Enredo
Nove anos após o Imperador Paul "Muad'Dib" Atreides adentrar o deserto, a transformação ecológica de Duna atingiu um ponto em que alguns Fremen vivem sem trajes de sobrevivência no clima menos árido e começaram a se mudar dos sietches para vilarejos e cidades. À medida que os antigos costumes se deterioram, mais e mais peregrinos chegam para experimentar o planeta de Muad'Dib. O alto conselho imperial perdeu seu poder político e é impotente para controlar a jihad.
Os jovens filhos gêmeos de Paul, Leto II e Ghanima, concluíram que sua tia e guardiã, Alia, sucumbiu à Abominação — possessão por seu avô, o Barão Vladimir Harkonnen — e temem que um destino semelhante os aguarde. Eles (e Alia) também percebem que a terraformação de Duna matará todos os vermes da areia, destruindo assim a fonte da especiaria, mas o Barão deseja esse resultado. Leto também teme que, como seu pai, fique preso à sua presciência.
Enquanto isso, uma nova figura religiosa chamada "O Pregador" surge no deserto, incitando protestos contra as injustiças do governo religioso e as mudanças entre os Fremen. Alguns Fremen acreditam que ele seja Paul Atreides. A princesa Wensicia, da extinta Casa Corrino, em Salusa Secundus, planeja assassinar os gêmeos e recuperar o poder para sua Casa.
Lady Jessica retorna a Arrakis e percebe que sua filha está possuída, mas não encontra sinais da Abominação nos gêmeos. Leto providencia para que o líder Fremen, Stilgar, proteja Ghanima caso haja uma tentativa de assassinato contra eles. O Pregador viaja para Salusa Secundus para encontrar Farad'n, filho de Wensicia, e em troca oferece o ghola de Duncan Idaho como agente da Casa Corrino. Alia tenta assassinar Jessica, que escapa para o deserto com a ajuda de Duncan, precipitando uma rebelião entre os Fremen. Os gêmeos antecipam e sobrevivem ao plano de assassinato dos Corrino, fingindo a morte de Leto.
Leto parte em busca de Jacurutu, um mítico sietch Fremen e possível remanescente do Pregador, enquanto Ghanima, alterando sua memória com autohipnose, relata (e acredita) que seu irmão foi assassinado. Duncan e Jessica fogem para Salusa Secundus, onde Jessica começa a orientar Farad'n nos caminhos da Bene Gesserit. Ele se isola e denuncia publicamente sua mãe regente, Wensicia, pela tentativa de assassinato, e se alia às Bene Gesserit, que prometem casá-lo com Ghanima e apoiar sua candidatura a Imperador.
Um bando de foras da lei Fremen captura Leto e o força a passar pelo transe da especiaria por sugestão de Gurney Halleck, que se infiltrou no grupo a mando de Jessica. As visões induzidas pela especiaria mostram a Leto inúmeros futuros possíveis onde a humanidade se extingue e apenas um onde ela sobrevive. Ele chama esse futuro de "O Caminho Dourado" e resolve concretizá-lo — algo que seu pai, que já havia vislumbrado esse futuro, se recusou a fazer. Ele escapa de seus captores e sacrifica sua humanidade em busca do Caminho Dourado, fundindo-se fisicamente com um cardume de sandtrout, a forma larval dos vermes da areia, adquirindo, no processo, força sobre-humana e quase invulnerabilidade. Ele viaja pelo deserto destruindo qanats para retardar a transformação ecológica de Duna e, eventualmente, confronta o Pregador, que na verdade é Paul.
Duncan retorna a Arrakis e provoca Stilgar para que este o mate, forçando Stilgar a levar Ghanima e se esconder. Eventualmente, porém, Alia recaptura Ghanima e arranja seu casamento com Farad'n, planejando explorar o caos esperado quando Ghanima o matar para vingar o assassinato de seu irmão. Paul e Leto retornam à capital, onde Jessica e Farad'n chegaram para o noivado dele com Ghanima, para confrontar Alia. Ao chegar, Paul é assassinado publicamente por agentes do governo de Alia, para horror dela. Leto revela sua verdadeira natureza em uma demonstração de força sobre-humana e desperta as memórias genuínas de Ghanima. Ele confronta Alia e se oferece para ajudá-la a superar a possessão, mas o Barão resiste. Alia, enquanto luta contra a possessão do Barão, consegue se atirar de uma sacada alta, matando a si mesma e ao Barão.
Leto se declara Imperador e assume o controle dos Fremen. Farad'n se alista em seu serviço e lhe entrega o controle dos exércitos Corrino e de seus Sardaukar. Ao descrever o Caminho Dourado para Farad'n, Leto revela que viverá por milhares de anos devido à pele de verme da areia e à genética que o envolve. Leto se casa com Ghanima para consolidar o poder, mas como sua pele de verme da areia destruiu sua capacidade de reprodução, ele permite que Farad'n seja o verdadeiro consorte dela para que a linhagem Atreides possa continuar. Ghanima reflete que um dos gêmeos teve que seguir o Caminho, mas Leto sempre foi o mais forte.
