Ambientazione e prologo
Negli anni 2060, la corporazione Corinth costruisce due navi per la colonizzazione interstellare, la Cassiopea e l'Andromeda, con lo scopo di esplorare e colonizzare il pianeta Tau Ceti f, a circa 12 anni luce, dato che la Terra sta diventando inabitabile. La Cassiopea dovrebbe arrivare per prima per studiare il pianeta, seguita dall'Andromeda sei mesi dopo. Verso la fine del viaggio quadriennale della Cassiopea, la nave viene colpita da un meteorite che ne perfora lo scafo e introduce al suo interno una sconosciuta forma di vita mutaforma. Il prologo del gioco segue Tomas Carter e Pari Simms, che si trovano a bordo della nave mentre il resto dell'equipaggio è in ibernazione. I due indagano sui danni e vengono successivamente separati; quando Carter si ricongiunge con Simms, lei si comporta in modo irrazionale e lo uccide.
Trama principale
Due giorni dopo, Stafford, Young, Eisele e Mitchell vengono svegliati come previsto. Sebbene Simms riferisca di essere ancora impegnata nella riparazione della falla nello scafo, Carter risulta ancora disperso. Insospettita, Eisele scorge Simms e tenta di seguirla, ma questa cerca di ucciderla. Eisele riesce a fuggire e scopre il cadavere mutilato di Carter. L'equipaggio è sconvolto dalla morte del tecnico, ma deve prepararsi a decelerare la Cassiopeia per entrare nell'orbita di Tau Ceti f. Sfortunatamente, la crescita aliena disabilita i sistemi di controllo della nave, causandone l'atterraggio di fortuna sul pianeta e rischiando di uccidere Stafford. Il resto dell'equipaggio viene quindi svegliato e informato della situazione, e decide di perquisire la nave alla ricerca di Simms. Cooper e Anders si alleano e potrebbero trovare una registrazione lasciata da Simms in cui si afferma che tutti i dati della precedente spedizione senza equipaggio su Charybdis sono stati bloccati, così come una registrazione lasciata da Carter che conferma che Simms lo ha ucciso. L'equipaggio prosegue le ricerche, scoprendo infine la crescita aliena che si sta diffondendo all'interno della nave. Nonostante le proteste di Anders, Williams ordina all'equipaggio di prelevare un campione per le analisi.
Dopo aver valutato i danni alla nave, l'equipaggio stabilisce che la loro unica speranza di sopravvivenza è resistere fino all'arrivo dell'Andromeda, previsto tra sei mesi. Mentre Cernan cerca di riparare le comunicazioni e Anders studia la crescita aliena, Young e Cooper continuano la caccia a Simms, e Young potrebbe scoprire il suo cadavere. Riescono a uccidere l'impostore, ma la crescita aliena continua a diffondersi in tutta la nave. Dopo che il laboratorio e l'impianto idroponico vengono misteriosamente sabotati, impedendo la sperimentazione su come distruggere la crescita aliena e limitando l'apporto d'aria della nave, l'equipaggio scopre con orrore che la crescita aliena ha creato delle copie di loro stessi che improvvisamente iniziano ad attaccare. I membri dell'equipaggio sopravvissuti fuggono sul ponte di comando, dove si trova l'unico scanner in grado di dimostrare che sono umani. Dopo essersi rifugiati sul ponte, vengono contattati da un drone di una sonda Charybdis. Rendendosi conto di poter utilizzare il trasmettitore della sonda per inviare un messaggio all'Andromeda, si dirigono verso la nave per ripararla, scoprendo che la crescita aliena è presente anche sulla superficie del pianeta. L'equipaggio riesce a inviare una trasmissione, ma con sgomento scopre di trovare messaggi inviati da versioni precedenti di se stessi, nonché dai relitti di altre navi di Cassiopea.
L'equipaggio sopravvissuto riceve una trasmissione da Young sulla Terra, il quale rivela che l'equipaggio della Cassiopea è in realtà composto da cloni e che non c'è nessuna Andromeda a seguirli. La Terra era a conoscenza dell'esistenza della forma di vita aliena, ma l'aveva tenuta nascosta, inviando una serie di navi Cassiopea con equipaggi clonati come soggetti di prova sacrificabili per studiare la forma di vita. Se Williams e Anders sono sopravvissuti illesi, Anders convince Williams a rivelare che le coordinate di Tau Ceti f sono state recuperate da un UFO precipitato scoperto in Iraq nel 2003, che ha portato direttamente alla spedizione Charybdis. L'originale Young ringrazia quindi l'equipaggio per il loro contributo nella ricerca di una contromisura alla forma di vita aliena e potrebbe informarli che la Cassiopea di un ciclo precedente (Ciclo 3) è ancora intatta e in orbita. Non volendo rimanere inermi ad aspettare la morte, l'equipaggio decide di usare la navetta della nave per fuggire dal pianeta, dirigendosi verso la Cassiopea del Ciclo 3 per usarla per tornare sulla Terra o cercando rifugio nell'anello di propulsione della loro ' in orbita, che contiene ancora abbastanza ossigeno e provviste da poter, si spera, resistere fino all'arrivo della successiva Cassiopea. Gli alieni tentano di fermarli, e i membri dell'equipaggio sopravvissuti o muoiono o riescono a fuggire, con il rischio di portare accidentalmente con sé degli impostori. Indipendentemente dall'esito, la successiva nave Cassiopea arriva tre mesi dopo per iniziare la propria missione, forse ricevendo un avvertimento lasciato dall'equipaggio precedente.
In una scena post-credits, l'originale Eisele fa rapporto ai suoi superiori su una Terra devastata ecologicamente. Il "Ciclo 13" ha dimostrato che la forma di vita aliena è in grado di intercettare la Cassiopea nello spazio. Sottolinea che l'unica possibilità di sopravvivenza per l'umanità è imparare a controllare la forma di vita aliena per poterne sfruttare le capacità. A seconda delle scelte fatte durante il gioco, Eisele può suggerire di continuare a inviare equipaggi di cloni per ottenere risultati, oppure di interrompere l'uso dei cloni per ragioni umanitarie.
12 maggio 2026
