Club
Gamarra cominciò la sua carriera nel Cerro Porteño nel 1991 e vinse il campionato paraguaiano del 1992 con quella squadra. Nel 1992-1993 passò all'Independiente in Argentina, ma vi rimase per poco tempo prima di tornare al Cerro Porteño. La sua prima presenza in nazionale risale al 27 marzo 1993 contro la Bolivia, in una partita persa 2-1. Rimase al Cerro Porteño fino al 1995. Nel 1995 passò all'Internacional in Brasile, dove crebbe calcisticamente fino ad essere nominato Calciatore paraguaiano dell'anno nel 1997 da parte del quotidiano ABC Color (titolo bissato nel 1998). Passò al Benfica nel campionato portoghese 1997-1998, per poi tornare in Brasile, questa volta al Corinthians.
Alla fine della stagione 1999 passò all'Atlético Madrid, in Spagna. Nel 2000 l'Atletico retrocesse e Gamarra tornò subito in Brasile, al Flamengo. La stagione 2001-2002 fu più fruttuosa per Gamarra, che passò all'AEK Atene in Grecia, disputando 24 partite di campionato e vincendo la Coppa di Grecia. Dopo i Mondiali del 2002 passò in Italia all'Inter, di cui vestì la maglia per tre stagioni: passò poi al Palmeiras in Brasile, nel luglio 2005. Nel 2007, tornò in patria per concludere la sua carriera calcistica e firmò per l'Olimpia. Si è ritirato al termine della stagione 2007.
Nazionale
Gamarra partecipò ai Mondiali del 1998, dove il Paraguay fu eliminato dalla Francia negli ottavi di finale, giocando tutte e quattro le partite della sua squadra eliminata agli ottavi ai supplementari dalla Francia futura vincitrice del torneo. Visto il buon rendimento la FIFA lo inserì nella squadra All-Star dei Mondiali. Ai Mondiali del 2002 il Paraguay fu eliminato ancora una volta negli ottavi e Gamarra giocò ogni minuto. Nel torneo olimpico del 2004, Gamarra fu il capitano del Paraguay che vinse la medaglia d'argento, sconfitti in finale dall'Argentina per 1-0.
Il 5 giugno 2005 ha giocato la sua centesima gara in nazionale contro il Brasile, diventando il primo calciatore paraguaiano a raggiungere il seguente traguardo. Ha lasciato la Nazionale dopo il campionato del mondo 2006, in cui ha realizzato l'autogol più veloce nella storia dei Mondiali, quando in Inghilterra-Paraguay deviò nella propria porta la punizione di David Beckham dopo soli tre minuti, decretando la sconfitta per 1-0 della sua squadra. L'ultima partita fu un'amichevole pareggiata 1-1 contro l'Australia.
Paraguay
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
