La crisi del 2012 e la tentata fusione con Alitalia
Il 25 gennaio 2012 Alitalia dichiarò di volersi fondere con Wind Jet e Blue Panorama, fusione che si sarebbe concretizzata il 13 aprile: in tale data fu firmato il contratto per l'acquisizione, da parte del Gruppo Alitalia, di Wind Jet. Il 26 aprile successivo, Wind Jet dispose la procedura di mobilità per tutti i 504 dipendenti, denunciando gravi perdite economiche. Alla fine di luglio 2012 l'acquisizione si complicò: l'autorità garante della concorrenza e del mercato diede parere favorevole all'acquisizione della compagnia da parte di Alitalia a patto che quest'ultima avesse ceduto alcune licenze di volo da e per l'aeroporto di Milano-Linate.
A queste condizioni, Alitalia valutò di perdere 20 milioni di euro il primo anno e 30 il secondo e per questa ragione chiese ai proprietari di Wind Jet garanzie relativamente ai debiti contratti: l'amministratore delegato di Wind Jet, Stefano Rantuccio, accusò Alitalia di voler ottenere migliori condizioni economiche nell'acquisizione, dopo il pronunciamento della autorità sulla concorrenza. In risposta a queste dichiarazioni, all'inizio di agosto 2012, Alitalia annunciò di voler rinunciare all'acquisto. A questo punto ENAC inoltrò a Wind Jet una richiesta di garanzie di solvibilità nei confronti dei creditori e di regolarità nelle operazioni di volo; chiese anche di cessare l'emissione di biglietti, provvedimento che Wind Jet adottò chiudendo il proprio sito internet.
La crisi di Wind Jet sarebbe da imputare alla sfavorevole situazione economica internazionale, all'aumento del costo delle materie prime, ad alcuni incidenti ed eventi eccezionali come, ad esempio, l'acquisto del brand Wind Jet dalla controllante Meridi per 10 milioni di euro.
L'inchiesta della magistratura
Nel luglio 2015 la procura di Catania iscrisse nel registro degli indagati 14 persone, tra cui i vertici della società con l'accusa di bancarotta fraudolenta.
Il presidente Pulvirenti, insieme all'amministratore delegato Stefano Rantuccio, furono arrestati il 29 gennaio 2016 dalla Guardia di Finanza su disposizione del GIP del tribunale di Catania. Avrebbero aggravato lo stato di dissesto di Wind Jet S.p.A. per oltre 160 milioni di euro, tramite operazioni dolose compiute a partire dal 2005.
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