Przedsiębiorstwo powstało w 1953 bez związku prawnego i kapitałowego z istniejącymi przed wojną liniami Deutsche Luft Hansa Aktiengesellschaft. Do 1990 samolotom Lufthansy nie wolno było latać do Berlina Zachodniego.
Lufthansa była pierwszym przewoźnikiem, który wprowadził do swojej floty samoloty Boeing 737 i jedynym, który zakupił wersję 737-100 tych samolotów. Od 17 maja 2004 Lufthansa jest także uczestnikiem programu Connextion firmy Boeing, który umożliwia pasażerom korzystanie z Internetu również na pokładzie samolotów tej firmy. Lufthansa była pierwszym przewoźnikiem, który przystąpił do tego programu.
Airbus A340-300 w starym malowaniu Lufthansy
W czerwcu 2003 Lufthansa otworzyła nowy terminal lotniczy w Monachium, aby odciążyć swój główny port we Frankfurcie. Międzynarodowy port lotniczy im. Franza Josefa Straußa jest jednym z pierwszych w Europie terminali będących częściowo własnością linii lotniczych. 22 marca 2005 Lufthansa połączyła się ze szwajcarskim przewoźnikiem Swiss.
W zimie 2007 Lufthansa rozpoczęła montaż systemu rozrywki na życzenie w kabinie klasy ekonomicznej w samolotach długodystansowych.
20 stycznia 2015 linie lotnicze Lufthansa odebrały pierwszego Airbusa A320neo. 12 lutego zaprezentowano pierwszy raz nowe samoloty na oficjalnej prezentacji dla mediów z lotem demonstracyjnym. Uroczystości połączone były z czterdziestą rocznicą współpracy Airbusa i Lufthansy. Plany zakładają użytkowanie 71 zamówionych samolotów A320neo i 45 sztuk A321neo. Zamówienie uwzględnia przekazanie części maszyn dla przewoźnika Swiss.
W 2017 Lufthansa została pierwszą europejską linią lotniczą, której brytyjska firma ratingowa Skytrax przyznała najwyższe, pięciogwiazdkowe odznaczenie dla najlepszych przewoźników lotniczych na świecie. W 2022 ranking Lufthansy został obniżony do czterech gwiazdek.
W maju 2023 Grupa Lufthansy ogłosiła, że zawarła porozumienie z włoskim Ministerstwem Gospodarki i Finansów w sprawie przejęcia 41% udziałów ITA Airways. W styczniu 2024 Komisja Europejska wszczęła dochodzenie mające zweryfikować, czy nie wpłynie to negatywnie na konkurencję na wybranych trasach. W lipcu tego samego roku komisja wyraziła zgodę na przejęcie, co rozpoczęło proces integracji włoskiej linii z Lufthansa Group. Ostatecznie 17 stycznia 2025 transakcja została sfinalizowana.
Od 2024 Lufthansa wprowadza w swoich samolotach Airbus A350 nową konfigurację miejsc i odświeżenie wszystkich klas podróży pod nazwą Lufthansa Allegris. W klasie pierwszej First Class Suite Lufthansa będzie jako pierwszy przewoźnik oferować system rozrywki pokładowej z użyciem okularów VR.
W 2025 grupa Lufthansy rozpoczęła proces implementacji darmowego dostępu do Internetu na trasach międzykontynentalnych.
W styczniu 2025 Lufthansa, rząd Łotwy i airBaltic ogłosiły zawarcie porozumienia na przejęcie mniejszościowych udziałów w łotewskiej linii lotniczej, w zamian za zainwestowanie 14 milionów euro. Zamknięcie transakcji zaplanowane jest na drugi kwartał tego samego roku.
We wrześniu 2025 rząd Portugalii rozpoczął proces prywatyzacji swojej narodowej linii TAP Portugal. W kwietniu 2026 Lufthansa Group jako jeden z dwóch holdingów złożył ofertę na przejęcie. W październiku tego samego roku portugalski rząd poinformował, że niemiecki przewoźnik złożył lepszą ofertę i za kwotę 1,2 mld euro przejmie 49,9% udziałów, z możliwością przejęcia pozostałych po 2028. Lufthansa zobowiązała się przy tym do powiększenia floty TAP do 117 maszyn do 2035.
W kwietniu 2026 Lufthansa podjęła decyzję o natychmiastowej likwidacji jednej ze swoich spółek zależnych, Lufthansa CityLine. Decyzja była tłumaczona wzrostem kosztów prowadzenia działalności, w tym wzrostem cen paliwa lotniczego i trwającymi w tym czasie strajkami.
W 2026 Lufthansa realizowała regularne połączenia do 186 portów lotniczych w 69 krajach na całym świecie. Ze swojego głównego hubu we Frankfurcie latała do 154 portów lotniczych, zaś z Monachium do 134.
