Diphoda

Diphoda
Rendszertani besorolás
Domén: Eukarióták (Eukaryota)
Csoport: Diphoda
Derelle et al. 2015
Kládok

A Diphoda az eukarióták egyik kládja, az Opimoda testvértaxonja. Tagjai a Diaphoretickes és a Discoba.

Neve két közvetlen alárendelt taxonja, a Discoba és a Diaphoretickes nevéből származik.

Történet

Bikonta

1993-ban Thomas Cavalier-Smith leírta a Bikontát, más néven Biciliatát, feltételezése szerint kétostorú lehetett az Archaeplastida, az Excavata, a Rhizaria és a Chromalveolata közös őse, továbbá az Apusozoáról is feltételezte, hogy ide tartozik.:967 A Bikontát a Dictyozoába helyezte, és 16 egysejtű vagy plazmódiumképző törzset különböztetett meg mitokondriumokkal és dikinetidákkal, ahol a Golgi-diktioszómák nem függnek össze hálós ostorgyökerekkel, és az egytörzsű Euglenozoa és a 15 törzsű Neozoa alországágakra osztotta, ezen belül a Neozoát 7 részalországra osztotta.:967, 970–972 A Bikonta jellemzőjeként a dihidrofolát-reduktáz és a timidilát-szintáz egyesülését írták le, és doménszerkezetek és állandó fehérjék, például miozinok elemzésével erősítették meg.

Már 2009-ben kimutatták Rogozin et al., hogy a ritka genomváltozások az Unikonta–Bikonta csoportosítást nem támasztják alá.

He et al. „alternatív eukarióta őst” mutattak ki, melyben a Diaphoretickes és az Excavata az egyik, a többi rendszertani csoport a másik ágon van, de Derelle et al. szerint külparalógok filogenetikai zaja okozhatja ez alternatív őst.

Kétágú rendszer

Derelle et al. 2015-ös tanulmányában baktériumfehérjéket felhasználva az eukariótákat az Opimoda és a Diphoda csoportokra osztotta. Utóbbi a Bikonta legtöbb tagját tartalmazza, de az Opimoda is tartalmaz korábbi Bikonta-tagokat. Kimutatták ezenkívül, hogy az Opimoda–Diphoda felosztást nem ütköző filogenetikai jelek okozzák.

Diphoda: A legnagyobb klád, melynek az Arabidopsis thaliana (Linnaeus) Heynhold 1842 (Archaeplastida), a Bigelowiella natans Moestrup et Sengco 2001 (Rhizaria), a Goniomonas avonlea Kim et Archibald 2013 (Cryptista) és a Jakoba libera (Ruinen 1938) Patterson 1990 tagja, de nem tagja a Homo sapiens Linnaeus 1758 (Opisthokonta), a Dictyostelium discoideum Rapper 1935 (Amoebozoa) és a Malawimonas jakobiformis O'Kelly et Nerad 1999 (Malawimonadida).
– A Diphoda definíciója

Thomas Cavalier-Smith 2022-es tanulmányában vitatta az Opimoda és a Diphoda definíciójának helyességét, a Diphoda tagjait a Discariába helyezte a Chromista közeli rokonaiként.

Morfológia

A Bikonta részcsoportjaként a Diphoda 80S riboszómákat, a harántcsíkolt ostorgyökerekkel kapcsolódó Golgi-diktioszómákat és kétcentriólumos ostorkinetidákat tartalmaz. Ostorral nem rendelkező fajai őseiben nincs jelen a kinetida, néhány csoportban – például a Phalansterium nemzetségben és számos csillósban – egycentriólumosra redukálódott.:967

Legtöbb fajuk mitokondriumokkal rendelkezik, de például néhány anaerob csillósban hidrogenoszóma váltotta fel.:967

Genomika

SF-asszemblin (SFA)-homológok kizárólag a Diphoda algáiban találhatók.

Az mtFfh és mtFfsY a Diphodában széles körben elterjedtek, így legkésőbb közös ősénél jelenhettek meg, de Alphaproteobacteriából való származásuk alapján még ősibbek, feltehetően a protomitokondrium génjeiből származnak, így az utolsó eukarióta közös ősben (LECA) is jelen lehettek, és koordináltan többször is elveszthették különböző csoportok. Ezek a bakteriális jelfelismerő rendszerből maradtak fenn.

Filogenetika

Külső kapcsolatok

Helyzete az eukarióták filogenetikai fáján Derelle et al. szerint:

Eukarióták

Diphoda


Opimoda

Malawimonadida




Ancyromonadida




CRuMs



Amorphea






Az Ancyromonadida helyzete vitatott: lehet a Diphoda tagja vagy a többi élő eukarióta testvércsoportja is.

Belső kapcsolatok

Derelle et al. 2015-ös tanulmánya szerint az alábbi csoportokból áll. A Hemimastigophora helyzete ismeretlen.

