Ministero episcopale
Il 3 marzo 2001 papa Giovanni Paolo II lo nomina segretario del Pontificio consiglio della giustizia e della pace e vescovo titolare di Bisarcio; succede a Diarmuid Martin, precedentemente nominato osservatore permanente della Santa Sede presso le Nazioni Unite. Il 19 marzo seguente riceve l'ordinazione episcopale, nella basilica di San Pietro in Vaticano, per imposizione delle mani dello stesso pontefice, co-consacranti i cardinali Angelo Sodano e Giovanni Battista Re.
È il fondatore e il presidente dell'Osservatorio internazionale "Cardinale Van Thuán" sulla dottrina sociale della Chiesa. È inoltre autore di pubblicazioni prevalentemente sul medesimo argomento ed insegna pastorale sociale presso la Pontificia università lateranense. È membro del Pontificio consiglio della pastorale per i migranti e gli itineranti.
Il 4 luglio 2009 papa Benedetto XVI lo nomina 106º vescovo di Trieste, con il titolo ad personam di arcivescovo; succede ad Eugenio Ravignani, dimessosi per raggiunti limiti di età. Il 4 ottobre prende possesso della diocesi.
Indice il sinodo diocesano che si apre l'11 ottobre 2012 con il tema Permanetis in fide fundati et stabiles che si riallaccia idealmente all'Anno della fede.
Il 14 gennaio 2019 balza agli onori delle cronache nazionali per aver dichiarato in un'intervista al quotidiano La Verità che per la dottrina sociale della Chiesa non esiste alcun diritto a migrare affermando che per essa "i popoli devono rimanere nelle loro terre".
Il 2 febbraio 2023 papa Francesco accoglie la sua rinuncia, presentata per raggiunti limiti di età, al governo pastorale della diocesi di Trieste; gli succede Enrico Trevisi, del clero di Cremona. Rimane amministratore apostolico della diocesi fino all'ingresso del successore, che avviene il 23 aprile seguente.
