Somrarna i Västerbotten hade redan lagt grunden till debutboken Byn med det blå huset (1959), där Sune Jonsson formulerade sin dokumentära metod. Ansatsen uppmärksammades av museimannen Per-Uno Ågren vid Västerbottens museum, som gav Jonsson i uppdrag att dokumentera avfolkningen i Västerbottens inland. Det resulterade 1962 i utställningen "Bilder från den stora flyttningen", och 1964 i boken med samma namn.
Åren 1962–1965 arbetade han också som programtjänsteman vid Sveriges Radio.
Från 1968 hade han anställning som fältetnolog – en för Sverige unik tjänst – och fotograf vid Västerbottens museum i Umeå. År 2002 överlät Sune Jonsson hela sitt arkiv till museet, som 2014 kunde öppna Sune Jonsson Centrum för dokumentärfotografi.
År 2008 bildades Sällskapet Sune Jonssons vänner, vars syfte är att medverka till att Sune Jonssons verk och minne hålls levande, och att hans samlade verk vårdas och bekantgörs. År 2009 inrättade sällskapet ett årligt stipendium att utdelas till en dokumentärfotograf/filmare som arbetar i Sune Jonssons anda. (För stipendiater, se nedan.)
Bilder från den stora flyttningen. Stockholm: LT. 1964. Libris1210266
Bilder av Kongo: från en mission. Stockholm: LT. 1965. Libris602697
Torpet Åsen på Brännsjöskogen / [bilder av förf.]; text av Sune Jonsson. Stockholm: Nordisk rotogravyr. 1965. Libris1210276
Sammankomst i elden. Stockholm: LT. 1966. Libris1210273
Bilder från bondens år. Stockholm: LT. 1967. Libris1210264
Former och formare: om konsthantverkare, formgivare och slöjdare i Västerbotten / bilder av Sune Jonsson; text av Katarina och Per-Uno Ågren; utg. av Västerbottens museum till utställningen Former & formare. Umeå: utg. 1967. Libris1210271
Nådens barn i Österbotten: om folkliga väckelserörelser i Österbotten och Västerbotten. Umeå. 1967. Libris831941
Bilder från Bornholm / med text av Henning Ipsen; övers. och formgivning: Jane Degerman. Stockholm: LT. 1968. Libris1210265
Prag augusti 1968: en bildrapport. Stockholm: LT. 1968. Libris8197926
Minnesbok över den svenske bonden: huvudsakligast i formen av en bildberättelse om odlingsår, bysammankomster och familjehögtider i den småländska byn Attsjö i Furuby församling av Kronobergs län 1969-1971. Stockholm: LT. 1971. Libris22792
Karl Lärkas Dalarna / red. av Karl Lärka och Sune Jonsson. Stockholm: LT. 1974. Libris903587. ISBN 9136003611
Stationskarl Albin E. Anderssons minnen: roman. Stockholm: Askild & Kärnekull. 1974. Libris7589452. ISBN 9170083487
Om sommarn, om hösten, bittida, sent: dikter om myrodlarmödor och gräsbärardrömmar / Bo Johansson; med 16 fotografier av Sune Jonsson. Stockholm: LT. 1981. Libris7252455. ISBN 9136015539
Fotografiska bilder: [1948-1981] / Gunnar Forsell; text: Sune Jonsson. Helsingborg: Fyra förläggare. 1982. Libris7747006. ISBN 918524662X
Blombok: bilder av markens örter, ris och träd / Sune Jonsson; medarbetare vid fältarbeten, bildurval och excerptinsamling: Stina Jonsson; [fackgranskning: Olof Rune].. Stockholm: LT. 1983. Libris7252821. ISBN 9136020435
Resan till Tärna: till Stellan Rosén på hans 85-årsdag / [Karin Eriksson, Sune Jonsson och Stellan Rosén]. [Umeå]: [Västerbottens-kuriren]. 1987. Libris7677986. ISBN 9179700950
Löpsedeln och insidan: en bok om tidningen och livet / Bo Strömstedt; [fotografer och bildkällor: Sune Jonsson ...]. Stockholm: Bonnier. 1994. Libris7148872. ISBN 9100554324
Svärdsjö-Envikens nykterhetsförbund 100 år 1895-1995. Svärdsjö. 1995. Libris19504315
Hirkum Pirkum och andra brännvinskryddningar / Lars Andersson, Jan Olsheden; växtbilder: Sune Jonsson; matbilder: Gerry Johansson. Örkelljunga: Settern. 1996. Libris7649945. ISBN 9175864517
Nybyggares dagliga leverne: nybyggare i Vilhelmina i mitten av 1800-talet / av O.P. Pettersson; utgiven på initiativ och uppdrag av Vilhelmina kommun ...; [redaktionskommitté: Knut Isaksson ...; granskning: Ola Wennstedt ...]; [foto: Sune Jonsson ...; illustrationer: Mats Fahlén].. Skrifter utgivna av Språk- och folkminnesinstitutet, Dialekt-, ortnamns- och folkminnesarkivet i Umeå. Serie C, Folkminnen och folkliv, 1404-4757; 9. Umeå: Dialekt-, ortnamns- och folkminnesarkivet (DAUM. 1999. Libris7757530. ISBN 9186372327
Träkyrkor i Sverige / Anders Åman, Marta Järnfeldt-Carlsson; foto: Sune Jonsson. Stockholm: Natur och kultur/LT. 1999. Libris7230875. ISBN 9789127352483
Album: fotografier från fem decennier / Sune Jonsson; redaktör: Per-Uno Ågren. Acta Bothniensia occidentalis, 0347-8114; 23. Umeå: Västerbottens läns hembygdsförb. 2000. Libris8384248. ISBN 9197382205
Sixten Fager / medverkan av Sune Jonsson med flera; fotografi av oljemålningar: Nils-Erik "Newen" Wiklund; [översättning: Ulrika Peroni]. Stockholm: Carlsson. 2006. Libris10235326. ISBN 9173310204
Och tiden blir ett förunderligt ting: fotografier av människor och landskap. Acta Bothniensia occidentalis, 0347-8114; 27. Umeå: Västerbottens läns hembygdsförbund. 2007. Libris10426893. ISBN 9789197382274
Livstycken / Sune Jonsson; text: Val Williams; [översättning: Ulrika Junker Miranda]. Stockholm: Max Ström. 2014. Libris14808356. ISBN 9789171262431