Carreira de jogador
Nascido em Orzinuovi, Favalli foi revelado na Cremonese e iniciou a carreira profissional com apenas 16 anos, enfrentando a Sambenedettese pela Série B de 1988–89 com apenas 16 anos. Ele ainda jogaria mais uma partida na campanha que garantiu o acesso dos Grigiorossi para a Série A, pela qual estreou em setembro de 1989, na derrota por 2 a 1 para a Internazionale. Embora não conseguisse evitar o rebaixamento da Cremo para a segunda divisão, permaneceu no clube e marcou seu primeiro gol em janeiro de 1991, contra o Modena.
Seu desempenho fez com que a Lazio pagasse 5 bilhões de liras para tirar Favalli da Cremonese, sendo a primeira contratação feita pelo presidente Sergio Cragnotti. Em 12 temporadas como atleta laziale, tornou-se capitão em 2002 após a saída de Alessandro Nesta para o Milan, conquistando 8 títulos pelo clube - o único deles atuando com a braçadeira foi o da Copa da Itália de 2003–04. Encerrou sua passagem pela Lazio com 401 jogos oficiais disputados, tornando-se o segundo atleta com mais partidas (26 a menos que o romeno Ștefan Radu, que entrou em campo 427 vezes), e transferiu-se sem custos para a Internazionale em junho de 2004. Pelos Nerazzurri, venceu a Série A de 2005–06 (título repassado após o "Calciopoli"), duas Copas da Itália e uma Supercopa, disputando 68 jogos. Sem espaço após a chegada de Fabio Grosso e considerado "excedente" no elenco, Favalli deixou a Internazionale e assinou como agente livre com o Milan.
Com os Rossoneri, enfrentou a concorrência de Paolo Maldini, Marek Jankulovski e Kakhaber Kaladze na lateral-esquerda, sendo mais utilizado como zagueiro pelo técnico Carlo Ancelotti devido às ausências de Nesta e Kaladze por lesões. Em sua primeira temporada como jogador rossonero, venceu a Liga dos Campeões da UEFA, onde atuou em 4 jogos, tendo entrado nos minutos finais em 2 (o segundo jogo da semifinal contra o Manchester United e a decisão frente ao Liverpool), além de receber o apelido de "Favallinho" depois de marcar 2 gols nas vitórias sobre Empoli e Messina, pela Série A (os únicos dele na primeira divisão e últimos como profissional). Além da Liga dos Campeões, venceu uma Supercopa da UEFA e a Mundial de Clubes da FIFA, também em 2007 - nesta última, herdou a vaga de Ronaldo na última hora, devido a uma lesão sofrida pelo brasileiro que o impediu de ser inscrito.
A última das 486 partidas de Favalli na primeira divisão foi contra a Juventus, em maio de 2010, vencida pelo Milan por 3 a 0. Após deixar o gramado, foi aplaudido pela torcida e abraçou o então técnico Leonardo. O lateral encerrou a carreira com 670 jogos oficiais por clubes, marcando 11 gols, voltando à Cremonese para treinar as categorias de base do clube.
Carreira internacional
Entre 1989 e 1992, Favalli representou as seleções de base da Itália, tendo inclusive disputado os Jogos Olímpicos de Barcelona.
Pela seleção principal, estreou em outubro de 1994 contra a Estônia, pelas eliminatórias da Eurocopa de 1996, mas não foi incluído por Arrigo Sacchi na lista de convocados. Também não foi lembrado para a Copa do Mundo de 1998 pelo técnico Cesare Maldini, com quem havia trabalhado nas seleções de base italianas.
Voltaria a ser convocado apenas em 2004, ano em que jogaria sua única competição pela Squadra Azzurra, a Eurocopa de 2004, jogando apenas contra a Suécia, pela segunda rodada do grupo C. No mesmo ano, atuaria mais 2 vezes contra Islândia (amistoso) e Noruega (eliminatórias da Copa do Mundo de 2006).
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