CRuMs

CRuMs
Rendszertani besorolás
Domén: Eukarióták (Eukaryota)
Csoport: Opimoda
Csoport: Podiata
Csoport: CRuMs
Brown et al. 2018
Szinonimák
  • Crumalia Zmitrovich et al. 2022
  • Varisulca Cavalier-Smith 2013 emend. Cavalier-Smith 2021
Hivatkozások
A Wikimédia Commons tartalmaz CRuMs témájú kategóriát.

A CRuMs, más néven Crumalia egysejtű eukarióták feltételezett kládja, melyek neve a következő rendek nevéből származik:

A Mantamonas monofiletikus.

Leírás

A CRuMs az Amorphea (a gombákat, az állatokat, az Amoebozoa és Apusomonadida csoportokat is tartalmazó taxon) testvérkládja. A rajta kívül az Ancyromonadida rendet is tartalmazó korábbi Varisulca taxon legtöbb tagját tartalmazza. Ez azonban újabb filogenetikai elemzések szerint nem rokona az előbbi háromnak, és mivel bazálisabb, a Varisulca parafiletikus, vagyis nem monofiletikus, így nem ajánlott taxon. Ugyanez igaz az Apusozoából és a Varisulcából álló Sulcozoa csoportra, melyet az Amorphea és CRuMs csoportja, a Podiata váltott le. Az alábbi taxonómia a Biotechnológiai Információk Nemzeti Központjáénak (NCBI) felel meg, nem a Globális Biodiverzitás Információs Megállapodásénak (GBIF), ahol a Sulcozoa a teljes taxon.

A CRuMs viszonylag kevés ismert fajjal rendelkező, de feltehetően nagy csoport, melynek filogenetikai helyzete fontos, mivel a nagy csoportokon kívül van, így külcsoport, a filogenetikai fák „gyökere”.

A CRuMs minden tagja rendelkezik bizonyos sejtplaszticitással: egyesek állábakat alkotnak.

A Glissandra is tagja, de ennek helyzete ismeretlen.

Filogenetika

Opimoda





Ancyromonadida Cavalier-Smith 1998 emend. Atkins 2000

Malawimonadea Cavalier-Smith 2003


Podiata
Amorphea

Amoebozoa Lühe 1913 emend. Cavalier-Smith 1998


Obazoa

Breviatea Cavalier-Smith 2004

Apusomonadida Karpov et Mylnikov 1989

Opisthokonta (köztük a gombákkal és állatokkal)





CRuMs

Mantamonadida Cavalier-Smith 2004

Glissandrida Yazaki et al. 2025

Rigifilida Karpov et Mylnikov 1989

Diphylleida Cavalier-Smith 1993








Egy másik filogenetikai elemzés szerint az Ancyromonadida az Opimodában bazális helyzetű:

Opimoda


Ancyromonadida

Malawimonadea
Amorphea

Amoebozoa


Obazoa

Breviatea

Apusomonadida

Opisthokonta





CRuMs

Mantamonadida Cavalier-Smith 2004

Rigifilida Karpov et Mylnikov 1989

Collodictyonidae








Genomika

2023-ban Blaz et al. szekvenálták a Mantamonas sphyraenae genomját közel kromoszómaszinten. Ez a CRuMs elsőként szekvenált genomja, mérete 25,06 (a kiegészítő egységekkel együtt 31,49) Mbp, 78 (199) folytonos egységből áll, GC-tartalma 59,19%. A megfelelő transzkriptom 20,52 Mbp hosszú, 9255 folytonos egységből áll, GC-tartalma 59,02%.

Transzkriptomikai úton 2024 szeptemberében Galindo et al. 3, a Diphylleiához és a Collodictyonhoz hasonló rejtett kládot fedeztek fel Dél-Csendes-óceánhoz közeli krátertavakban.

Proteom

Ha a CRuMs és az Amorphea valóban egymás legközelebbi rokonai, közös ősük valószínűleg POP-ot használt mtDNS-e fenntartásához. Az SR-B fehérjék ősi jellegét igazolja, hogy a Discoba, a Hemimastigophora s az Ancyromonadida mellett a CRuMs is rendelkezik ilyen velük. A Holozoa egyes egysejtű ágaihoz hasonlóan Opa1-gyel, ezenkívül MidX/Mgm1 is megtalálható, így feltehetően a CRuMs és az Amorphea közös ősében jelen lehettek ezek, és egy vagy több tag elveszhetett a későbbi leszármazottakban. A MidX gént az Opisthokontán belül csak egy galléros ostorosban találták meg. Az Mgm1 Sheikh et al. 2023-as tanulmánya szerint erősen módosult MidX lehet, mert a Holomycota ősénél nem jelenhetett meg később – vagyis a MidX feltételezett elvesztése után kevéssel –, és a két fehérje közt közeli kapcsolat van. Azonban a MidX nem rendelkezik a többi eukarióta DRP 1. zsanérjában megtalálható ősi jellegű kis α-hélixszel, vagyis a MidX Mgm1-gyé alakulásához ezen ősi állapotnak kell visszatérni, mely a fehérjék általános evolúciójához képest fordított irányú.

