Franz Koenigs werd in Duitsland geboren in een welvarende protestantse (lutheraanse) familie van Rijnlandse textielfabrikanten en bankiers. In 1914 trouwde hij met Anna von Kalckreuth, dochter van de Duitse kunstschilder Leopold Graf von Kalckreuth. Met haar kreeg hij drie zonen en twee dochters.
Na de Vrede van Versailles van 1919 hadden Duitse bedrijven te maken met allerlei beperkingen voor de handel met Frankrijk en Groot-Brittannië die niet golden voor handel met en via het tijdens de Eerste Wereldoorlog neutrale Nederland. In 1920 richtte Koenigs samen met zijn Belgische neef Rhodius in Amsterdam de N.V. Rhodius Koenigs Handelmaatschappij op waarmee die handelsbeperkingen ontlopen konden worden. Het bedrijf fungeerde vooral als een bank die kredieten verstrekte aan de Duitse industrie. Koenigs werd directeur van dit bedrijf.
In 1922 vestigde Koenigs zich met zijn gezin in Nederland en betrok Florapark 8 in Haarlem. Hier verzamelde Koenigs een omvangrijke kunstcollectie die vooral bestond uit tekeningen van oude meesters: de Koenigs-collectie. Vanaf 1933 was een deel van deze collectie te zien op exposities in Museum Boijmans in Rotterdam.
Na de Beurskrach van 1929 en de daaropvolgende Grote Depressie in het begin van de jaren 30 kwam Koenigs in financiële problemen. Onder druk van een dreigend faillissement besloot hij in 1931 om geld te lenen bij de door Siegfried Kramarsky geleide bank Lisser & Rosenkranz. Als zekerheid voor deze lening droeg Koenigs in 1931 het eigendom van zijn tekeningencollectie over aan de bank, waarbij hij bedong dat de collectie in bruikleen aan het Museum Boymans (huidige Museum Boijmans Van Beuningen) werd gegeven. De lening van 1,3 miljoen gulden ging in op 5 juni 1935 en gold voor een periode van 5 jaar.
Op 9 februari 1939 verkregen Koenigs en zijn familie de Nederlandse nationaliteit. Pogingen van de uit Duitsland afkomstige Joodse Kramarsky om tot Nederlander te worden genaturaliseerd faalden echter en op 1 september 1939 vluchtte Kramarsky met zijn familie naar de Verenigde Staten. Op 2 april 1940 besloten de aandeelhouders van Lisser & Rosenkranz over te gaan tot de liquidatie van de bank. Omdat Koenigs in 1931 het eigendom van de collectie aan de bank had overgedragen, behoorde zij tot de boedel die bij de liquidatie te gelde moest worden gemaakt. De collectie werd dan ook te koop aangeboden. Op 9 april 1940 kocht Van Beuningen de tekeningen plus twaalf schilderijen voor één miljoen gulden, met de bedoeling de collectie bijeen te houden in het Rotterdamse museum. Van Beuningen schonk een deel aan de Stichting Museum Boymans, maar verkocht in januari 1941 — tegen de wens van Koenigs in — 527 tekeningen aan de Duitse Hans Posse, ten behoeve van het geplande Führermuseum in Linz.
Oorlog en overlijden
Spoedig na de Duitse inval in Nederland werd Koenigs opgepakt en enkele dagen vastgehouden voor verhoor. Onder druk van Helmut Wohltat, Beauftragter voor De Nederlandsche Bank, trok Koenigs zich terug uit de directie van de Rhodius Koenigs Handelmaatschappij waar hij wel lid van de raad van commissarissen mocht blijven. Ondanks zijn afkeer van het nationaalsocialisme bleef hij toch handel drijven met nazi-Duitsland en had hij commissariaten bij Krupp en Bayer. Op 6 mei 1941 overleed hij toen hij op het station in Keulen tussen de trein en het perron terechtkwam. Geruchten dat hij vermoord werd of zelfmoord pleegde, zijn nooit bewezen.
