Minisyncoccota

Minisyncoccota
	FISH-Beobachtung von Minisyncoccus archaeiphilus PMX.108ᵀ (pink) und dem Archaeon Methanospirillum hungatei DSM 864ᵀ (blau) in Co-Kultur.
Systematik
Klassifikation:	Lebewesen
Domäne:	Bakterien (Bacteria)
Reich:	Terrabakterien (Bacillati)
Stamm:	Minisyncoccota
Wissenschaftlicher Name
	Minisyncoccota
	Nakajima et al. 2025

Minisyncoccota ist ein Phylum (Abteilung oder Stamm) im Bakterien-Reich Bacillati (Terrabakterien). Andere und frühere Bezeichnungen sind „Ca. Patescibacteriota“, Patescibacteria Rinke et al. 2013 oder provisorisch CPR-Gruppe (englisch CPR group Brown 2015, Candidate Phyla Radiation).

Das Phylum Minisyncoccota (alias „Ca. Patescibacteriota“) ist das viertgrößte unter den Bakterien (Stand Januar 2025).

Aufgrund ihrer im Vergleich zu anderen Bakterien geringen Größe im Nanobereich wurden sie gelegentlich auch als Nanobakterien (Nanobacteria) oder ultrakleine Bakterien (ultra-small bacteria) bezeichnet.

Beschreibung

Kulturunabhängige DNA-Sequenzierungsansätze erlaubten in neuerer Zeit vielfältige, noch nicht kultivierte Mikroorganismen zu erforschen und den Stammbaum des Lebens um diese „mikrobielle dunkle Materie“ erheblich zu erweitern. Eine wichtige Linie der Domäne Bacteria ist das Phylum Minisyncoccota, früher bekannt als „Ca. Patescibacteria“ oder „Candidate Phyla Radiation“ (CPR). Es handelt sich um eine große evolutionäre Radiation von Bakterienlinien (Kladen), d. h. eine sehr vielfältige phylogenetische Bakteriengruppe. Sie ist zwar in natürlichen und künstlichen Ökosystemen weit verbreitet, dennoch bisher (Stand Anfang 2026) noch kaum erforscht ist. Ihre Mitglieder konnten bisher meist nicht kultiviert werden und sind daher nur durch Metagenomik oder Sequenzierung von Einzelzellen bekannt. Aufgrund der wenigen kultivierten Vertreter und metagenomischer Untersuchungen wird angenommen, dass sie obligat symbiotisch (mutualistisch) oder parasitär mit anderen Prokaryoten (anderen Bakterien oder auch Archaeen) oder sogar mit Eukaryoten zusammenleben. Anlass zu dieser Annahme sind fehlende, aber für andere Bakterien gängige Biosynthesewege und ribosomale Proteine, sowie eine kleine Zell- und Genomgröße. Zwar wurden zunächst nur Bakterien-parasitierende oder -fressende Vertreter der Minisyncoccota beschrieben, später zeigte es sich aber, dass einige Linien spezifisch mit Archaeen interagieren können, wobei in den bekannten Fällen die Hinweise eher auf Parasitismus denn auf Mutualismus hindeuten.

Im Falle der Beziehung zwischen Saccharimonadia (Saccharibakterien) und Actinomycetota (Actinobakterien) haben zwei aktuelle Studien Mechanismen vorgeschlagen, durch die Saccharibakterien ihrem Wirt in einer natürlichen Umgebung eher nützen als schaden könnten:

Von Epibionten produziertes Ammoniak könnte den Wirt vor Säurestress im Mund schützen, und
eine Infektion mit Saccharimonadia könnte die Genexpression von Phagenrezeptoren ihres Wirts unterdrücken.

Ob diese spezifischen Vorteile einer Infektion durch Saccharimonadia ausreichen, um von einer mutualistische Partnerschaft zu sprechen, ist noch in der Diskussion; weitere Forschung zur Natur der Beziehungen zwischen Minisyncoccota und ihren Wirten könnte helfen und ist vorgeschlagen (Stand 2024).

