Discoba

Discoba
Rendszertani besorolás
Domén: Eukarióták (Eukaryota)
Csoport: Diphoda
Csoport: Discoba
Hampl et al. 2009
Hivatkozások
A Wikifajok tartalmaz Discoba témájú rendszertani információt.

A Discoba a Diphoda csoportja. Neve a Discicristata és Jakobida csoportok neveinek összevonásából ered. Ezenkívül a csoport tagja a Tsukubamonada és a Heterolobosea is. A Discoba tagja továbbá a Percolozoa, melynek egyetlen ismert embereket fertőző faja az amőbás agyhártyagyulladást okozó Naegleria fowleri.

A Discoba tagja, a Jakobida egyik bazális kládja egyes feltételezések szerint az Ophirinina.

Jellemzői

A Discoba sok gént tartalmazó mitokondriumai általában lemezes cristákkal rendelkeznek. A Pleurostomum flabellatum cristái redukálódtak, így feltehetően redukálódott vagy megszűnt képessége a sejtlégzésre. A mitokondriális genomok hosszúak, például a P. flabellatumé 57 829 bázispár.

Heterolobosea

Egy Heterolobosea-faj, az Acrasis kona mtDNS-ében a többi faj génjeinek 40%-a nincs jelen, és benne többszörös nyitott leolvasási keretek találhatók. Ez a DNS körkörös, GC-tartalma alacsony (16,7%). E mitokondrium 26 ismert fehérjekódoló, 11 tRNS-gén és 10 feltételezett gén található. Ez a faj továbbá képes RNS C→U módosítására is. Az A. kona genomelemzése feltehetően új filogenetikai életfát tehetett lehetővé, ahol az Excavata az Amorphea, a Stramenopila, Alveolata, Rhizaria és a növények kládjait tartalmazó Neozoa testvércsoportja.

A Naegleria fowleri és a Naegleria gruberi mtDNS-ei tartalmazzák a legtöbb gént a Jakobidán kívül 42 igazolt és 4 feltételezett génnel.

Egyes Heterolobosea-fajok, például a Monopylocystis- és a Pseudoharpagon-fajok sós vízben, például tengervízben élnek.

Az Euplaesiobystra salpumilio esetén a sók aktív transzportja 75-100‰ koncentrációjú oldatban a sejtbe, 150‰ koncentrációjúban a sejtből történik. Ezenkívül legalább 4 Heterolobosea-klád nagyon vagy kizárólagosan halofil.

Jakobida

A Jakobida szabadon élő heterotróf ostoros eukarióták rendje. Ezek kicsik, és aerob és anaerob környezetekben is élnek. A monofiletikusnak tekintett rendben jelenleg 20 ismert faj van, és 1993-ban ismerték el rendszertani csoportként.

Egy 2009-es tanulmány szerint mivel sok tenyésztetlen protisztaágat kevés, akár egy szekvencia is képviselhet, ezek igen sokrétű „ritka bioszférát” alkotnak.

A Jakobida-fajok mtDNS-e általában nagyon sok gént tartalmaz, például a legtöbb fehérjét és tRNS-t kódoló gént tartalmazó mtDNS az Andalucia godoyié 66 fehérjekódoló és 22 tRNS-génnel.

Discicristata

A Discicristata a Discoba egyik csoportja, tagjai az ostoros moszatok (Euglenozoa) és a Percolozoa. Nincs Sun fehérjéjük vagy Tpr/Mlp-homológjuk.

Tsukubea

A Tsukubea osztály egyetlen ismert nemzetsége (2023) a Tsukubamonas, ennek egyetlen ismert faja a T. globosa. Ennek mtDNS-e 48 643 bázispárból áll.

Filogenetika

Egy 2015-ös tanulmány szerint testvércsoportja a Diaphoretickes.

Fontosság

A Discoba-fajok mitokondriális genomjainak megismerése fontos a mtDNS korai fejlődésének megértéséhez, mivel mtDNS-ük nagyon sok gént tartalmaz.

