Antes de chegar ao Senado, exerceu três mandatos de deputado federal e governou a Bahia de 2007 a 2014. Nos governos de Luiz Inácio Lula da Silva e Dilma Rousseff, chefiou o Ministério do Trabalho e Emprego, a Secretaria de Relações Institucionais, o Ministério da Defesa e a Casa Civil.
Mudou-se para Salvador em 1974 e, dois anos depois, começou a trabalhar como caldeireiro em Candeias. Trabalhou também como técnico de manutenção no Polo Industrial de Camaçari, onde passou a atuar no Sindicato dos Trabalhadores da Indústria Petroquímica da Bahia, o Sindiquímica. Foi diretor do sindicato e o presidiu entre 1987 e 1989. É casado com Maria de Fátima Carneiro de Mendonça e tem três filhos.
Carreira política
Wagner ajudou a fundar o Partido dos Trabalhadores na Bahia em 1980 e participou da criação da Central Única dos Trabalhadores no estado, tendo sido o primeiro presidente estadual dessas organizações. Sua atuação sindical e partidária foi acompanhada pelos órgãos de informação da ditadura militar.
Eleito deputado federal em 1990 e reeleito em 1994 e 1998, exerceu o cargo de 1991 a 2003. Disputou a prefeitura de Camaçari em 2000 e o governo da Bahia em 2002, sem ser eleito. Na disputa estadual, recebeu 2.057.022 votos, equivalentes a 38,47% dos votos válidos, e ficou em segundo lugar, atrás de Paulo Souto.
Ministério do Trabalho e Secretaria de Relações Institucionais
Nas eleições de 2006, venceu Paulo Souto no primeiro turno, com 3.242.336 votos e 52,89% dos votos válidos. Assumiu o governo em 1º de janeiro de 2007 e permaneceu no cargo até 31 de dezembro de 2014.
Logomarca do primeiro mandato de Wagner.
Foi reeleito em 2010, também no primeiro turno, com 4.101.270 votos e 63,83% dos votos válidos.
Durante sua gestão, foi inaugurado o Hospital do Subúrbio, em Salvador, em setembro de 2010. Foi a primeira parceria público-privada do país na área hospitalar, com atendimento gratuito. Nesse modelo, o governo estadual construiu o hospital e contratou um consórcio privado para equipá-lo e administrar os serviços. A concessão recebeu críticas de Inalba Fontenelle, presidente do sindicato dos trabalhadores em saúde da Bahia, que a considerou uma forma de privatização da saúde pública.
Greves do funcionalismo público estadual
Em 2012, o governo enfrentou a greve da Polícia Militar e uma paralisação dos professores da rede estadual que durou 115 dias, encerrada em agosto. O colunista Felipe Patury avaliou que as paralisações desgastaram o governo e prejudicaram o PT na eleição municipal de Salvador.
Durante a paralisação dos policiais, entre 31 de janeiro e 11 de fevereiro, ocorreram 180 homicídios em Salvador e na região metropolitana, em um balanço preliminar da Secretaria de Segurança Pública. Gravações divulgadas durante a greve levaram a acusações de planejamento de atos de vandalismo contra lideranças do movimento, entre elas Marco Prisco. Wagner defendeu a atuação de seu governo durante a paralisação e afirmou que havia evitado uma ação policial que pudesse causar mortes.
Na greve policial de abril de 2014, Wagner solicitou o envio da Força Nacional de Segurança Pública ao estado. Durante a paralisação, entre 15 e 17 de abril, ocorreram 59 homicídios e 156 roubos de carros em Salvador e na região metropolitana. Prisco foi preso em 18 de abril.
Ministério da Defesa e Casa Civil
Wagner em visita à Base Aérea de Porto Velho, em 2015.
Em dezembro de 2014, Dilma Rousseff o escolheu para substituir Celso Amorim no Ministério da Defesa, a partir de janeiro de 2015. Em 2 de outubro de 2015, passou a chefiar a Casa Civil, substituindo Aloizio Mercadante durante uma reforma ministerial.
Chefia do Gabinete Pessoal da Presidência
Com o anúncio da nomeação de Lula para a Casa Civil, em março de 2016, Wagner passou a chefiar o Gabinete Pessoal da Presidência da República, cargo que recebeu status de ministério. Foi exonerado em 12 de maio de 2016, quando Dilma foi afastada da Presidência.
Em janeiro de 2017, assumiu a Secretaria de Desenvolvimento Econômico da Bahia no governo de Rui Costa, na qual permaneceu até 2018.
Senador pela Bahia
Na eleição presidencial de 2018, defendeu que o PT apoiasse Ciro Gomes, mas participou da campanha de Fernando Haddad, candidato escolhido pelo partido. Disputou uma das duas vagas da Bahia no Senado e foi eleito com 4.253.331 votos, ou 35,71% dos votos válidos, junto com Ângelo Coronel.
Em 2021, apresentou seu nome para disputar novamente o governo da Bahia, mas retirou a pré-candidatura em fevereiro de 2022. Em janeiro de 2023, foi nomeado líder do governo Lula no Senado, função que exerceu até junho de 2026.
Em 4 de outubro de 2026, foi reeleito senador, ao lado de Rui Costa. Com 98,4% das urnas apuradas, tinha 3.907.885 votos, equivalentes a 27,6% dos votos válidos.
Investigação sobre o Banco Master
Em 18 de junho de 2026, Wagner foi alvo da nona fase da Operação Compliance Zero, que investiga o caso do Banco Master. A Polícia Federal apurava a suspeita de que teria recebido um apartamento em Salvador e R$ 3,5 milhões destinados a uma empresa de familiares em troca de atuação política favorável ao banco. Wagner negou irregularidades.
Nas buscas, foram apreendidos US$ 49 mil e 13 relógios em Brasília, além de US$ 16.795, 39.675 euros e R$ 16.500 em Salvador. Wagner afirmou que os dólares vinham de diárias recebidas em viagens oficiais pelo Senado e que os relógios haviam sido adquiridos ao longo dos anos.
Em 24 de junho, após uma reunião com Lula, deixou a liderança do governo no Senado. Declarou que pretendia provar sua inocência e dedicar-se às campanhas de Lula, de Jerônimo Rodrigues e à sua própria reeleição. Seu depoimento, previsto para agosto, foi adiado a pedido da defesa, que alegou não ter acesso integral ao processo.
Com o impeachment aceito pelo Senado Federal, foi afastada temporariamente, sendo afastada definitivamente em 31 de agosto de 2016 com a conclusão do processo.
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