Toje har vært forsker, sittet i flere offentlige utvalg, og vært forskningsdirektør ved Det Norske Nobelinstitutt. Han ble den 13. februar 2018 medlem av Den Norske Nobelkomite, hvor han siden 2021 har vært nestleder.
Han har vært en produktiv skribent, både som fast spaltist i norske og utenlandske medier og som sakprosaforfatter.
Toje har vært medlem av Det europeiske vitenskapsakademiets utvalg for unge forskere. I 2010 ble han oppnevnt i statsråd som medlem av Inkluderingsutvalget, hvor han var leder for dialogarbeidet. I 2014 var han medlem av Forsvarsdepartementets uavhengige ekspertgruppe om Forsvarets forutsetninger for å kunne løse utfordringer knyttet til sikkerhetspolitisk krise og krig.
Forskning
Toje har publisert akademiske artikler etter doktorgraden. Etter eget utsagn tilhører Toje den nyklassiske realismen innen internasjonal politisk teori, og han har sammen med Barbara Kunz redigert antologien Neoclassical Realism in European Politics, som kom ut i 2024. Han videreutviklet «transatlantic bargain»-tesen, hvor han argumenterer for at USAs nærvær gjennom NATO og europeisk integrasjon i form av EU utgjør et såkalt «integrert kompleks». I 2010 utgav han boken The European Union as a Small Power: After the Post-Cold War.
Politisk syn
Toje er en uttalt tilhenger av nasjonalstaten, fri markedsøkonomi og kulturkonservatisme. Han skriver i introduksjonen til boken Jernburet fra 2014:
«Selv er jeg hva du kanskje kan kalle en ‘tørrlagt liberaler’. Jeg har mistet min ungdoms overbevisning om at frihet trumfer alle andre hensyn og at ‘markedets usynlige hånd’ vil korrigere all ubalanse. Jeg mener vi har en arv det er vår plikt å bevare og å bære videre. Når jeg gransker mine egne tilbøyeligheter, ser jeg en tredeling: Jeg tenderer mot å være ‘rød’ i sosiale spørsmål, liberal i økonomiske henseender og konservativ når det gjelder kultur og politikk.»
I 2006 skapte Toje debatt ved å advare mot multikulturalisme som samfunnskontrakt. I 2009 hevdet han at Norge gikk inn i en kulturkamp, et begrep hentet fra Otto von Bismarcks forsøk på å redusere Den katolske kirkes innflytelse i 1870-årene. Han hevdet også at kulturradikalismen var i ferd med å lide nederlag i norsk offentlighet.
I februar 2018 ble han av FrPs stortingsgruppe innstilt som kandidat til Nobelkomiteen.
I 2017 tok han dissens i det regjeringsoppnevnte Utvalg om langsiktige konsekvenser av høy innvandring (Brochmann 2-utvalget). Han hevdet at fortsatt høy innvandring vil føre til at etniske nordmenn kommer i mindretall og at dette vil få en dramatisk effekt på norsk kultur.
Toje skrev 19. februar 2022 i Dagens Næringsliv «Jeg sier ikke at Ukrainas sak er svak. Jeg sier bare at deres sak ikke er vår sak» noen dager før Russlands invasjon av Ukraina. Han trakk i kronikken blant annet i tvil USAs etterretning om Russlands planer for invasjon av Ukraina. 29. september 2022 skrev han i E24 «Ukraina har en god sak. Russland har ikke rett på noen del av landet. Moskva kan ikke tillates å komme ut av dette med noe som minner om seier.»
Asle Tojes kontakt med David Irving
Under en serie debattinnlegg våren 2026 fremkom det at Asle Toje i 2003 hadde vært i kontakt med holocaustfornekterenDavid Irving. Toje hadde i e-post til Irving beklaget at Irving hadde tapt injuriesaken han anla mot Deborah Lipstadt, og karakteriserte det som «et slag mot den akademiske ytringsfriheten». I e-post til Irving hadde Toje også omtalt Richard J. Evans, professor i historie og ekspertvitne i saken som ondsinnet – «The malice of Dr. Evans» – og at han «ble slått av nivået av fiendtlighet» hos Evans som «grenset til hat» mot Irving. Bakgrunnen var ifølge Toje ønske om et intervju med David Irving mens Toje var doktorgradsstudent. Det var Jonas Bals som innledet saken i Vagant. Saken ble etterfulgt av debatt og kommentarer i blant annet Dagsavisen, Aftenposten, Nettavisen, Utrop, Klassekampen og Minerva samt kommentarer fra politikere.
Toje, Asle (2005). «The 2003 European Union Security Strategy – a Critical Appraisal». European Foreign Affairs Review (på engelsk) (1): 117–134.
Toje, Asle (2003). «The First Casualty in the War Against Terror, the Decline of NATO and Europe’s Reluctant Coming of Age». European Security (på engelsk) (2): 78–92.
Toje, Asle (2002). «Ethics in Foreign Policy: Bridging the Gap between Theory and Practice». Cambridge Review of International Affairs (på engelsk) (1): 6–9.
↑Toje, Asle; Kunz, Barbara, red. (2012). Neoclassical realism in European politics: bringing power back in. Manchester: Manchester University Press. ISBN978-1-5261-8607-2.
↑Toje, Asle (19. februar 2022). «Kronikk: Kan vi få se filmen denne gangen?». www.dn.no. Besøkt 17. mars 2022. «Nok en gang turer USA frem med referanser til etterretning som de ikke vil dele med noen, som skal vise at et russisk angrep er nær forestående. President Biden var så blodtørstig i sine prognoser at Ukrainas president måtte be ham dempe seg.»
↑Asle Toje (29. september 2022). «Å nei, ikke igjen …». e24.no. Besøkt 4. desember 2022.
↑Yohan Shanmugaratnam (15. mai 2026). «– Stå opp for sannheten». Klassekampen. Besøkt 15. mai 2026. «Sentralt i den tidligere omtalte debatten rundt Asle Toje, er kontakten Toje hadde med Irving i 2003, altså tre år etter dommen. Da skrev Toje en e-post til Irving der han viste til et seminar med Evans på Cambridge, hvor Toje tok sin doktorgrad. Den norske akademikeren fortalte at han «ble slått av nivået av fiendtlighet» hos Evans som «grenset til hat» mot Irving. «La oss innse det», skrev Toje, og la til at «det ville vært marerittet til akademikere flest» å oppleve at noen «rotet rundt» i «hver eneste fotnote» man hadde skrevet, slik Evans hadde gjort med Irvings arbeid. Toje karakteriserte videre Evans som ondsinnet («The malice of Dr. Evans») og beklaget seg over «den økende 1984-aktige politiske korrektheten» i akademia. Etter å ha rost Irving for hans bøker om Adolf Hitler og Erwin Rommel, slo Toje fast at rettssaken holocaustfornekteren nylig hadde tapt, var «et slag mot den akademiske ytringsfriheten».»