Diaphoretickes

Diaphoretickes
Rendszertani besorolás
Domén:	Eukarióták (Eukaryota);
Csoport:	Diaphoretickes; Adl et al. 2012
Szinonimák
	Corticata
Csoportok
	Archaeplastida; Sar; Haptista; Pancryptista; Telonemia; Lehetséges tagok: Provora; Meteora sporadica; Hemimastigophora;
Hivatkozások
	A Wikifajok tartalmaz Diaphoretickes témájú rendszertani információt. A Wikimédia Commons tartalmaz Diaphoretickes témájú kategóriát.

A Diaphoretickes több mint 400 000 fajt tartalmazó eukarióta csoport. A Föld fotoszintetikus biomasszájának többsége ide tartozik.

Filogenetika

2012-ben a Diaphoretickest az alábbi filogenetikai definícióval határozták meg:

A Bigelowiella natans Moestrup et Sengco 2001 (Rhizaria), Tetrahymena thermophila Nanney et McCoy 1976 (Alveolata), Thalassiosira pseudonana Cleve 1873 (Stramenopila) és Arabidopsis thaliana (Linnaeus) Heynhold, 1842 (Archaeplastida) fajokat tartalmazó, de a Homo sapiens Linnaeus 1758 (Opisthokonta), Dictyostelium discoideum Raper 1935 (Amoebozoa) vagy Euglena gracilis Klebs 1883 (Excavata) fajokat nem tartalmazó legbővebb klád. Ez elágazásalapú definíció, ahol minden csomópont élő.

A Hemimastigophora besorolása ismeretlen. Egyes tanulmányok szerint a Diaphoretickes kládjain belül van mint leginkább vagy kevésbé alátámasztott hipotézis. Mások szerint az összes többi tag testvére, így az elágazásalapú definíció alapján a Diaphoretickes tagja.

Az alábbi csoportokat tartalmazza:

Diaphoretickes

	Stramenopila

	Alveolata

CAM

	Cryptista

	Microheliella maris

Archaeplastida

Taxonómiai történet

A Diaphoretickest először Burki et al. (2008) azonosították a „növények+Hc+Sar megacsoportként”, mivel részei a növények (Archaeplastida), a Haptophyta, a Cryptomonada és a Stramenopila, az Alveolata és a Rhizaria. A Diaphoretickest nevezték Sar/Ha szupercsoportnak vagy „Corticatának a Rhizariával” is. E leírás alapján a legtöbb fotoszintetikus fajt, kivéve az ostoros moszatokat (Euglenozoa) és a cianobaktériumokat. Minden nem az Excavata csoportba tartozó bikontot tartalmaz a Hemimastigophorával együtt. A Corticata név Thomas Cavalier-Smith hipotéziséről kapta a nevét a Glaucophyta és az Alveolata kortikális alveolusainak közös eredetéről. The megagroup was previously described as the sum of Archaeplastida, Rhizaria, and chromalveolates. Azonban ez elavult, elsősorban azon felfedezés révén, hogy a Chromalveolata, a Chromista finomítása nem monofiletikus.

A taxon neve a görög διαφορετικές (különböző nemű) szóból ered, utalva a csoport morfológiai és sejttani jellemzői sokszínűségére.

Genetika

A-családbeli DNS-polimerázok

2024-ben Harada et al. a Guillardia theta DNS-polimeráz A-ja GFP-vel egyesített N-terminális részét hozták létre a Phaeodactylum tricornutum modellkovamoszatban. Az így keletkező zöld fluoreszcenciajel a plasztisz autofluoreszcenciájával átfed, vagyis a G. theta DNS-polimeráz A-ja plasztiszcélzó jel a kovamoszatokban. Ez összefügg a G. theta cryptoPolA N-terminális szekvenciajellemzőivel – e fehérje jelzőpeptidet tartalmaz. A feltételezett elválasztási helytől 5 aminosavra van benne fenilalanin. A cryptoPolA feltehetően az Alphaproteobacteria egyik baktériumából származik.

A Chlorophyceae 27 faja és a Pyramimonadales is tartalmaz DNS-polimeráz A-t, ezek neve chloroPolA, illetve pyramiPolA. A 11 chloroPolA-szekvenciából 5 a zöldmoszatokban való fehérjehelyzet előrejelzésére készült PredAlgo alapján feltehetően mitokondriális. A chloroPolA feltehetően cianobaktériumból származik, míg a pyramiPolA Gammaproteobacteria-fajból.

Az abanPolA-t az Apusomonadida, a Breviatea és az Amoebozoa mellett a Nebulidia is tartalmazza, nevét e négy taxon nevének kezdőbetűjéből kapta. Feltehetően egy Planctomycetesbe tartozó baktériumtól származik.

Az alvPolA az Alveolatában van, feltehetően a sejtmagban van, eredete ismeretlen.

