Classificação
Outros arranjos incluem as ordens extintas Bibymalagasia e Ptolemaiida. A este grupo, alguns paleontólogos e taxonomistas acrescentam ainda alguns condilartros próximos às famílias Phenacodontidae e Apheliscidae, assim como os placentários primitivos Leptictida, tradicionalmente incluídos nos Insectivora ou Proteutheria.
A ligação dos musaranhos-elefantes (Macroscelidea) com os Apheliscidae parece cada vez mais segura (Tabuce et al., 2007), enquanto a alegada relação dos Phenacodonta com os Hyracoidea parece dever-se mais a convergência do que a uma relação de parentesco.
Problemas classificatórios
Acredita-se que a Afrotheria tenha se originado na África no período que estava isolada dos outros continentes. Sua única característica externa comum é o focinho móvel (probóscide), embora há evidência convincente que esta estrutura é de fato homóloga dentre todos os membros deste grupo. O grande problema em considerar os Afrotérios como sendo originalmente um clado africano é seu registro fóssil. As mais antigas evidências fósseis dos ungulados africanos e musaranhos-elefantes foram encontradas fora da África.
A monofilia da Afrotheria não é universalmente aceita. Evidências morfológicas colocam os elefantes e seus aparentados como verdadeiros ungulados (Ungulata); os musaranhos-elefantes juntamente com os Glires; e os tenrecos e toupeiras-douradas na Lipotyphla.
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