Trama
Tre anni dopo che il Cuore di Te Fiti è stato restituito, Vaiana trascorre le sue giornate esplorando nuove isole dell'Oceania nella speranza di trovare altre persone connesse all'oceano e istruendo la sorellina Simea, a cui è molto legata, sulla connessione tra l'oceano e gli antenati dell'isola di Motunui.
Arriva il giorno fissato per la cerimonia in cui la giovane deve essere riconosciuta, mille anni dopo l'ultima volta, come "Tautai", ovvero come navigatore ed esploratore di riferimento dell'isola. Dopo essere quasi stata colpita da un fulmine caduto durante una tempesta improvvisa, Vaiana riceve una visione dal suo antenato, Tautai Vasa, il quale le rivela il motivo per cui nessuno è più connesso all'oceano: il malvagio dio delle tempeste Nalo, desiderava il potere sui mortali e per questo ha fatto sprofondare un'isola mistica chiamata Motufetu negli abissi dell'oceano.
Essa collegava tutte le isole e i popoli e l'isola di Motunui sarà presto deserta se lei non riuscirà a trovare un modo per farla riemergere, ristabilendo il collegamento tra tutti i popoli dell'oceano. Vaiana su consiglio della madre Sina raduna un equipaggio composto da alcuni abitanti di Motunui: l'artigiana Loto, che si occuperà della zattera, Moni, un cantastorie, che conosce diverse leggende e fan sfegatato di Maui, e Kele, un anziano contadino burbero, che si occuperà delle provviste. Con loro ci sono anche i suoi inseparabili animali, il maialino Pua e il gallo Hei Hei. Insieme partono alla ricerca dell’isola.
Nel frattempo, Maui è già alla ricerca di Motufetu, avendo avuto in passato uno scontro con Nalo. Tuttavia, viene catturato dall'esecutrice di quest'ultimo, Matangi. Il semidio è riluttante a contattare Vaiana per chiedere aiuto, temendo per la sua sicurezza. Alla fine, la ragazza e il suo equipaggio incontrano i Kakamora, che rivelano come le azioni di Nalo contro Motufetu abbiano causato la loro disconnessione dalla loro isola natale. Uno di loro aiuta il gruppo a distruggere un gigantesco mollusco mostruoso, che li conduce nell'antro di Matangi. Qui, Vaiana incontra la donna, ma scopre che quest'ultima non è felice di servire Nalo e decide di aiutarla a fuggire da quel luogo, riunendola a Maui e ai suoi amici prima di mandarli dove si trova il suo capo, tramite l'ingresso nel Portale degli Dei ma prima di salutare Vaiana le augura di riuscire nella sua missione e di potersi rincontrare un giorno.
Maui rivela che il regno di Nalo è molto più pericoloso rispetto al mondo dei mortali e affrontarlo sarebbe un suicidio. Dopo che il gruppo arriva nelle acque di Nalo, perdendo la connessione con l'oceano, subisce l'attacco di mostri marini. Moni, durante la battaglia, rischia di essere divorato. Il gruppo viene spinto dalla tempesta su un'isola deserta, dove trova il relitto di Tautai Vasa. Vaiana cade nello sconforto, ma Maui la incoraggia a non arrendersi. Insieme pianificano che quest'ultimo farà riemergere l'isola mentre lei dovrà toccarla per restaurare Motufetu e fermare Nalo. Gli amici riparano la zattera danneggiata e il gruppo si prepara ad affrontare il dio delle tempeste. Maui distrugge i tornadi che avvolgono il punto dove sta l'isola, ma essi si riformano senza problemi. Vaiana capisce però che il dio non è interessato a Maui, ma solo agli umani poiché solo loro possono spezzare la maledizione, decidendo quindi di cambiare il piano: il semidio farà riemergere l'isola dalle acque, mentre Vaiana e il suo equipaggio distrarranno Nalo.
Maui riesce infine ad arpionare l'isola e cerca infine di trascinarla in superficie, ma Nalo lo colpisce con un fulmine mortale, prendendo in pieno il semidio e generando un'esplosione. Maui sopravvive miracolosamente ma perde il suo amo, i tatuaggi e i suoi poteri divini, venendo scaraventato nell'oceano privo di sensi. Vaiana ripensando al consiglio, datole da Matangi, per salvare tutti si immerge per toccare l'isola sommersa, mentre i suoi amici si affrettano a recuperare Maui. La ragazza tocca infine l'isola, ma in quel momento un fulmine di Nalo la colpisce in pieno, uccidendola. Avendo toccato l'isola, la maledizione è stata spezzata. La tempesta cessa all'istante facendo ricomparire il sole.
Maui si tuffa in mare e trova, sconvolto, il corpo di Vaiana ormai senza vita. Quest'ultima però ha toccato l'isola sommersa e ora l'amico spirito del mare può manifestarsi, avvolgendo i due dentro una bolla d'aria. Maui implora disperato la ragazza di svegliarsi, ma inutilmente. In quel momento compaiono la nonna di Vaiana, Tautai Vasa e tutti i suoi antenati. Insieme al semidio, intonando un canto, riescono a riportarla in vita facendola inoltre diventare a sua volta una semidea. Vaiana ottiene un tatuaggio da navigatrice e il suo remo si ricopre di segni luminescenti come l'amo di Maui. L'oceano glielo restituisce, facendogli riacquistare i suoi poteri e con essi tutti i suoi tatuaggi. I due semidei, unendo le forze, fanno riemergere Motufetu, ristabilendo la connessione tra l'oceano e i mortali. In tal modo riescono a ricongiungersi con gli altri popoli dell'Oceania.
Vaiana torna a casa, dove riabbraccia la sua famiglia, assieme ai popoli riuniti e si tiene una grande festa in suo onore. La ragazza con i suoi nuovi poteri divini è diventata una grande navigatrice in grado di navigare in qualsiasi parte dell'oceano. Così, insieme a Maui e al suo nuovo equipaggio, parte verso nuove avventure.
In una scena a metà dei titoli di coda, Nalo si prepara a punire Matangi per aver aiutato Vaiana e pianifica la sua vendetta. All'improvviso l'enorme granchio Tamatoa fa la sua ricomparsa, offrendosi di unirsi a lui in modo da vendicarsi della ragazza per l'umiliazione che gli ha inflitto, cantando una canzone.
