Em janeiro de 2010 recebeu a Medalha Alexander Agassiz, por "estudos pioneiros dos organismos fotossinteticamente dominantes nos mares e por integrar seus resultados em um novo entendimento dos oceanos globais."
Recebeu em 2013 o Prêmio Ramon Margalef de Ecologia, “por ser uma das mais produtivas, carismáticas e ativas pesquisadoras sobre biologia e ecologia marinha”.
Publicações selecionadas
Chisholm, S.W. 2012. Unveiling Prochlorococcus: The Life and times of the ocean’s smallest photosynthetic cell. 2012. In: Microbes and Evolution: The World That Darwin Never Saw. In: R. Kolter and S. Maloy [eds]. ASM Press. p.165.
Coleman, M. L. and S. W. Chisholm. 2010. Ecosystem-specific selection pressures revealed by comparative population genomics. PNAS 107 (43): 18634–18639.
Lindell, D. J.D. Jaffe, M.l. Coleman, I.M. Axmann, T. Rector, G. Kettler, M.B. Sullivan, R. Steen, W.R. Hess, G.M. Church, and S. W. Chisholm. 2007. Genome-wide expression dynamics of a marine virus and host reveal features of coevolution. Nature 449: 83-86
Chisholm, S.W., R.J. Olson, E.R. Zettler, R. Goericke, J. Waterbury, and N. Welschmeyer. A novel free-living prochlorophyte abundant in the oceanic euphotic zone. Nature, 334(6180):340-343, 1988.