Linia została założona w 1931 jako Transportes Aereos del Continente Americano (TACA). 23 maja 2013 w związku z przejęciem przewoźnika przez kolumbijskie Avianca nazwa została zmieniona na Avianca El Salvador.
Flota
Według stanu na grudzień 2025 flota Avianca El Salvador składała się z 8 samolotów o średnim wieku 5,1 lat:
3 czerwca 1945, Douglas DC-3 (nr. rej. YS-22) wylądował awaryjnie na torach kolejowych i zapalił się. Wszystkie 4 osoby na pokładzie przeżyły.
17 marca 1947, Lockheed C-60 Lodestar (nr. rej. YS-28) rozbił się na paśmie górskim Cerro del Padre Amaya w Kolumbii, zabijając wszystkie 8 osób na pokładzie.
2 maja 1976, Douglas DC-6 (nr. rej. YS-35C) przeleciał przez pas startowy podczas podejścia do lądowania na lotnisku Rubelsanto w Gwatemali. Nikt z członków załogi nie zginął.
2 lutego 1980, Lockheed L-188 Electra (nr. rej. YS-07C) zapalił się na ziemi na lotnisku w San Salvador, uszkadzając samolot nie do naprawienia.
24 maja 1988, Boeing 737-300 (nr. rej. N75356) jako lot 110 lecący do Nowego Orleanu doznał podwójnego zapalenia silników, w wyniku złej pogody. Samolot wylądował bez żadnych uszkodzeń na wałach przeciwpowodziowych w Michoud Assembly Facility. Nikt z 45 osób na pokładzie nie został ranny.
20 lipca 1988, Douglas DC-6 (nr. rej. N33VX) stracił moc trzech z czterech silników z powodu braku paliwa. Samolot próbował awaryjnie lądować, lecz skrzydło samolotu uderzyło w ziemię podczas lądowania w Golden Meadow. Wszystkie 3 osoby na pokładzie zginęły.
24 kwietnia 1995, Cessna Citation I (nr. rej. N120ES) przeleciał przez pas startowy podczas podejścia do lądowania na międzynarodowym lotnisku Comalapa w San Salvador, zderzając się z drzewami w odległości 762 metrów od pasa startowego. Obaj członkowie załogi na pokładzie przeżyli.