Family Tree DNA

設立

1999年、グリーンスパンは一線を退き、余暇に自身の家族史の研究に取り組んでいた。彼は母方のニッツ家の家系についても研究を始めたが、思うほどの手掛りが得られなかった。その後、彼はメディアによって、先祖を解明するために遺伝学が使用された2つの例を知ることになる。 1つはユダヤ人がアシュケナージ派とセファラド派の両派に分かれているにもかかわらず、コーヘン姓の男性は同じY染色体ハプログループに属しているという研究。もう1つは米国大統領・トーマス・ジェファーソンの父方の叔父と、ジェファーソン家に仕えた解放奴隷サリー・ヘミングスの男系子孫が、同じY染色体ハプログループTという、欧米人の中でも稀少な遺伝子を共有し親族関係であることが解明されたとするもの。これらはアリゾナ大学による研究の成果であった。グリーンスパンにはカリフォルニア州にニッツ家のいとこがおり、同じ東ヨーロッパの出身で同姓の人物がアルゼンチンに存在することが分かった ため自身の家系研究にも、これらと同様の手法を用いたいと考え、アリゾナ大学のマイケル・ハマー博士に連絡をした。ところが、学術研究機関は一般人の家系研究のための遺伝子検査を提供しておらず、一般人が家系研究のために顧客となって 直接遺伝子検査を行おうと思っても、それを実施してくれる機関が存在しないことを知る。そこで彼は自身の家系の不解明の部分を明らかにするため、自ら遺伝子解析会社を起業したのである。

アリゾナ大学に断られたことをきっかけに、グリーンスパンは起業することとなったが、彼ががマックス・ブランクフェルドやジム・ウォーレンらとともにFamilyTreeDNA社を設立した時、結局はアリゾナ大学アリゾナ研究所が同社の解析を請負うこととになった。 そして、FamilyTreeDNA社の科学研究員には、1997年にコーヘンのモーダル・ハプロタイプについて初めてネイチャー誌に発表した科学者チームの1人であるマイケル・ハマー博士(PhD)も加わることになった。

同社は2000年1月、正式発足し試験運用を経て、同3月、Y染色体の12種のSTR検査から始まった。当初はPCR検査が用いられた。次世代型シーケンサーを用いて精度が飛躍的に向上するのは、さらに後のことである。

設立当初（2000年-2006年）

最初に提供した検査は、Y染色体のSTR解析とミトコンドリアDNAの解析で、Y染色体に関しては11マーカーの解析であったが、STRの（DYS385）の領域には、ほぼ常に2つのコピーがあり、12種類の数値（縦列反復数）が得られるため、「12 STR マーカーテスト」と呼ぶようにした。ミトコンドリアDNAの解析に関してはHVR1（超可変領域1）に関するもののみであったが、後にに、HVR1とHVR2の両方を解析する「Plus テスト」がオプションで申し込み可能となった。そのため、設立初期の解析では、ミトコンドリアDNA、Y染色体ともにSNP、ハプログループの特定までは出来ず、親子鑑定が可能な程度の精度しかなかった。

2005年、ナショナルジオグラフィック協会がIBMの出資によりジェノグラフィック・プロジェクトを立ち上げると、FamilyTreeDNA社がその解析作業を担うことになる。同上のプロジェクトでは、同様にY染色体は「12種類のSTR マーカーテスト」を行い、その数値をもとに分岐指標となるSNPテストが1種加わり、民族情報を知る手掛りとなるハプログループの特定が可能となった。

ゲノミクス研究センターの開設（2006年以降）

2006年、FamilyTreeDNA社は、遺伝子家系解析を提供するドイツの起業会社である「DNA-Fingerprint社」を買収。この買収により、同社の研究員であったトーマスとアストリッド・クラーンがテキサス州ヒューストンに移り、ゲノミクス研究センターの開設に協力した。

ゲノミクス研究センター開設後、サンガー検査法を使用したY染色体SNP解析を開始。また、ミトコンドリアDNAに関しても、サンガー検査法を使用し、既存被検者も追加料金を支払うことでミトコンドリアDNAのフルゲノム解析を利用可能にした。

さらに「Walk Through the Y（WTY）テスト」を開始。この解析サービスにより、世界で初めて一般人が自身のY染色体の中から未知のSNPを発見可能な機会が提供された。これにより、研究者によって既知のDNA型を顧客に知らせるという従来の遺伝子解析会社の解析スタイルから脱却し、顧客から得られた未知のDNA型を、同社が所蔵する膨大なデータと照合し、新たな分岐の系統として学術的に貢献、分子生物学を発展させていくスタイルが備わることになった。

その間、多くの解析作業はアリゾナ大学の研究室で行われていたが、追加検査の需要拡大により、創設者のグリーンスパンとブランクフェルドは、総ての解析を、テキサス州ヒューストンにある「Genealogy by Genetics社」傘下の自社の解析研究所に移すことにした。

FamilyTreeDNA社は、ジェノグラフィック・プロジェクトの第2フェーズ（次世代型シーケンサーによる解析）における「GENO 2.0」の開始に協力し、2016年まで、公的研究と科学的研究のためのサンプルは、テキサス州ヒューストンのFamilyTreeDNA社のゲノミクス研究センターで解析がなされた。