O FIFA 2000 trazia 18 ligas, seis a mais que seu antecessor. Pela primeira vez, o jogo trazia a Major League Soccer, substituindo a liga americana dos jogos anteriores que continha equipes fictícias baseadas na liga de futebol que a antecedeu. Conta com a saída da Primeira Liga portuguesa, que só retornaria no FIFA 2004. A liga brasileira é composta somente de sete equipes, as mesmas que participaram da Copa Mercosul de 1999.
No modo Temporada, agora é possível jogar uma liga por mais de uma temporada (até o máximo de três), e os últimos colocados são rebaixados e substituídos por um conjunto de equipes promovidas à divisão principal em seu lugar (semelhante aos campeonatos reais). No entanto, à época, as ligas inferiores ainda não eram selecionáveis, logo a "segunda divisão" era apenas um banco de times extras de cada país. A MLS e os times brasileiros não estão disponíveis neste modo.
Há também um bloco "Resto do Mundo", contendo equipes europeias e do mundo árabe, além do Port Vale F.C., à época na terceira divisão inglesa, incluso por exigência do cantor Robbie Williams, torcedor do clube, que gravou a canção-tema do jogo.
notaA liga turca não contém o Galatasaray, que não aceitou ceder os direitos sobre os nomes de seus jogadores. Em seu lugar está o Sakaryaspor, que estava inscrito na segunda divisão mas foi dispensado de disputar a temporada de 1999-2000 por conta de um terremoto que ocorreu na época, na região onde o clube se localiza.
Um dos principais atrativos do jogo foi a inclusão de 40 equipes clássicas de vários países. No entanto, enquanto havia esquadrões que fizeram a história do futebol neste bloco, nem todos os times possuíram a mesma expressividade, e outras grandes equipes históricas como o Torino (pentacampeão italiano, desfeito após o trágico acidente de Superga) e o River Plate da década de 1940 ("La Máquina" de Alfredo di Stéfano e Ángel Labruna), o Honved da década de 1950 (base da seleção húngara, com Ferenc Puskás, Sándor Kocsis e Zoltan Czibor, entre outros), e o Benfica da década de 1960 (de onde veio a talentosa geração portuguesa capitaneada por Eusébio) ficaram de fora.
Diferentemente das versões anteriores, FIFA 2000 não conta com a opção de seleção de estádios. O jogo traz arenas genéricas com arquitetura baseada em estádios reais (como o San Siro, por exemplo), sendo atribuídas à cada equipe do jogo de acordo com a similaridade arquitetônica com o seu estádio na vida real. Um destes, curiosamente, era a sede da EA no Canadá (na cidade de Burnaby, próxima a Vancouver), sendo acessível apenas por meio de código.