Diphoda

Discoba


Diaphoretickes



Provora




Haptista


Tsar

Telonemia



Sar






Cam
Pancryptista

Cryptista



Microheliella




Archaeplastida





Hemimastigophora



Jelentőség

Derelle et al. 2015-ös tanulmányában az eukarióták egyik legkorábban kialakult taxonja, melynek testvércsoportja az Opimoda. A LECA génjei e két csoport együttes vizsgálatával deríthetők fel. A LECA intronsűrűsége Opimoda–Diphoda eredet esetén 10,8 intron eukarióta ortocsoportonként és 1,7 intron Pfam-domén-ortocsoportonként. Ezenkívül morfológiai összehasonlítások alapján a LECA feltehetően kétostorú bakterivor, a Malawimonadidához és a Jakobidához hasonló egysejtű lehetett.

A LECA-ban Vosseberg et al. több mint 12 000 gén lehetséges jelenlétét mutatták ki mintegy 10 000 családból az Opimoda és a Diphoda közti eukarióta őssel.

Jegyzetek

  1. 1 2 3 4 5 6 7 8 Derelle R, Torruella G, Klimeš V, Brinkmann H, Kim E, Vlček Č, Lang BF, Eliáš M (2015. február 17.). "Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root". Proc Natl Acad Sci U S A. 112 (7): E693–E699. doi:10.1073/pnas.1420657112. PMC 4343179. PMID 25646484.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  2. 1 2 3 4 Cavalier-Smith T (1993). "Kingdom Protozoa and its 18 phyla" (PDF). Microbiol Rev. 57 (4): 953–994. doi:10.1128/mr.57.4.953-994.1993. PMC 372943. PMID 8302218. {{cite journal}}: Unknown parameter |month= ignored (súgó)
  3. 1 2 Rogozin IB, Basu MK, Csürös M, Koonin EV (2009. május 25.). "Analysis of rare genomic changes does not support the unikont-bikont phylogeny and suggests cyanobacterial symbiosis as the point of primary radiation of eukaryotes". Genome Biol Evol. 1: 99–113. doi:10.1093/gbe/evp011. PMC 2817406. PMID 20333181.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  4. ↑ Cavalier-Smith T (2022). "Ciliary transition zone evolution and the root of the eukaryote tree: implications for opisthokont origin and classification of kingdoms Protozoa, Plantae, and Fungi". Protoplasma. 259 (3): 487–593. doi:10.1007/s00709-021-01665-7. PMC 9010356. PMID 34940909. {{cite journal}}: Unknown parameter |month= ignored (súgó)
  5. ↑ Soh AWJ, van Dam TJP, Stemm-Wolf AJ, Pham AT, Morgan GP, O'Toole ET, Pearson CG (2020. január 6.). "Ciliary force-responsive striated fibers promote basal body connections and cortical interactions". J Cell Biol. 219 (1): e201904091. doi:10.1083/jcb.201904091. PMC 7039215. PMID 31740506.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  6. ↑ Pyrih J, Pánek T, Durante IM, Rašková V, Cimrhanzlová K, Kriegová E, Tsaousis AD, Eliáš M, Lukeš J (2021. július 29.). "Vestiges of the Bacterial Signal Recognition Particle-Based Protein Targeting in Mitochondria". Mol Biol Evol. 38 (8): 3170–3187. doi:10.1093/molbev/msab090. PMC 8321541. PMID 33837778.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  7. ↑ Yazaki E, Yabuki A, Imaizumi A, Kume K, Hashimoto T, Inagaki Y (2022. április 13.). "The closest lineage of Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris". Open Biol. 12 (4): 210376. doi:10.1098/rsob.210376. PMC 9006020. PMID 35414259.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link) CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  8. ↑ Brown, Matthew W; Heiss, Aaron A; Kamikawa, Ryoma; Inagaki, Yuji; Yabuki, Akinori; Tice, Alexander K; Shiratori, Takashi; Ishida, Ken-Ichiro; Hashimoto, Tetsuo (2018. január 19.). "Phylogenomics Places Orphan Protistan Lineages in a Novel Eukaryotic Super-Group". Genome Biology and Evolution. 10 (2): 427–433. doi:10.1093/gbe/evy014. PMC 5793813. PMID 29360967.
  9. ↑ Vosseberg J, Schinkel M, Gremmen S, Snel B (2022. május 19.). "The spread of the first introns in proto-eukaryotic paralogs". Commun Biol. 5 (476). PMC 9120149. PMID 35589959. Hozzáférés: 2024. augusztus 5.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  10. ↑ Speijer D, Lukeš J, Eliáš M (2015. július 21.). "Sex is a ubiquitous, ancient, and inherent attribute of eukaryotic life". Proc Natl Acad Sci U S A. 112 (29): 8827–8834. doi:10.1073/pnas.1501725112. PMC 4517231. PMID 26195746. Hozzáférés: 2024. augusztus 5.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  11. ↑ Vosseberg J, van Hooff JJE, Marcet-Houben M, van Vlimmeren A, van Wijk LM, Gabaldón T, Snel B (2020. október 26.). "Timing the origin of eukaryotic cellular complexity with ancient duplications". Nat Ecol Evol. 5 (1): 92–100. doi:10.1038/s41559-020-01320-z. PMC 7610411. PMID 33106602.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)