Alpepiana risulta citata già nel Praeceptum Liutprandi regis Basilicae S. Petri Ticinensis del 714.
L'antico borgo fu un importante centro amministrativo della valle e in seguito anche religioso dell'epoca longobarda in Liguria da parte dei monaci di san Colombano.
Scendendo verso la valle del fiume è presente un antico ponte che sovrasta il corso d'acqua. Originariamente fu costruito a quattro arcate tra il 1787 e il 1789 a spese del principe Doria Pamphilj, ma una violenta piena dell'Aveto ne distrusse - nel 1795 - le due maggiori arcate. Nel 1832 si procedette quindi alla ricostruzione di tale edificio sostituendo le due arcate distrutte con un'unica opera modificando pertanto l'originale struttura in tre arcate. In una cappelletta sul ponte è presente un'immagine in marmo raffigurante sant'Andrea databile al 1788.
Storicamente fu un possedimento feudale di Santo Stefano d'Aveto e dei suoi signori e tale dominazione perdurò fino al 1797.
Con la caduta della Repubblica di Genova e la soppressione dei feudi imperiali, a seguito della nuova dominazione napoleonica in Italia, il territorio avetano vide la costituzione delle prime municipalità autonome - e tra queste anche Alpepiana - che furono inserite dal 2 dicembre 1797 nel dipartimento dei Monti Liguri Orientali, con capoluogo Ottone, all'interno della costituita Repubblica Ligure. Dal 28 aprile 1798 con i nuovi ordinamenti statali francesi, il territorio di Alpepiana rientrò nell'XI cantone, con capoluogo Santo Stefano d'Aveto, della giurisdizione dei Monti Liguri Orientali e dal 1803 centro principale del V cantone dell'Aveto nella giurisdizione dell'Entella.
Nel 1804 la municipalità di Alpepiana fu soppressa e aggregata al territorio comunale di Santo Stefano d'Aveto. Annesso al Primo Impero francese dal 13 giugno 1805 al 1814 venne inserito nel dipartimento degli Appennini.
Nel 1815, caduta la dominazione napoleonica e dopo il successivo congresso di Vienna del 1814, il territorio avetano passò al Regno di Sardegna con nuove modifiche amministrative: tutta l'area intorno al fiume Aveto venne divisa tra due differenti e confinanti province del regno sotto la divisione di Genova; Alpepiana confluì nella provincia di Bobbio, mentre altre odierne frazioni e località avetane furono inserite nella provincia di Chiavari.
Nel 1918 la ricostituzione del comune di Rezzoaglio (con il provvedimento di variazione legge n. 621 del 28 aprile 1918) portò al passaggio di buona parte del territorio avetano - tra cui Alpepiana - dalla precedente municipalità di Santo Stefano d'Aveto; nel 1923 tutto il territorio fu compreso nel IV mandamento di Santo Stefano d'Aveto del circondario di Chiavari. Seguì poi le sorti storiche e amministrative in età contemporanea del comune rezzoagliese.
Monumenti e luoghi d'interesse
Architetture religiose
Chiesa parrocchiale di San Pietro apostolo. Il precedente edificio venne demolito da un evento franoso nel corso del XVIII secolo. L'attuale chiesa è stata costruita tra il 1804 e il 1813, con la consacrazione il 7 agosto 1813, e l'erezione a parrocchia negli stessi anni.
Oratorio di San Rocco, in località Secorte, dipendente dalla parrocchia di Alpepiana.
Oratorio della Beata Vergine del Suffragio, in località Secorte, dipendente dalla parrocchia di Alpepiana.
Oratorio della Beata Vergine di Fatima, in località Lovari, dipendente dalla parrocchia di Alpepiana.
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