A CRuMs Mgm1-e a humán OPA1-hez hasonlít, ez konvergens evolúció eredménye lehet.

Horizontális géntranszfer

Dcd2-homológok találhatók egyes tagjaiban. A CRuMs és a vörösmoszatok Dcd2-szekvenciái az Amoebozoából származnak, ami eukarióták közt az Amoebozoából történő horizontális géntranszferre utalhat. A CRuMs egyetlen Dcd1-gyel és Dcd2-vel rendelkező tagja a Diphylleia rotans lehet.

Transz-splicing

A Diphylleia rotans volt a Chloroplastidán kívüli első élőlény, ahol II. csoportbeli intronok mediálta transz-splicingot észleltek, többek közt a 2 részre osztott cox2, nad3 és a 4 részre osztott cox1 génben.

Jegyzetek

  1. ↑ Cavalier-Smith T (2021. december 23.). "Ciliary transition zone evolution and the root of the eukaryote tree: implications for opisthokont origin and classification of kingdoms Protozoa, Plantae, and Fungi". Protoplasma. 259 (3): 487–593. doi:10.1007/s00709-021-01665-7. PMC 9010356. PMID 34940909.
  2. ↑ Zmitrovich, Ivan V.; Perelygin, Vladimir; Zharikov, Mikhail V. (2022). "Nomenclature and rank correlation of higher taxa of eukaryotes". Folia Cryptogamica Petropolitana. INFRA-M, Moscow. ISBN 978-5-16-018531-6.
  3. ↑ "CRuMs". NCBI., részletek: CRuMs Brown et al., 2018 (clade); grafikus: CRuMs, Lifemap NCBI Version.
  4. ↑ "CRuMs". OneZoom.
  5. ↑ Sen Zhao, Fabien Burki, Jon Bråte, Patrick J. Keeling, Dag Klaveness, Kamran Shalchian-Tabrizi (2012. január 6.). "Collodictyon—An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes". Molecular Biology and Evolution. 29 (6): 1557–1568. doi:10.1093/molbev/mss001.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  6. ↑ "Diphylleida". GBIF. és "Collodictyonidae".
  7. ↑ "Rigifilida". GBIF.
  8. ↑ "Mantamonadida". GBIF.
  9. 1 2 Blaz J, Galindo LJ, Heiss AA, Kaur H, Torruella G, Yang A, Alexa Thompson L, Filbert A, Warring S, Narechania A, Shiratori T, Ishida KI, Dacks JB, López-García P, Moreira D, Kim E, Eme L (2023. szeptember 9.). "One high quality genome and two transcriptome datasets for new species of Mantamonas, a deep-branching eukaryote clade". Sci Data. 10 (1): 603. doi:10.1038/s41597-023-02488-2. PMC 10492846. PMID 37689692.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  10. ↑ Lax, Gordon; Eglit, Yana; Eme, Laura; Bertrand, Erin M.; Roger, Andrew J.; Simpson, Alastair G. B. (2018. november 14.). "Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes". Nature (angol nyelven). 564 (7736): 410–414. doi:10.1038/s41586-018-0708-8. ISSN 0028-0836. PMID 30429611. {{cite journal}}: no-break space character in |first6= at position 12 (súgó)
  11. 1 2 3 Brown, Matthew W.; Heiss, Aaron A.; Kamikawa, Ryoma; Inagaki, Yuji; Yabuki, Akinori; Tice, Alexander K.; Shiratori, Takashi; Ishida, Ken-Ichiro; Hashimoto, Tetsuo; Simpson, Alastair; Roger, Andrew J. (2018. január 19.). "Phylogenomics Places Orphan Protistan Lineages in a Novel Eukaryotic Super-Group". Genome Biology and Evolution (angol nyelven). 10 (2): 427–433. doi:10.1093/gbe/evy014. ISSN 1759-6653. PMC 5793813. PMID 29360967.
  12. 1 2 Sina M. Adl, David Bass, Christopher E. Lane, Julius Lukeš, Conrad L. Schoch, Alexey Smirnov, Sabine Agatha, Cedric Berney, Matthew W. Brown, Fabien Burki, Paco Cárdenas, Ivan Čepička, Lyudmila Chistyakova, Javier del Campo, Micah Dunthorn, Bente Edvardsen, Yana Eglit, Laure Guillou, Vladimír Hampl, Aaron A. Heiss, Mona Hoppenrath, Timothy Y. James, Anna Karnkowska, Sergey Karpov, Eunsoo Kim, Martin Kolisko, Alexander Kudryavtsev, Daniel J. G. Lahr, Enrique Lara, Line Le Gall, Denis H. Lynn, David G. Mann, Ramon Massana, Edward A. D. Mitchell, Christine Morrow, Jong Soo Park, Jan W. Pawlowski, Martha J. Powell, Daniel J. Richter, Sonja Rueckert, Lora Shadwick, Satoshi Shimano, Frederick W. Spiegel, Guifré Torruella, Noha Youssef, Vasily Zlatogursky, Qianqian Zhang (2018. szeptember 26.). "Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes". Journal of Eukaryotic Microbiology. 