Jegyzetek

  1. ↑ Rodríguez-Ezpeleta, Naiara; Brinkmann, Henner; Burger, Gertraud; Roger, Andrew J.; Gray, Michael W.; Philippe, Hervé; Lang, B. Franz (2007). "Toward Resolving the Eukaryotic Tree: The Phylogenetic Positions of Jakobids and Cercozoans". Current Biology. 17 (16): 1420–1425. doi:10.1016/j.cub.2007.07.036. PMID 17689961. {{cite journal}}: |access-date= requires |url= (súgó)
  2. ↑ Luis Javier Galindo, Kristina Prokina, Guifré Torruella, Purificación López-García, David Moreira (2023). "Maturases and Group II Introns in the Mitochondrial Genomes of the Deepest Jakobid Branch". Genome Biol Evol. PMC 10139444. PMID 37029959. {{cite journal}}: |access-date= requires |url= (súgó); Unknown parameter |month= ignored (súgó)CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  3. 1 2 Khaoula Ettahi, Duckhyun Lhee, Ji Yeon Sung, Alastair G B Simpson, Jong Soo Park, Hwan Su Yoon (2021). "Evolutionary History of Mitochondrial Genomes in Discoba, Including the Extreme Halophile Pleurostomum flabellatum (Heterolobosea)". doi:10.1093/gbe/evaa241. PMC 7900873. PMID 33185659. {{cite journal}}: |access-date= requires |url= (súgó); Cite journal requires |journal= (súgó); Unknown parameter |month= ignored (súgó)CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  4. 1 2 3 4 5 6 Cheng-Jie Fu, Sanea Sheikh, Wei Miao, Siv G. E. Andersson, Sandra L. Baldauf (2014). "Missing Genes, Multiple ORFs, and C-to-U Type RNA Editing in Acrasis kona (Heterolobosea, Excavata) Mitochondrial DNA". Genome Biol. Evol. 6 (9): 2240–2257. PMC 4202320. PMID 25146648. {{cite journal}}: |access-date= requires |url= (súgó); Unknown parameter |month= ignored (súgó)CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  5. ↑ Ding He, Omar Fiz Palacios, Cheng-Jie Fu, Johanna Fehling, Chun-Chieh Tsai, Sandra L. Baldauf (2014. február 17.). "An Alternative Root for the Eukaryote Tree of Life". Current Biology. 24 (4): 465–470. doi:10.1016/j.cub.2014.01.036.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  6. ↑ Tomás Pánek, Eliška Plačková, Ivan Čepička (2014. július 1.). "Survey on diversity of marine/saline anaerobic Heterolobosea (Excavata: Discoba) with description of seven new species" (PDF). International Journal of Systematic and Evolutionary Biology. 64 (Pt 7). doi:10.1099/ijs.0.063487-0. Hozzáférés: 2023. november 1.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  7. 1 2 Hyeon Been Lee, Dong Hyuk Jeong, Jong Soo Park (2022. augusztus 5.). "Accumulation patterns of intracellular salts in a new halophilic amoeboflagellate, Euplaesiobystra salpumilio sp. nov., (Heterolobosea; Discoba) under hypersaline conditions". Front Microbiol. 13. PMC 9389213. PMID 35992684. {{cite journal}}: |access-date= requires |url= (súgó)CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  8. 1 2 O'Kelly, Charles J. (1993). "The Jakobid flagellates: structural features of Jakoba, Reclinomonas, and Histonia and implications for the early diversification of eukaryotes". Journal of Eukaryotic Microbiology. 40 (5): 627–636. doi:10.1111/j.1550-7408.1993.tb06120.x. S2CID 85938682.
  9. ↑ Strassert, Jürgen F. H.; Tikhonenov, Denis V.; Pombert, Jean-François; Kolisko, Martin; Tai, Vera; Mylnikov, Alexander P.; Keeling, Patrick J. (2016). "Moramonas marocensis gen. nov., sp. nov.: a jakobid flagellate isolated from desert soil with a bacteria-like, but bloated mitochondrial genome". Open Biology. 6 (2): 150239. doi:10.1098/rsob.150239. PMC 4772810. PMID 26887409.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link) CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link)
