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Iniziò la carriera nella stagione 1992-1993 all'Hansa Rostock senza collezionare nessuna presenza, quindi trascorse le due successive al Colonia; nella stagione 1995-1996 passò al Rapid Vienna, che lo pagò il corrispettivo di € 250.000 odierni, con cui partecipò ad una finale della Coppa della Coppe: Jancker fu tra i protagonisti del torneo, segnando il 4-0 ai supplementari che consente agli austriaci di eliminare lo Sporting Lisbona nella sfida di ritorno degli ottavi di finale, che aveva vinto 2-0 in casa all'andata. Ai quarti c'è la Dinamo Mosca: al ritorno, in Austria, Jancker realizzò una doppietta (3-0), decidendo il match. In semifinale il Rapid affrontò il Feyenoord: 4-1 tra andata e ritorno, tre gol del bomber tedesco, ma in finale la spunta il PSG per 1-0.
Dal 1996 al 2002 giocò nel Bayern Monaco (i bavaresi sborsano circa € 770.000 odierni per ottenerne il cartellino) vincendo, tra le altre cose, quattro campionati e una UEFA Champions League.
Nel 2002 si trasferì in Italia, per giocare nell'Udinese: i bianconeri pagarono € 2,5 milioni al Bayern per l'attaccante, che alla fine segnerà 3 gol in 38 partite tra campionato e Coppa Italia. Chiamato a sostituire il partente Roberto Sosa, Jancker inizialmente partì titolare, salvo poi venire rimpiazzato da Vincenzo Iaquinta per le prestazioni deludenti. Dopo avere deluso le aspettative a giugno 2004 chiese ed ottenne la rescissione del contratto con la società friulana. La sua parentesi in Serie A si concluse così con 2 reti in 36 presenze.
Svincolatosi, tornò in patria al Kaiserslautern fino alla stagione 2005-2006, durante la quale, a metà campionato, si trasferì allo Shanghai Shenhua. Nella sessione invernale della stagione 2006-2007 passò agli austriaci del Mattersburg, rimanendovi fino al 2009, quando la società annunciò di non voler proseguire il rapporto con lui a causa delle sue condizioni fisiche. Nel febbraio 2010 annunciò quindi il ritiro al termine della stagione in corso.
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Germania Est
Germania (dal 1990)
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