Ab 1988 arbeitete er als freier Kulturjournalist für verschiedene Zeitungen, darunter die Neue Zürcher Zeitung, Weltwoche und den Zürcher Tages-Anzeiger. Von 1995 bis 1998 war er Co-Direktor des neu eröffneten Forums der Schweizer Geschichte Schwyz. 1998 wurde er als Nachfolger von Walter Binder zum Direktor der Schweizerischen Stiftung für die Photographie in Zürich gewählt, die er bis 2024 leitete. Der neue Direktor des Kunsthauses Zürich, Christoph Becker, wollte der Stiftung kein Gastrecht mehr gewähren. Zwischen 2001 und 2003 entwickelte Pfrunder in Zusammenarbeit mit Martin Gasser ein Projekt für den Umzug der Fotostiftung vom Kunsthaus Zürich, wo sie von 1976 bis 2001 ihr Domizil hatte, nach Winterthur. 2003 wurden die Ausstellungs- und Archivräume, eine Forschungsbibliothek sowie Vermittlungsräume eingeweiht. 2017 kamen eine Abteilung für Digitalisierung (Digital Lab) und zusätzliche Vermittlungsräume für die Präsentation des Archivs der Fotostiftung dazu. Pfrunder realisierte zusammen mit anderen Kuratoren Ausstellungen und gemeinsam mit zahlreichen Textautoren Publikationen über historische und zeitgenössische Fotografie, darunter eine Übersichtsdarstellung zur Geschichte des Fotobuchs in der Schweiz. Die Stiftung ist eine von vier vom Bund finanzierte Gedächtnisinstitution. Während seiner Amtszeit konnte er die Archive von Balthasar Burkhard und Hans Danuser übernehmen. Zu Pfrunders Schwerpunkten gehörte auch die Bekanntmachung von Schweizer Fotoschaffenden im Ausland. 2019 kuratierte er die 15. Ausgabe des Lianzhou Foto Festival 2019 in China unter dem Titel «A Chance for the Unpredictable.» Er ist Mitglied des Stiftungsrats der Karlheinz Weinberger Stiftung.
Kuratierte Ausstellungen (Auswahl)
Fotostiftung Schweiz, Winterthur
(Quelle: )
2003: Fokus 50er Jahre. Yvan Dalain, Rob Gnant und «Die Woche» (zusammen mit Martin Gasser)
Pfaffen, Ketzer, Totenfresser. Fastnachtskultur der Reformationszeit – Die Berner Spiele von Niklaus Manuel. Dissertation. Chronos Verlag, Zürich 1989, ISBN 978-3-905278-37-8.
Jules Decrauzat. Der erste Fotoreporter der Schweiz. Echtzeit Verlag, Basel 2015, ISBN 978-3-905800-93-7.
Kindheit in der Schweiz. Fotografien. Limmat Verlag. Zürich 2015, ISBN 978-3-85791-782-0.
Walter Bosshard: China brennt. Bildberichte 1931–1939. Limmat Verlag, Zürich 2018, ISBN 978-3-85791-865-0.
Bild für Bild. Eine Geschichte der Fotostiftung Schweiz. Lars Müller Publishers, Zürich 2021, ISBN 978-3-03778-679-6.
Als Herausgeber
Vom Staunen erzählen: Hans Peter Klauser. Fotografien 1933–1973. Zur Ausstellung im Kunsthaus Zürich. 4. November 1999 bis 6. Februar 2000, und im Museum Appenzell, 27. Mai bis 22. Oktober 2000, Texte: Hans Peter Klauser, Peter Pfrunder, Roland Gretler, Martin Gasser, Guido Magnaguagno. Offizin Verlag, Zürich 1999, ISBN 3-907496-02-7.
Theo Frey – Fotografien. Texte: Theo Frey, Martin Gasser, Klaus Merz, Sabine Münzenmaier, Peter Pfrunder. Limmat Verlag, Zürich 2008, ISBN 978-3-86521-886-5.
Gotthard Schuh – eine Art Verliebtheit. Texte: Peter Pfrunder, Gilles Mora, Martin Gasser. Steidl Verlag, Göttingen 2009, ISBN 978-3-86521-886-5.
Schweizer Fotobücher. Eine andere Geschichte der Fotografie. Texte: Martin Gasser, Sabine Münzenmaier, Peter Pfrunder. Lars Müller Publishers, Zürich 2011, ISBN 978-3-03778-274-3.
Peter Knapp – Mon temps: Modefotografie 1965–1980. Texte: Peter Pfrunder, Laura Ragonese, Fotografien: Peter Knapp. Scheidegger & Spiess, Zürich 2022, ISBN 978-3-03942-100-8.
