La formula del torneo subì leggeri cambiamenti rispetto alla stagione precedente: innanzitutto il numero di squadre incrementò leggermente, passando da 142 a 147. Infatti a fronte della promozione del Trud Voronež e della mancata iscrizione di Avangard Kolomna, Zarja Dzeržinsk, Progress Zelenodol'sk, Metallurg Kamensk-Ural'skij, Sibsel'maš Novosibirsk, Urožaj Minsk, Vierul Chișinău, Burevestnik Tbilisi e Spartak Alma-Ata, vi fu l'arrivo della neo retrocessa Kryl'ja Sovetov Kujbyšev e l'iscrizione di 14 nuovi club.
Le 147 squadre erano divise in tre sotto tornei, su base geografica:
- Russia:
- Girone 1: 13 squadre, incontri di andata e ritorno per un totale di 24 partite per squadra.
- Girone 2: 13 squadre, incontri di andata e ritorno per un totale di 24 partite per squadra.
- Girone 3: 13 squadre, incontri di andata e ritorno per un totale di 24 partite per squadra.
- Girone 4: 13 squadre, incontri di andata e ritorno per un totale di 24 partite per squadra.
- Girone 5: 13 squadre, incontri di andata e ritorno per un totale di 24 partite per squadra.
- Girone 6: 13 squadre, incontri di andata e ritorno per un totale di 24 partite per squadra.
- Ucraina:
- Girone 1: 18 squadre, incontri di andata e ritorno per un totale di 34 partite per squadra.
- Girone 2: 19 squadre, incontri di andata e ritorno per un totale di 36 partite per squadra.
- Repubbliche:
- Girone 1: 16 squadre, incontri di andata e ritorno per un totale di 30 partite per squadra.
- Girone 2: 16 squadre, incontri di andata e ritorno per un totale di 30 partite per squadra.
In tutti i gironi i punti assegnati erano due per la vittoria, uno per il pareggio e zero per la sconfitta; essendo la Klass B l'ultima serie del campionato, non erano previste retrocessioni.
I meccanismi di promozione erano simili a quelli della stagione precedente: in particolare le sei vincitrici dei sei gironi russi disputarono un torneo di play-off costituito da un girone con gare di sola andata (cinque partite per squadra) tutte disputate a Krasnodar, con la solita regola dei due punti per la vittoria, uno per il pareggio e zero per la sconfitta. La squadra vincitrice veniva promossa in massima serie.
Per le altre due zone le regole si invertirono rispetto alla stagione precedente: in Ucraina non erano previste promozioni, ma una lunga serie di play-off con gare di andata e ritorno per stabilire le posizioni finali. La prima del girone 1 affrontava la prima del girone 2 per stabilire la prima posizione assoluta; la seconda affrontava l'altra seconda per decidere la terza posizione assoluta e così via.
In maniera analoga a quanto successo in Ucraina nella precedente stagione le due vincitrici dei due gironi delle altre repubbliche disputavano i play-off, ma stavolta direttamente un girone a tre con la peggiore classificate delle altre repubbliche in Klass A 1961: da tale girone una sola squadra acquisiva il diritto di partecipare alla Klass A 1962.
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