Genomváltozások

Az Excavata és a Diaphoretickes és a Streptophyta elválása közt jelentős géncsaládvesztés, a szárazföldi növények diverzitásának növekedésekor pedig jelentős géncsaládfelvétel történt. Ez egybeesik Bowles et al. 2020-as tanulmányának eredményeivel, mely az új gének számának jelentős növekedését mutatta ki a szárazföldi növények megjelenése idején.

Jegyzetek

1 2 3 4 Adl SM, Simpson AG, Lane CE, Lukeš J, Bass D, Bowser SS, Brown MW, Burki F, Dunthorn M, Hampl V, Heiss A, Hoppenrath M, Lara E, Le Gall L, Lynn DH, McManus H, Mitchell EA, Mozley-Stanridge SE, Parfrey LW, Pawlowski J, Rueckert S, Shadwick L, Shadwick L, Schoch CL, Smirnov A, Spiegel FW (2012. szeptember). "The revised classification of eukaryotes". The Journal of Eukaryotic Microbiology. 59 (5): 429–493. doi:10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMC 3483872. PMID 23020233.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
↑ Bar-On YM, Phillips R, Milo R (2018. június). "The biomass distribution on Earth". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (25): 6506–6511. doi:10.1073/pnas.1711842115. PMC 6016768. PMID 29784790.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
↑ Yazaki, Euki; Yabuki, Akinori; Imaizumi, Ayaka; Kume, Keitaro; Hashimoto, Tetsuo; Inagaki, Yuji; et al. (2022). "The closest lineage of Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris". Open Biology. 12 (210376): 210376. doi:10.1098/rsob.210376. PMC 9006020. PMID 35414259.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link)
1 2 Lax, Gordon; Eglit, Yana; Eme, Laura; Bertrand, Erin M.; Roger, Andrew J.; Simpson, Alastair G. B. (2018. november 14.). "Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes". Nature. 564 (7736): 410–414. Bibcode:2018Natur.564..410L. doi:10.1038/s41586-018-0708-8. PMID 30429611. S2CID 205570993.
↑ Burki F, Shalchian-Tabrizi K, Pawlowski J (2008. augusztus). "Phylogenomics reveals a new 'megagroup' including most photosynthetic eukaryotes". Biology Letters. 4 (4): 366–369. doi:10.1098/rsbl.2008.0224. PMC 2610160. PMID 18522922.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
↑ Cavalier-Smith T, Chao EE, Snell EA, Berney C, Fiore-Donno AM, Lewis R (2014. december). "Multigene eukaryote phylogeny reveals the likely protozoan ancestors of opisthokonts (animals, fungi, choanozoans) and Amoebozoa". Molecular Phylogenetics and Evolution. 81: 71–85. doi:10.1016/j.ympev.2014.08.012. PMID 25152275.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
↑ Cavalier-Smith T (2003. január). "Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa". European Journal of Protistology. 39 (4): 338–348. doi:10.1078/0932-4739-00002.
↑ Hampl V, Hug L, Leigh JW, Dacks JB, Lang BF, Simpson AG, Roger AJ (2009. március). "Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic "supergroups"". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106 (10): 3859–3864. Bibcode:2009PNAS..106.3859H. doi:10.1073/pnas.0807880106. PMC 2656170. PMID 19237557.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
↑ Burki, Fabien; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Pawlowski, Jan (2008). "Phylogenomics reveals a new 'megagroup' including most photosynthetic eukaryotes". Biology Letters. 4 (4): 366–369. doi:10.1098/rsbl.2008.0224. PMC 2610160. PMID 18522922.
↑ Kim, E.; Graham, LE (2008. július). Redfield, Rosemary Jeanne (ed.). "EEF2 analysis challenges the monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata". PLOS ONE. 3 (7): e2621. Bibcode:2008PLoSO...3.2621K. doi:10.1371/journal.pone.0002621. PMC 2440802. PMID 18612431.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link)
1 2 3 4 5 6 7 8 Harada R, Hirakawa Y, Yabuki A, Kim E, Yazaki E, Kamikawa R, Nakano K, Eliáš M, Inagaki Y (2024. február 1.). "Encyclopedia of Family A DNA Polymerases Localized in Organelles: Evolutionary Contribution of Bacteria Including the Proto-Mitochondrion". Mol Biol Evol. 41 (2): msae014. doi:10.1093/molbev/msae014. PMC 10877234. PMID 38271287.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
↑ Domazet-Lošo M, Široki T, Šimičević K, Domazet-Lošo T (2024. március 26.). "Macroevolutionary dynamics of gene family gain and loss along multicellular eukaryotic lineages". Nat Commun. 15 (1): 2663. doi:10.1038/s41467-024-47017-w. PMC 10966110. PMID 38531970.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
↑ Bowles AMC, Bechtold U, Paps J (2020. február 3.). "The Origin of Land Plants Is Rooted in Two Bursts of Genomic Novelty". Curr Biol. 30 (3): 530–536.e2. doi:10.1016/j.cub.2019.11.090. PMID 31956023. Hozzáférés: 2024. május 7.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)

Fordítás

Ez a szócikk részben vagy egészben a Diaphoretickes című angol Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.
Ez a szócikk részben vagy egészben a Diaphoretickes című német Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.

