第1シーズン（第1話 - 第10話）
2023年2月9日、大企業・丸菱商事では中央アジアのバルカ共和国でエネルギープラント事業を進めていた最中、現地のインフラ会社・GFL社に1億ドル（約140億円）が誤送金されてしまう事件が発生。エネルギー開発事業部2課長の乃木憂助は関与を疑われ、差額9千万ドルを回収するため単身バルカへ向かう。
GFL社の社長・アリ・カーンから返金を拒まれた乃木は、テロリストのアル=ザイールが契約金を全額ダイヤモンドにロンダリングして持ち出した情報を掴む。しかし、ザイールが「お前がVIVANTか？」と謎の言葉を告げて自爆テロを起こし、乃木は偶然そこにいた警視庁公安部の刑事・野崎守に間一髪で救出される。野崎は、中央アジアに拠点を置く国際テロ組織・テントの情報を追っていた。
乃木と野崎は搬送先の病院にいたWHI（世界医療機構）の医師・柚木薫と共に爆破事件の重要参考人としてバルカ警察のチンギスに追われることになり、野崎の協力者・ドラムらの援助のもと幾度かの波乱を乗り越えて帰国を果たす。その道中、野崎はザイールの言葉「VIVANT」の意味が、日本を陰で守る自衛隊の諜報組織「別班（BEPPAN）」のことではないかとの推測する。
その後、薫の患者で道中に乃木を助けた少女・ジャミーンが持病の心臓病治療のため来日。彼女のアルバムから、同僚の山本巧がテントの特別諜報員・モニターで誤送金事件の黒幕と知った乃木は、別班の諜報員としての本性を現し、部下の黒須駿と共謀して自殺に見せかけ排除する。
テントの創始者ノゴーン・ベキが生き別れた父・乃木卓であることを知った乃木は、「日本の敵として父を排除すべき」という宿命に苛まれつつ、任務遂行中に他の別班員を銃撃。テントのナンバー2・ノコルを通じてテントに入り込み、40年ぶりに父との再会を果たす。そこで、テントの活動の実態と、その真の目的を知る。
テントの活動目的が、孤児院運営のための資金調達だと知った乃木は、これ以上テロ活動を起こさなくて済むよう、野崎やノコルとの協力の元バルカのフローライト鉱脈の買収に協力し、ベキも買収が完了次第警視庁公安部に投降することで合意する。しかし、ベキが日本へ移送された直後、野崎の部下でテントのモニターでもあった新庄浩太郎の手引きで逃亡する。ベキはかつて自身と家族を見殺しにした元上官への復讐を図るが、その寸前で急遽日本に戻った乃木に狙撃され、事件は収束する。
乃木は全てを終わらせて帰還し、共同生活を始めていた薫やジャミーンと抱擁する。しかし、乃木の別人格・Fから、緊急招集の合図が出ていることを告げられる。
第2シーズン（第11話 - ）
2023年5月、テントとの一連の事件から帰還した乃木は、薫やジャミーンと共同生活をしていたが、別班司令・櫻井里美による緊急招集を受け本部へ急行。そこで、黒須ら別班員5人が何者かに拉致されていたことを知る。
乃木はテント幹部のアリ、ベキらの逃亡を手助けした新庄とタイの実業家、チョッキーを黒幕と睨んで行方を追うが、結局彼らは何も知らなかった。
一連の事件は、「中国の別班」とも称されるシンシーへの潜入のため、野崎が手引きした作戦の一環であった。野崎は別班員の情報を手土産に、ゴルバド共和国にて最高責任者・樊林杏と接触し、シンシーの幹部に成りすまそうとするが、死んだはずのエージェント・劉銘軒に見破られ、ドラムとともに勾留される。シンシーは核融合反応の研究者・エリシャ・ママドフを拘束した情報ブローカー・タイラン・グリエワの依頼で、7年前にテントの襲撃を受け行方不明となった娘・プリシャ・ママドフを探していた。
捜査の結果、別班員たちはゴルバド共和国のシンシーの拠点、シャキ城に監禁されていることが判明する。メンバーの和田貢が殺され、残りの4人も命の危機にさらされていたが、城への潜入が困難と判断した櫻井らは救出を断念する。単独で別班員を救出することになった乃木は、ノコルの協力のもとで丸菱商事専務でもある別班員・長野利彦のエージェント・ゲルンや旧テントの関連組織・Y2Kの精鋭、新庄、チョッキーの助力を得て、ハッカーである太田梨歩（ブルーウォーカー）と東条翔太の後方支援のもと、奪還作戦に挑むこととなる。
シャキ城の麓のオルコ村の人々を説得しシャキ城に突入した乃木たちは、城内の罠やシンシーの兵士との戦いをチョッキーやブルーウォーカーの協力で制し、別班員を救出する。奪還を知ったシンシー本部はガラマン空港へと逃走する乃木たちに対し工作員と現地警察を動員するが、そこに駆けつけたチンギスが加勢して警察を足止めする。乃木らはチョッキーのプライベートジェットに乗り込みバルカ経由で日本に帰国し、別班奪還作戦は完遂された。
一方、野崎は劉の策略によりマインドコントロール下に置かれ、同じく勾留されるドラムも命の危機に瀕していた。ゴルバドに残ったチンギスは、野崎からのメッセージをもとに監禁場所を特定し、ドラムを救出する。意識を取り戻したドラムは、シンシーは乃木の家にいるジャミーンがプリシャと同一人物であることを疑っていること、そのジャミーンの住所を野崎が自白してしまったと告げる。知らせを聞いた乃木はジャミーンを保護すべくノコル、チンギスとともに急遽帰国し自宅へ向かうが、別班への復讐に燃える樊もまた追手を差し向けていた。
日本
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