66 (1): 4–119. doi:10.1111/jeu.12691. PMC 6492006. PMID 30257078. Hozzáférés: 2024. június 9.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  13. ↑ John P. Huelsenbeck, Jonathan P. Bollback, Amy M. Levine (2002. január 1.). "Inferring the Root of a Phylogenetic Tree". Systematic Biology. 51 (1): 32–43. doi:10.1080/106351502753475862.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  14. ↑ Adl, Sina M.; Bass, David; Lane, Christopher E.; Lukeš, Julius; Schoch, Conrad L.; Smirnov, Alexey; Agatha, Sabine; Berney, Cedric; Brown, Matthew W. (2018. szeptember 26.). "Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes". Journal of Eukaryotic Microbiology (angol nyelven). 66 (1): 4–119. doi:10.1111/jeu.12691. ISSN 1066-5234. PMC 6492006. PMID 30257078.
  15. ↑ Yazaki, Euki; Harada, Ryo; Isogai, Ryu; Bamba, Kohei; Ishida, Ken-ichiro; Inagaki, Yuji; Shiratori, Takashi (2025. június 4.). "Glissandra oviformis n. sp.: a novel predatory flagellate illuminates the character evolution within the eukaryotic klád CRuMs". Open Biology. 15 (6) 250057. doi:10.1098/rsob.250057. PMC 12133344. PMID 40460873.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link)
  16. ↑ Derelle R, Torruella G, Klimeš V, Brinkmann H, Kim E, Vlček Č, Lang BF, Eliáš M (2015. február 17.). "Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root". Proceedings of the National Academy of Sciences (angol nyelven). 112 (7): E693–E699. Bibcode:2015PNAS..112E.693D. doi:10.1073/pnas.1420657112. PMC 4343179. PMID 25646484.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  17. ↑ Galindo LJ, Mathur V, Frost H, Torruella G, Richards TA, Irwin NAT (2024. szeptember 28.). "Transcriptomics of Diphyllatea (CRuMs) from South Pacific crater lakes confirm new cryptic clades". J Eukaryot Microbiol. 71 (6). doi:10.1111/jeu.13060. PMC 11603278. PMID 39340224. {{cite journal}}: More than one of |number= és |issue= specified (súgó)CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  18. ↑ Harada R, Hirakawa Y, Yabuki A, Kim E, Yazaki E, Kamikawa R, Nakano K, Eliáš M, Inagaki Y (2024. február 1.). "Encyclopedia of Family A DNA Polymerases Localized in Organelles: Evolutionary Contribution of Bacteria Including the Proto-Mitochondrion". Mol Biol Evol. 41 (2): msae014. doi:10.1093/molbev/msae014. PMC 10877234. PMID 38271287.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  19. ↑ Boohar RT, Vandepas LE, Traylor-Knowles N, Browne WE (2023. december 1.). "Phylogenetic and Protein Structure Analyses Provide Insight into the Evolution and Diversification of the CD36 Domain "Apex" among Scavenger Receptor Class B Proteins across Eukarya". Genome Biol Evol. 15 (12): evad218. doi:10.1093/gbe/evad218. PMC 10715195. PMID 38035778.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  20. 1 2 3 4 5 Sheikh S, Pánek T, Gahura O, Týč J, Záhonová K, Lukeš J, Eliáš M, Hashimi H (2023. június 1.). "A Novel Group of Dynamin-Related Proteins Shared by Eukaryotes and Giant Viruses Is Able to Remodel Mitochondria From Within the Matrix". Mol Biol Evol. 40 (6): msad134. doi:10.1093/molbev/msad134. PMC 10280142. PMID 37279941.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  21. 1 2 Liang H, Mower JP, Chia CP (2023. december 1.). "Functional Prokaryotic-Like Deoxycytidine Triphosphate Deaminases and Thymidylate Synthase in Eukaryotic Social Amoebae: Vertical, Endosymbiotic, or Horizontal Gene Transfer?". Mol Biol Evol. 40 (12): msad268. doi:10.1093/molbev/msad268. PMC 10733785. PMID 38064674.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  22. ↑ Kamikawa R, Shiratori T, Ishida K, Miyashita H, Roger AJ (2016. február 1.). "Group II Intron-Mediated Trans-Splicing in the Gene-Rich Mitochondrial Genome of an Enigmatic Eukaryote, Diphylleia rotans". Genome Biol Evol. 8 (2): 458–466. doi:10.1093/gbe/evw011. PMC 4779616. PMID 26833505.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)

Fordítás