Scott nasceu no Missouri e é filho de Debbie e do engenheiro civil Bruce Banister. Começou a criar sites na escola e ingressou na Universidade de Illinois em Urbana-Champaign para estudar computação. Durante a graduação, criou uma empresa, contratou a si próprio como estagiário e usou o estágio para obter créditos acadêmicos. Pretendia tornar-se professor de ciência da computação, mas passou a dedicar mais tempo aos negócios que desenvolvia fora das aulas.
Seu primeiro projeto comercial facilitava a divulgação de lojas nos mecanismos de busca da internet. Com amigos, criou o serviço gratuito de cadastramento ListServe, que antecedeu o Submit It!. No verão de 1995, ainda na universidade, fundou a SponsorNet New Media com Max Levchin e Luke Nosek. Os três trabalhavam na sede universitária da Associação para Maquinaria da Computação. Instalaram um microcontrolador em uma máquina de refrigerantes Dr Pepper e a conectaram à internet, permitindo comprar bebidas com o cartão de identificação estudantil.
Scott aprendeu HTML por conta própria e trabalhou na manutenção de páginas da internet com o professor Burks Oakley. Além da SponsorNet, uma rede de anúncios que leiloava espaços publicitários, criou a Permalink.com, que oferecia endereços de páginas e de correio eletrônico permanentes, e o Submit It!, uma ferramenta para divulgar sites.
Foi o primeiro dos três amigos a se mudar para o Vale do Silício e vender uma empresa. Deixou a universidade no segundo ano do curso, em 1996, para trabalhar no Submit It!, que cadastrava páginas automaticamente em mecanismos de busca. Ali Partovi elogiou a simplicidade do serviço e seu potencial comercial. A LinkExchange comprou o Submit It! em junho de 1998, e a Microsoft adquiriu a LinkExchange em dezembro daquele ano. O Submit It!, o ListBot e o ClickTrade, também criado por Scott, passaram a integrar a LinkExchange do MSN.
Em dezembro de 2000, Scott Banister e Scott Weiss fundaram a IronPort para bloquear mensagens indesejadas, como o correio de conteúdo pornográfico recebido por empresas. A Cisco comprou a companhia em 2007 por US$ 830 milhões.
Scott foi investidor e conselheiro da eVoice, que permitia receber mensagens de correio de voz por e-mail e foi adquirida pela AOL em 2001. Na Idealab, ocupou o cargo de vice-presidente de ideias e propôs o sistema de lances para determinar a posição dos anúncios usado pela Overture.
Investiu na Powerset, que desenvolvia buscas em linguagem natural, e em empresas como Uber, Zappos, LiveOps, Facebook, Hi5, Tagged, iLike, Causes, Topsy Labs, Teleport e TekTrak. Cofundou com sua mulher, Cyan Banister, e Jeffrey Wescott a Zivity, uma rede social de conteúdo adulto.
Foi um dos primeiros investidores e membros do conselho do PayPal. Integra o grupo de ex-dirigentes e investidores da empresa chamado de Máfia do PayPal. Em 2019, Scott e Peter Thiel haviam investido, cada um, em mais de cem empresas.
