2006) 656–659. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  43. ↑ "Rosetta's role in fighting coronavirus" (angol nyelven). Institute for Protein Design. 2020. február 21. Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  44. ↑ Alexandra C. Walls et al: Elicitation of Potent Neutralizing Antibody Responses by Designed Protein Nanoparticle Vaccines for SARS-CoV-2. (angolul) Cell, CLXXXIII. évf. 5. sz. (2020. november 25.) 1367–1382. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  45. ↑ Daniel-Adriano DeSilva et al: De novo design of potent and selective mimics of IL–2 and IL–15. (angolul) Nature, 565. sz. (2019) 186–191. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  46. ↑ "Neoleukin Therapeutics Announces Initiation of Phase 1 NL-201 Trial" (angol nyelven). Neolukin. 2021. május 5. 2021. június 24. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  47. ↑ "Neoleukin Therapeutics Announces Submission of Investigational New Drug Application for NL-201 De Novo Protein Immunotherapy Candidate for Cancer" (angol nyelven). Neolukin. 2020. december 10. 2020. december 10. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  48. ↑ Sehat Nauli – Brian Kuhlman – David Baker: Computer-based redesign of a protein folding pathway. (angolul) Nature Structural Biology, 8. sz. (2001) 602–605. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  49. ↑ Brian Kuhlman et al: Design of a Novel Globular Protein Fold with Atomic-Level Accuracy. (angolul) Science, CCCII. évf. 5649. sz. (2003. november 21.) 1364–1368. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  50. ↑ David T. Jones: Learning to Speak the Language of Proteins. (angolul) Science, CCCII. évf. 5649. sz. (2003. november 21.) 1347–1348. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  51. ↑ Marcin von Grotthuss et al: Predicting Protein Structures Accurately. (angolul) Science, CCCIV. évf. 5677. sz. (2004. június 11.) 1597–1599. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 7.
  52. ↑ Jeffrey J. Gray et al: Protein–protein docking predictions for the CAPRI experiment. (angolul) Proteins, LII. évf. 1. sz. (2003. július 1.) 118–122. o. doi
  53. ↑ Michael D. Daily et al: CAPRI rounds 3–5 reveal promising successes and future challenges for RosettaDock. (angolul) Proteins, LX. évf. 2. sz. (2005. augusztus 1.) 181–186. o. doi
  54. ↑ Raúl Méndez et al: Assessment of CAPRI predictions in rounds 3–5 shows progress in docking procedures. (angolul) Proteins, LX. évf. 2. sz. (2005. augusztus 1.) 150–169. o. doi
  55. ↑ "Rosetta Docking Protocol" (angol nyelven). RosettaCommons. Hozzáférés: 2021. augusztus 8.
  56. ↑ "Protein-protein docking at Rosetta@Home" (angol nyelven). Rosetta@home. 2012. január 16. Hozzáférés: 2021. augusztus 8.
  57. ↑ "Robetta is a protein structure prediction service that is continually evaluated through CAMEO" (angol nyelven). Robetta. Hozzáférés: 2021. augusztus 8.
  58. ↑ Patrick Aloy et al: Predictions without templates: New folds, secondary structure, and contacts in CASP5. (angolul) Proteins, LIII. évf. S6. sz. (2003) 436–456. o. doi
  59. ↑ Michael Tress et al: Assessment of predictions submitted for the CASP6 comparative modeling category. (angolul) Proteins, LXI. évf. S7. sz. (2005) 27–45. o. doi
  60. ↑ James N. D. Battey et al: Automated server predictions in CASP7. (angolul) Proteins, LXIX. évf. S8. sz. (2007) 68–82. o. doi
  61. ↑ "David Baker's Rosetta@home journal" (angol nyelven). Rosetta@home. 2012. október 21. Hozzáférés: 2021. augusztus 8.
  62. ↑ Rhiju Das et al: Structure prediction for CASP7 targets using extensive all-atom refinement with Rosetta@home. (angolul) Proteins, LXIX. évf. S8. sz. (2007) 118–128. o. doi
  63. ↑ Sergey Ovchinnikov et al: Improved de novo structure prediction in CASP11 by incorporating coevolution information into Rosetta. (angolul) Proteins, LXXXIV. évf. S1. sz. (2016. szeptember) 67–75. o. doi Hozzáférés: 2021. augusztus 8.
  64. ↑ "Dr. Baker's journal archive 2008" (angol nyelven). Rosetta@home. 2008. május 10. Hozzáférés: 2021. augusztus 8.
  65. ↑ "Foldit forums: How many users does Foldit have? Etc. (message 2)" (angol nyelven). Foldit. 2008. szeptember 19. Hozzáférés: 2021. augusztus 8.
  66. ↑ "Frequently Asked Questions" (angol nyelven). Foldit. Hozzáférés: 2021. augusztus 8.
  67. ↑ "http://folding.stanford.edu/English/FAQ-highperformance" (angol nyelven). Stanford Egyetem. 2012. szeptember 21. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 9. {{cite web}}: External link in |title= (súgó)
  68. ↑ "Reasons for not using F@H" (angol nyelven). Folding@home. 2010. április 3. Hozzáférés: 2021. augusztus 9.
  69. ↑ "Results page updated – new key result published in our work in Alzheimer's Disease" (angol nyelven). Folding@home. 2011. augusztus 5. Hozzáférés: 2021. augusztus 9.
  70. ↑ "Folding@Home FAQ on diseases studied" (angol nyelven). Folding@home. 2007. október 11. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 9.
  71. ↑ "How FAH works: Molecular dynamics" (angol nyelven). Folding@home. 2007. szeptember 26. Hozzáférés: 2021. augusztus 9.
  72. ↑ "Course grained Protein folding in under 10 minutes" (angol nyelven). Folding@home. 2011. június 9. Hozzáférés: 2021. augusztus 9.
  73. ↑ "Rosetta@home – Detailed stats" (angol nyelven). Berkeley Open Infrastructure for Network Computing. Hozzáférés: 2021. augusztus 9.
  74. ↑ Lars Malström et al: Superfamily Assignments for the Yeast Proteome through Integration of Structure Prediction with the Gene Ontology. (angolul) PLOS Biology, (2007. március 20.) doi
  75. ↑ "Bonneau Laboratory" (angol nyelven). New York Egyetem. 2008. július 7. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 9.
  76. ↑ "dTASSER" (angol nyelven). The Scripps Research Institute. 2007. július 6. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2021. augusztus 9.

Fordítás

További információk