További információk

[Adl_2012-1] 1 2 3 4 Adl SM, Simpson AG, Lane CE, Lukeš J, Bass D, Bowser SS, Brown MW, Burki F, Dunthorn M, Hampl V, Heiss A, Hoppenrath M, Lara E, Le Gall L, Lynn DH, McManus H, Mitchell EA, Mozley-Stanridge SE, Parfrey LW, Pawlowski J, Rueckert S, Shadwick L, Shadwick L, Schoch CL, Smirnov A, Spiegel FW (2012. szeptember). "The revised classification of eukaryotes". The Journal of Eukaryotic Microbiology. 59 (5): 429–493. doi:10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMC 3483872. PMID 23020233.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)

[2] Bar-On YM, Phillips R, Milo R (2018. június). "The biomass distribution on Earth". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (25): 6506–6511. doi:10.1073/pnas.1711842115. PMC 6016768. PMID 29784790.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)

[3] Yazaki, Euki; Yabuki, Akinori; Imaizumi, Ayaka; Kume, Keitaro; Hashimoto, Tetsuo; Inagaki, Yuji; et al. (2022). "The closest lineage of Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris". Open Biology. 12 (210376): 210376. doi:10.1098/rsob.210376. PMC 9006020. PMID 35414259.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link)

[Lax_2018-4] 1 2 Lax, Gordon; Eglit, Yana; Eme, Laura; Bertrand, Erin M.; Roger, Andrew J.; Simpson, Alastair G. B. (2018. november 14.). "Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes". Nature. 564 (7736): 410–414. Bibcode:2018Natur.564..410L. doi:10.1038/s41586-018-0708-8. PMID 30429611. S2CID 205570993.

[5] Burki F, Shalchian-Tabrizi K, Pawlowski J (2008. augusztus). "Phylogenomics reveals a new 'megagroup' including most photosynthetic eukaryotes". Biology Letters. 4 (4): 366–369. doi:10.1098/rsbl.2008.0224. PMC 2610160. PMID 18522922.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)

[6] Cavalier-Smith T, Chao EE, Snell EA, Berney C, Fiore-Donno AM, Lewis R (2014. december). "Multigene eukaryote phylogeny reveals the likely protozoan ancestors of opisthokonts (animals, fungi, choanozoans) and Amoebozoa". Molecular Phylogenetics and Evolution. 81: 71–85. doi:10.1016/j.ympev.2014.08.012. PMID 25152275.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)

[7] Cavalier-Smith T (2003. január). "Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa". European Journal of Protistology. 39 (4): 338–348. doi:10.1078/0932-4739-00002.

[8] Hampl V, Hug L, Leigh JW, Dacks JB, Lang BF, Simpson AG, Roger AJ (2009. március). "Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic "supergroups"". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106 (10): 3859–3864. Bibcode:2009PNAS..106.3859H. doi:10.1073/pnas.0807880106. PMC 2656170. PMID 19237557.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)

[Burki2008a-9] Burki, Fabien; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Pawlowski, Jan (2008). "Phylogenomics reveals a new 'megagroup' including most photosynthetic eukaryotes". Biology Letters. 4 (4): 366–369. doi:10.1098/rsbl.2008.0224. PMC 2610160. PMID 18522922.

[KimGraham2008-10] Kim, E.; Graham, LE (2008. július). Redfield, Rosemary Jeanne (ed.). "EEF2 analysis challenges the monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata". PLOS ONE. 3 (7): e2621. Bibcode:2008PLoSO...3.2621K. doi:10.1371/journal.pone.0002621. PMC 2440802. PMID 18612431.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link)

[Harada_2024-11] 1 2 3 4 5 6 7 8 Harada R, Hirakawa Y, Yabuki A, Kim E, Yazaki E, Kamikawa R, Nakano K, Eliáš M, Inagaki Y (2024. február 1.). "Encyclopedia of Family A DNA Polymerases Localized in Organelles: Evolutionary Contribution of Bacteria Including the Proto-Mitochondrion". Mol Biol Evol. 41 (2): msae014. doi:10.1093/molbev/msae014. PMC 10877234. PMID 38271287.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)

[Domazet-Lošo_2024-12] Domazet-Lošo M, Široki T, Šimičević K, Domazet-Lošo T (2024. március 26.). "Macroevolutionary dynamics of gene family gain and loss along multicellular eukaryotic lineages". Nat Commun. 15 (1): 2663. doi:10.1038/s41467-024-47017-w. PMC 10966110. PMID 38531970.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)

[Bowles_2020-13] Bowles AMC, Bechtold U, Paps J (2020. február 3.). "The Origin of Land Plants Is Rooted in Two Bursts of Genomic Novelty". Curr Biol. 30 (3): 530–536.e2. doi:10.1016/j.cub.2019.11.090. PMID 31956023. Hozzáférés: 2024. május 7.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)