Fabrikzeit. Spurensicherung auf dem Sulzer-Areal Winterthur. Mitwirkende: Giorgio von Arb, Peter Pfrunder. Offizin Verlag, Zürich 1992, ISBN 3-907495-37-3.
Fernsicht. Walter Bosshard – Ein Pionier des modernen Photojournalismus. Schweizerische Stiftung für die Photographie (Hrsg.), Texte: Annemarie Hürlimann, Peter Pfrunder, Verena Münzer. Benteli Verlag, Bern 1997, ISBN 978-3-7165-1082-7.
Seitenblicke. Die Schweiz 1848 bis 1998 – eine Photochronik. Peter Pfrunder und Walter Binder (Hrsg.) Offizin Verlag, Zürich 1998, ISBN 3-907495-90-X.
Durchs Bild zur Welt gekommen: Reportagen und Aufsätze zur Fotografie. Martin Gasser, Peter Pfrunder und Schweizerische Stiftung für die Photographie (Hrsg.), Texte: Hugo Loetscher, Jeroen Dewulf, Peter Pfrunder. Scheidegger & Spiess, Zürich 2001, ISBN 978-3-8588-1133-2.
Tausend Blicke. Kinderporträts von Emil Brunner aus dem Bündner Oberland 1943/44. Mit Erinnerungen der Porträtierten, Texte: Erika Hössli, Paul Hugger und Peter Pfrunder. Schweizerische Stiftung für die Photographie (Hrsg.) Limmat Verlag, Zürich 2002, ISBN 978-3-85791-410-2.
Roberto Donetta – Fotograf und Samenhändler aus dem Bleniotal. Gian Franco Ragno und Peter Pfrunder (Hrsg.), Texte Matthias Böhni, Marco Franciolli, Antonio Mariotti, Peter Pfrunder, Gian Franco Ragno, David Streiff. Limmat Verlag, Zürich 2016, ISBN 978-3-85791-807-0.
Simone Kappeler – America 1981. Jürg Trösch und Markus Bosshard (Hrsg.), Text: Peter Pfrunder, Fotografien: Simone Kappeler. Scheidegger & Spiess, Zürich 2020. ISBN 978-3858816795.
Pia Zanetti. Fotografin. Die Welt mit der Kamera befragen. Das Lebenswerk der Fotojournalistin Pia Zanetti. Peter Pfrunder und Jürg Trösch (Hrsg.), Texte: Nadine Olonetzky und Peter Pfrunder. Verlag Scheidegger & Spiess, Zürich 2021, ISBN 978-3-03942-008-7.
Georg Aerni: Silent Transition. Nadine Olonetzky, Peter Pfrunder (Hrsg.). Texte: Nadine Olonetzky, Peter Pfrunder, Sabine von Fischer. Verlag Scheidegger & Spiess, Zürich 2022, ISBN 978-3-03942-074-2.
↑Peter Pfrunder (Hrsg.): Schweizer Fotobücher. Eine andere Geschichte der Fotografie. Lars Müller Publishers, Zürich 2011, ISBN 978-3-03778-260-6.
↑Anton Holzer:Geschichtsschreibung mit der Kamera. In: Neue Zürcher Zeitung. 17.Januar 2012, ISSN0376-6829 (nzz.ch[abgerufen am 15.März 2025]).
↑Bundesamt für Kultur (BAK): Audiovisuelles Erbe. Online
↑Interview: Urs Steiner:«Wir sammeln mit einem langen Atem». In: Neue Zürcher Zeitung. 19.Oktober 2011, ISSN0376-6829 (nzz.ch[abgerufen am 16.März 2025]).
↑Tom Seymour:The censor is watching: China's mega photo fair – in pictures. In: The Guardian. 17.Dezember 2019, ISSN0261-3077 (theguardian.com[abgerufen am 15.März 2025]).
↑Luciano Rigolini: What you see. Text: Peter Pfrunder. Hrsg. Fotostiftung Schweiz. 2008, ISBN 978-3-03778-139-5. (Begleitpublikation zur Ausstellung)
↑Iren Stehli – So nah, so fern. Texte: Anna Farova, Peter Pfrunder. Hrsg. Fotostiftung Schweiz (Begleitpublikation zur Ausstellung). Limmat Verlag, Zürich 2014, ISBN 978-3-85791-745-5.
↑Barbara Davatz: As Time Goes By. Edition Patrick Frey, 2015, ISBN 978-3-905929-79-9. (Begleitpublikation zur Ausstellung)
↑Adieu La Suisse. Hrsg. und Text: Peter Pfrunder (Katalog zur Ausstellung). Editions Hazan, Paris 2012, ISBN 978-275-4106-60-3.