La terza coppia di CD percorre il periodo della produzione discografica del gruppo dal maggio del 1968 fino all'ultima registrazione che risale al 3 gennaio 1970. Le incisioni ebbero luogo principalmente negli studi della EMI in Abbey Road; e in misura minore negli Apple Studios, installati nella sede della Apple Corps in Savile Row, dove si registrarono i brani per l'album Let It Be. Sono presenti inoltre sette tracce delle ventisette incise nella casa di George Harrison a Esher, composizioni realizzate nel ritiro indiano di Rishikesh che furono fissate su nastro nel maggio 1968 e che compongono la Esher session. Benché la produzione musicale dei Beatles si svolgesse ormai da tempo esclusivamente in studio, un brano di Anthology 3 riprende una registrazione dal vivo: si tratta di Get Back, eseguita dal gruppo a fine gennaio 1969 nel Rooftop Concert, che prende il nome dal luogo dove i Beatles dettero la loro ultima esibizione live: il tetto dell'edificio di Savile Row. Molti brani del secondo disco provengono dalle session filmate anche nel documentario "Get Back" montato da Peter Jackson nel 2021.
Come già accaduto per i due precedenti volumi della serie (con Free as a Bird in Anthology 1 e Real Love in Anthology 2), anche questa terza raccolta si sarebbe dovuta aprire con un demo, Now and Then, realizzato inizialmente dal solo John Lennon e rivisitato e risuonato per l'occasione dai tre rimanenti membri del gruppo.[senzafonte] Tale decisione fu però accantonata e si scelse come prima traccia un brano strumentale, A Beginning, inizialmente pensato per il White Album.
Anche Anthology 3 all'uscita raggiunse il primo posto. Fu la prima volta che un artista arrivava direttamente per tre volte consecutive in cima alla classifica di Billboard.
Helter Skelter – 4:35 – Reg: 18 luglio 1968, take 2; ridotta rispetto all'originale di 12:35; la versione pubblicata nel White Album è la take 21
Mean Mr. Mustard – 1:57 – Reg: maggio 1968; uno dei demo acustici per il White Album, registrato a Esher, a casa di George Harrison
Polythene Pam – 1:25 – Reg: maggio 1968; uno dei demo acustici per il White Album, registrato a Esher, a casa di George Harrison
Glass Onion – 1:49 – Reg: maggio 1968; uno dei demo acustici per il White Album, registrato a Esher, a casa di George Harrison
Junk – 2:22 (McCartney) – Reg: maggio 1968; uno dei demo acustici per il White Album, registrato a Esher, a casa di George Harrison
Piggies – 1:59 (Harrison) – Reg: maggio 1968; uno dei demo acustici per il White Album, registrato a Esher, a casa di George Harrison
Honey Pie – 1:18 – Reg: maggio 1968; uno dei demo acustici per il White Album, registrato a Esher, a casa di George Harrison
Don't Pass Me By – 2:41 (Starkey) – Reg: 5/6 giugno 1968, take 3 e 5; base strumentale dalla take 3, voce dalla take 5; la versione pubblicata nel White Album è la take 7
Ob-La-Di, Ob-La-Da – 2:54 – Reg: 3/4/5 luglio 1968, take 5; la versione pubblicata nel White Album è la take 23
Good Night – 2:35 – Reg: 28 giugno (prova) e 22 luglio 1968 (take 34); la prova finiva in modo indefinito, così è stata montata con la take pubblicata nel White Album
Cry Baby Cry – 2:44 – Reg: 16 luglio 1968, take 1; la versione pubblicata nel White Album è la take 12
Blackbird – 2:15 – Reg: 11 giugno 1968, take 4; la versione pubblicata nel White Album è la take 32
Sexy Sadie – 4:04 – Reg: 19 luglio 1968, take 6; la versione pubblicata nel White Album è la take 117
Hey Jude – 4:19 – Reg: 29 luglio 1968, take 2; la versione pubblicata è la take 26
Not Guilty – 3:20 (Harrison) – Reg: 8/9/12 agosto 1968, take 102; canzone registrata per il White Album poi scartata
Mother Nature's Son – 3:15 – Reg: 9 agosto 1968, take 2; la versione pubblicata nel White Album è la take 26
Glass Onion – 2:07 – Reg: 11/12/13/16/26 settembre 1968, take 33, mix inedito, con alcuni effetti sonori. Venne poi realizzato un nuovo mix con gli archi, e questo rimase inedito
Rocky Raccoon – 4:10 – Reg: 15 agosto 1968, take 8; la versione pubblicata nel White Album è la take 10
What's the New Mary Jane – 6:06 – Reg: 14 agosto 1968, take 4; probabilmente la più famosa outtake beatlesiana, più volte pubblicata su bootleg
John Lennon - voce, chitarra ritmica, cori, chitarra acustica; tape-loop in Glass Onion e What's The New Mary Jane, pianoforte in What's The New Mary Jane, basso in The Long and Winding Road chitarra solista in Get Back e The End
Paul McCartney - voce, cori, basso, pianoforte, chitarra acustica; batteria in Come and Get It, chitarra solista in The End