Nel marzo 1944 assume il comando della Base Operativa Sud di Fiumicino, situata presso Villa Torlonia sul lago di Traiano, per operare contro le forze da sbarco Alleate ad Anzio e Nettuno fino a giugno, quando le forze alleate entrano in Roma. Il 14 maggio, alla guida dello SMA 318, dopo aver avvistato una corvetta nemica erroneamente identificata inizialmente con un trasporto truppe, manovrò lo SMA per avvicinarla. Pur essendo stato avvistato dai nemici lo SMA proseguì la propria rotta di avvicinamento fino a giungere a poche decine di metri da cui sganciò le proprie bombe a getto centrando e affondando l'imbarcazione. Per questa azione Nesi fu decorato con la medaglia d'argento al valor militare della RSI, onorificenza non riconosciuta dallo stato italiano.
La Base Operativa Est
Nel novembre 1944 viene inviato alle dirette dipendenze del capitano di corvettaAldo Lenzi, altro specialista dei mezzi d'assalto, a comandare la base dei mezzi d'assalto di superficie di Brioni. Il 13 aprile 1945 lasciò il comando della Base "Est" al Sottotenente di vascelloMario Cavallo per prendere parte all'ultima missione della Xª Mas in Adriatico.
L'azione che inizialmente doveva svolgersi contro il traffico navale al largo di Pescara vista la preponderante presenza Alleata fu limitata alla più vicina Ancona e si svolse il 14 aprile. I due SMA impiegati per l'azione però non ebbero fortuna ed uno dovette fermarsi ancora al largo di Ancona per un'avaria mentre il secondo, al comando di Nesi, affiancato da Perbellini fu presto avvistato e investito dal fuoco di mitragliatrici. Colpito lo SMA Nesi ebbe solo il tempo di gettare in mare alcune bottiglie fasciate nel tricolore contenenti messaggi di dalmati ed istriani. Entrambi gli equipaggi partiti da Brioni furono presi prigionieri dagli Alleati ed inviati in campo di prigionia.
Radiato inizialmente dai ruoli della Marina e poi posto in congedo assoluto, ha lavorato come operaio fuochista nello zuccherificio di Bologna, laureandosi al contempo in ingegneria civile. Assunto nel genio civile di Bologna è entrato nei ruoli del Ministero dei lavori pubblici nel 1952, è andato in quiescenza nel 1973 come direttore generale. Ha lavorato presso gli uffici del Genio Civile di Bologna, Piacenza, Parma, Nuoro, Ravenna e presso il Magistrato per il Po a Parma. Una volta in pensione ha scritto diversi libri sulla Decima Flottiglia MAS, ante e post 8 settembre. È stato vice presidente dell'Associazione Combattenti Decima MAS. Il libro Decima flottiglia nostra...è diventato il testo ufficiale dell'Ufficio Storico della Marina per quanto riguarda la storia dei mezzi d'assalto nel periodo 1943-1945[senzafonte]. Si spense a Bologna il 14 dicembre 2013.
Pubblicazioni
Decima flottiglia nostra..., Mursia, Milano, 1986, poi ristampato da Lo Scarabeo, Bologna, 2008 ISBN 978-88-8478-115-4
Un Alcione dalle Ali Spezzate, il nido, Bologna, 1989
Un Alcione dalle Ali Spezzate, il volo, Bologna, 1989
Un Alcione dalle Ali Spezzate, la caduta, Bologna, 1989, poi ristampato da Lo Scarabeo, Bologna, 2003 ISBN 88-8478-060-8
Rivisitando storie già note di una nota Flottiglia - parte prima, Lo Scarabeo, Bologna, 2000 ISBN 88-8478-000-4
Rivisitando storie già note di una nota Flottiglia - parte seconda, Lo Scarabeo, Bologna, 2000 ISBN 88-8478-001-2
Junio Valerio Borghese. Un principe, un comandante, un italiano, Lo Scarabeo, Bologna, 2004 ISBN 88-8478-066-7
Scirè. Storia di un sommergibile e degli uomini che lo resero famoso, Lo Scarabeo, Bologna, 2007 . ISBN 978-88-8478-093-5
«Direttore di tiro c.a. di Incrociatore colpito durante un attacco aereo nemico, portatosi personalmente al complesso reagiva prontamente con tiro intenso ed efficace. Successivamente si prodigava con slancio nelle misure di sicurezza e nella rimessa in efficienza degli impianti avariati e partecipava alla ricerca dei feriti. Mar Tirreno, 4 dicembre 1942.»
«Comandante di base avanzata di mezzi d'assalto, durante una missione offensiva contro i rifornimenti sulla testa di ponte di Anzio, avvistata una corvetta, attaccava l'unità nemica con bombe antinave, dimostrando somma decisione e grande sprezzo del pericolo. Colpita l'unità nemica, che è da ritenersi affondata, dati i danni riportati, manovrava con serena, particolare perizia, riuscendo a trarre in salvo l'unità a lui affidata dalla violenta reazione di fuoco di altre unità nemiche accorse sul punto dello scontro. Esempio di grande coraggio, decisione, serena valutazione delle situazioni e attaccamento al dovere. Acque di Anzio, 1944»
↑Decreto Legislativo Luogotenenziale 5 ottobre 1944 n.249, Art.1, comma 7: "Sono privi di efficacia giuridica i seguenti atti o provvedimenti adottati sotto l'imperio del sedicente governo della Repubblica Sociale Italiana: [omissis] il conferimento di decorazioni".
Erminio Bagnasco e Marco Spertini, I mezzi d'assalto della X Flottiglia MAS 1940-1945, Parma, Ermanno Albertelli Editore, 1991.
Junio Valerio Borghese, X Flottiglia MAS, Milano, Garzanti, 1950.
Arnaldo Cappellini, Torpedini Umane contro la flotta inglese, Milano, Edizioni Europa, 1947.
Giorgio Giorgerini, Uomini sul fondo. Storia del sommergibilismo italiano dalle origini ad oggi, Milano, A. Mondadori, 2002.
Sergio Nesi, Un "Alcione" dalle ali spezzate, Bologna, Arti Grafiche ElleCi, 1989.
Giuseppe Rocco, L'organizzazione militare della RSI: sul finire della seconda guerra mondiale, Milano, Greco & Greco Editori s.r.l., 1998, ISBN88-7980-173-2.
Roberto Serra, Orione 1943. L'ultima missione della X Flottiglia MAS, Modena, Artestampa, 2014.
Periodici
Erminio Bagnasco, I mezzi d'assalto italiani 1940-1945, in Storia Militare dossier, n.22, Parma, Edizioni Storia Militare, novembre-dicembre 2015, ISSN2279-6320(WC· ACNP).
Carlo De Risio, La X MAS contro gli anglo-americani dopo l'armistizio, in Nuova Storia Contemporanea, XVII, n.1, gennaio-febbraio 2013.
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