In biochimica una isomerasi (numero EC 5) è un enzima che catalizza l'interconversione tra due isomeri. Le isomerasi catalizzano dunque reazioni come la seguente.
Il nome sistematico di ogni isomerasi è composto nel modo seguente: "[Nome substrato] isomerasi" (come avviene ad esempio per la trioso fosfato isomerasi). In ogni caso, spesso si usa la terminologia "[Nome substrato] [tipo di isomerasi]", come avviene ad esempio per la fosfoglucomutasi.
Le isomerasi sono classificate, attraverso la classificazione internazionale EC, nella categoria EC 5. Esistono inoltre 6 ulteriori sottoclassi, costituite in base al tipo di reazione catalizzata dall'enzima.
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