Separatkrig är en term som används för att beteckna Finlands krigföring under fortsättningskriget (1941–1944). Termen har använts, och används alltjämt, som ett sätt att markera avstånd från de mörkaste sidorna av den tyska regimen under andra världskriget.
Avsaknaden av en skriftlig förbundsakt mellan Finland och Tyskland har av flera historiker tolkats som att Finland inte var en egentlig tysk allierad, utan endast en löst förbunden koalitionspartner – en "vapenbroder", som det hette på både finska, svenska och tyska. Som stöd för denna tolkning har det anförts att Finland informerades om Operation Barbarossa först i ett mycket sent skede, i slutet av maj 1941, och inte deltog i någon gemensam planering på förhand.
Några veckor senare drogs på militärt håll upp vissa riktlinjer för det kommande koalitionssamarbetet, men den politiska pakt som eftersträvades från tyskt håll ingicks aldrig som ett formellt fördrag mellan staterna. Tyskland hade sedan 1941 vid upprepade tillfällen eftersträvat en formell allians, men överbefälhavaren Mannerheims auktoritet gjorde det möjligt att avvärja sådana krav och hävda Finlands politiska och militära självständighet.

Det närmaste Tyskland kom en sådan politisk pakt var det så kallade Ryti-Ribbentrop-avtalet, som statsminister Edwin Linkomies och president Risto Ryti gick med på sommaren 1944 under starka tyska påtryckningar, sedan Linkomies redan våren 1943 låtit utreda om presidenten kunde ingå ett sådant åtagande i eget namn. Avtalet var dock utformat som ett personligt brev från Ryti, inte ett fördrag mellan Finland och Tyskland, och band – utöver Ryti själv – även den regering han utnämnt. Det upphörde att gälla när Ryti avgick i augusti 1944; hans efterträdare Gustaf Mannerheim deklarerade omedelbart att han inte kände sig bunden av det, och Linkomies regering avgick av samma skäl fyra dagar senare, den 8 augusti 1944. Tyskland betraktade dock avtalet som ett formellt bundsförvantskap, vilket ger frågan en tvetydig status i historieskrivningen.
Bland de argument som anförts för att Finland förde ett självständigt krig märks att den finländska krigsledningen, trots upprepade tyska önskemål, vägrade anfalla Leningrad. Det tysk-finska samarbetet har vidare beskrivits sakna en gemensam ideologisk nämnare, eftersom Tysklands fälttåg i första hand var motiverat av rasideologiska och förstörelseinriktade mål, medan Finlands krigföring inte delade denna målsättning. Som ett mera udda belägg för tesen har det påpekats att finländska judiska soldater kämpade vid fronten, på sina håll sida vid sida med tyska trupper – ett förhållande som saknade motstycke någon annanstans i Europa.
Att det politiska avtal Tyskland eftersträvade aldrig kom till stånd har förklarats med att Finland, till skillnad från övriga stater i krig mot Sovjetunionen på Tysklands sida, var en demokrati vars ledning ställde sig avvisande till den nazistiska diktaturen. Samtidigt förberedde sig den finländska ledningen för eventualiteten att Tyskland skulle segra i kriget, bland annat genom att hävda att Finland utgjorde en historiskt framvuxen "bondedemokrati" utan ett skikt av plutokrater – en särskild samhällsform man hoppades skulle kunna vinna acceptans även efter en tysk seger.
Ett ytterligare argument som anförts för tesen är att Finland efter vapenstilleståndet i september 1944 vände sig militärt mot sin tidigare vapenbroder: i Lapplandskriget (oktober 1944–april 1945) drev finländska trupper ut de tyska styrkorna ur norra Finland, vilket framhållits som svårförenligt med tanken på ett genuint ideologiskt bundsförvantskap.
Att helt bestrida existensen av ett militärt bundsförvantskap är enligt Uppslagsverket Finland inte möjligt, eftersom Finland och Tyskland kämpade mot en gemensam fiende, Sovjetunionen. Finland anslöt sig dessutom redan den 25 november 1941 till Antikominternpakten, Tysklands och Japans förbund riktat mot den internationella kommunismen – en anslutning som i viss mån nyanserar bilden av ett samarbete helt utan ideologisk gemensam nämnare. Denna slutsats är dock en sanning med modifikation: Sovjetunionen, och senare Ryssland, har konsekvent hävdat att Finland var Nazitysklands bundsförvant och därmed medansvarigt för fortsättningskriget.

Tyskland irriterades av talet om ett finländskt separatkrig, en retorik som blev alltmer uttalad efter slaget vid Stalingrad och som gav Tyskland goda påtryckningsmöjligheter gentemot den mindre vapenbrodern. Från början av 1943 blev separatkrigstesen i praktiken den finländska utrikespolitikens främsta redskap, i väntan på det ögonblick då Tyskland inte längre var tillräckligt starkt för att tillgripa repressalier och Sovjetunionen ännu inte lyckats bryta igenom fronten.
Tyskland kunde inte förhindra att Finland i september 1944 i praktiken ingick en separatfred, vilket av vissa bedömare har tolkats som att även de allierade till sist accepterade tesen om ett finländskt separatkrig.

Det berättigade i separatkrigstesen har varit omdebatterat, om än inte i samma utsträckning som den så kallade drivvedsteorin. De två teserna gäller olika skeden och frågor: drivvedsteorin, som lanserades 1950 och senast vederlades av Mauno Jokipiis forskning 1987, behandlar huruvida Finlands *inträde* i fortsättningskriget 1941 var resultatet av en medveten politik eller om landet snarare "rycktes med" av yttre stormaktshändelser. Separatkrigstesen gäller i stället *hur* kriget fördes och vilken typ av bundsförvant Finland var, sedan landet väl gått in i kriget.
Separatkrigstesen aktualiserades på nytt 2005, sedan Finlands president åberopat den i ett tal vid det franska utrikespolitiska institutet, vilket ledde till en offentlig protest från Rysslands utrikesministerium.