Et generaldirektorat er en organisationsform inden for offentlig forvaltning og en betegnelse for visse direktorater, som udgør en selvstændig del af et ministerium og er ligestillet med et departement. Kendetegnende for et generaldirektorat i Danmark var, at den øverste leder (generaldirektøren) ikke blot havde beføjelser som tilsvarende ledere af almindelige direktorater og nutidens styrelser, men tillige var "ministerumiddelbar". Dette indebar, at generaldirektøren refererede direkte til ressortministeren og derved indtog en stilling svarende til en departementschef. Det var imidlertid ikke alle ministerumiddelbare direktorater, der blev betegnet som generaldirektorater, ligesom der fandtes undtagelser fra den direkte ministerreference; eksempelvis var generaldirektøren for Danmarks Radio ikke ministerumiddelbar.
I det danske statsapparat har institutioner som Toldvæsenet, Teledanmark, Postvæsenet (også benævnt Post- og telegrafvæsenet, senere Post Danmark) samt De Danske Statsbaner (DSB) historisk været organiseret som generaldirektorater. I 1977 var det således udelukkende generaldirektoraterne for Statsbanerne og for Post- og telegrafvæsenet, der var tilbageførte under denne organisationsform. Generaldirektoraterne blev endeligt nedlagt i Danmark op gennem 1990'erne, idet Toldvæsenet og Teledanmark overgik til andre former i 1990, fulgt af DSB i 1993 og slutteligt Post Danmark i 1995.
Betegnelsen benyttes i dag også om EU's forvaltningsafdelinger og organer under EU-Kommissionen, hvor det ofte forkortes "GD". Kommissionen består af 36 generaldirektorater og tjenesteafdelinger, som i deres funktion omtrent svarer til et dansk ministeriums departement. Hvert GD ledes af en EU-kommissær. Tidligere blev EU's generaldirektorater udelukkende identificeret ved et nummer, men fra og med Prodi-kommissionen har afdelingerne i stedet fået navn efter deres specifikke ressortområde.