  10. 1 2 Burger, Gertraud; Gray, Michael W.; Forget, Lise; Lang, B. Franz (2013). "Strikingly Bacteria-Like and Gene-Rich Mitochondrial Genomes throughout Jakobid Protists". Genome Biology and Evolution. 5 (2): 418–438. doi:10.1093/gbe/evt008. PMC 3590771. PMID 23335123.
  11. ↑ Simpson, Alastair G. B. (2017). "Jakobids". In Archibald, John M.; Simpson, Alastair G. B.; Slamovits, Claudio H. (eds.). Handbook of the Protists. Springer, Cham. 973–1003. o. doi:10.1007/978-3-319-28149-0_6. ISBN 978-3-319-28147-6.
  12. ↑ Tomáš Pánek, Petr Táborský, Maria G. Pachiadaki, Miluše Hroudová, Čestmír Vlček, Virginia P. Edgcomb, Ivan Čepička (2015. november 18.). "Combined Culture-Based and Culture-Independent Approaches Provide Insights into Diversity of Jakobids, an Extremely Plesiomorphic Eukaryotic Lineage". Front Microbiol. 6: 1288. doi:10.3389/fmicb.2015.01288. PMC 4649034. PMID 26635756. {{cite journal}}: |access-date= requires |url= (súgó)CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  13. ↑ T. Cavalier-Smith (2003). "The excavate protozoan phyla Metamonada Grassé emend. (Anaeromonadea, Parabasalia, Carpediemonas, Eopharyngia) and Loukozoa emend. (Jakobea, Malawimonas): their evolutionary affinities and new higher taxa". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 53 (Pt 6): 1741–58. doi:10.1099/ijs.0.02548-0. PMID 14657102. {{cite journal}}: Unknown parameter |month= ignored (súgó)
  14. ↑ Damien P. Devos, Ralph Graf, Mark C. Field (2014). "Evolution of the nucleus". Current Opinion in Cell Biology. doi:10.1016/j.ceb.2014.01.004. PMC 4071446. PMID 24508984. Hozzáférés: 2023. november 1. {{cite journal}}: Unknown parameter |month= ignored (súgó)CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  15. ↑ Yabuki, Akinori; Nakayama, Takeshi; Yubuki, Naoji; Hashimoto, Tetsuo; Ishida, Ken-Ichiro; Inagaki, Yuji (2011. július). "Tsukubamonas globosa n. gen., n. sp., A Novel Excavate Flagellate Possibly Holding a Key for the Early Evolution in "Discoba": Tsukubamonas globosa n. g., n. sp". Journal of Eukaryotic Microbiology (angol nyelven). 58 (4): 319–331. doi:10.1111/j.1550-7408.2011.00552.x. PMID 21569159. {{cite journal}}: no-break space character in |title= at position 151 (súgó)
  16. ↑ Cavalier-Smith, Thomas (2013). "Early evolution of eukaryote feeding modes, cell structural diversity, and classification of the protozoan phyla Loukozoa, Sulcozoa, and Choanozoa". European Journal of Protistology. 49 (2): 115–178. doi:10.1016/j.ejop.2012.06.001. ISSN 0932-4739. PMID 23085100.
  17. ↑ Ryoma Kalikawa; et al. (2014). "Gene Content Evolution in Discobid Mitochondria Deduced from the Phylogenetic Position and Complete Mitochondrial Genome of Tsukubamonas globosa". Genome Biol Evol. 6 (2): 306–315. doi:10.1093/gbe/evu015. PMC 3942025. PMID 24448982. {{cite journal}}: |access-date= requires |url= (súgó); Explicit use of et al. in: |author= (súgó); Unknown parameter |month= ignored (súgó)
  18. ↑ Derelle R, Torruella G, Klimeš V, Brinkmann H, Kim E, Vlček Č, Lang BF, Eliáš M (2015. február 17.). "Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root". Proc Natl Acad Sci U S A. 112 (7): E693–E699. doi:10.1073/pnas.1420657112. PMC 4343179. PMID 25646484.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)

További információk