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Originaire de Montréal, Martin Watier pratique la musique à partir de l'âge de cinq ans et le théâtre à partir du cours secondaire. En 1985, il commence ses études en travail de la scène avec les comédiens Normand D'Amour et Henri Chassé. Il reçoit une bourse d'études en théâtre et comédie musicale qui lui permet d'étudier Upper Canada College de Toronto. On lui décerne, en 1992, le Robertson Davies Drama Award pour «performance exceptionnelle sur scène» pour son rôle d'Amadeus dans la pièce Amadeus, de Peter Shaffer.