Als im Allgemeinen obligate Symbionten sind die Minisyncoccota -Mitglieder nicht in Reinkultur kultivierbar und werden deshalb und wegen ihrer kleinen Größe bei Untersuchungsmethoden, die von der Kultivierung abhängig sind, generell übersehen. Selbst bei kulturunabhängigen Studien, die sich auf 16S-rRNA-Sequenzen stützen, werden häufig übersehen.

Diversität

Ursprünglich (um 2016) hatte man angenommen, dass das damals als CPR-Gruppe bezeichnete heutige Phylum Minisyncoccota über 15 % der gesamten bakteriellen Vielfalt ausmacht und entsprechend selbst als „Superphylum“ aus mehr als 70 verschiedenen Phyla (Abteilungen, englisch divisions) bestehen könnte. Untersuchungen für die Genome Taxonomy Database (GTDB) hatten jedoch 2018 auf der Grundlage der relativen evolutionären Divergenz festgestellt, dass die CPR-Gruppe ein einziges Phylum darstellt. Frühere Zahlen könnten durch die rasche Evolution der ribosomalen Proteine aufgebläht worden sein.

Stoffwechsel

Mit einigen wenigen Ausnahmen fehlen den Mitgliedern der Minisyncoccota (CPR-Gruppe) im Allgemeinen mehrere Biosynthesewege für verschiedene Aminosäuren und Nukleotide. Bislang geben die Genomdaten keine Hinweise darauf, dass die Mitglieder von CPR in der Lage sind, die für die Bildung der Zellhülle wesentlichen Lipide zu produzieren (Stand 2018). Außerdem fehlen ihnen in der Regel vollständige Citratcyclen (Tricarbonsäurezyklen, TCA-Zyklen) und Komplexe der Elektronentransportkette, einschließlich der ATP-Synthase. Dieses Fehlen mehrerer wichtiger Stoffwechselwege, die in den meisten freilebenden Prokaryoten zu finden sind, deutet darauf hin, dass die CPR-Gruppe aus obligat fermentativen (gärenden) Symbionten besteht.

Ribosomale Merkmale

Darüber hinaus weisen die CPR-Mitglieder spezifische ribosomale Merkmale auf. Ihre Proteine kodierenden rRNA-Gene haben selbstspleißende Introns. Dies kommen bei anderen Bakterien selten vor, wurden bei CPR aber bereits 1995 gefunden wurden. Aufgrund dieser Introns werden CPR-Mitglieder bei 16S-abhängigen Methoden nicht erkannt. Außerdem fehlt wie bei vielen Symbionten allen CPR-Mitgliedern das Gen für die ribosomalen Protein L30 (englisch 60S ribosomal protein L7, RPL7) und L9.

Größe

Die Mitglieder der Minisyncoccota (CPR-Gruppe) sind ultrakleine Bakterien im Nanometerbereich. Elektronenmikroskopische Untersuchungen ergaben, dass übliche Durchmesser bei ca. 250 nm liegen. Das Volumen beträgt entsprechend 0,009 (±0,002) μm³ (Kubikmikrometer) und kann durch Aushungern weiter verringert werden. Sie haben daher eine ähnliche Größe wie die ultrakleinen Archaeen des Reichs Nanobdellati (früheres DPANN-Superphylum).

Sehr kleine Bakterien werden generell als Ultramikrobakterien (UMB) bezeichnet. UMB finden sich nicht nur im Phylum Minisyncoccota, es gibt auch Beispiele unter den Proteobakterien, Deinococcus-Thermus, Firmicutes, Acidobacteria, Dependentiae und Elusimicrobia. In all diesen Fällen sind auch die Genome mit 0,58 bis 3,2 Mbp (Megabasenpaaren) recht klein.

Viele Merkmale der Minisyncoccota-Vertreter sind denen der ultrakleinen Archaeen aus dem Reich Nanobdellati ähnlich oder entsprechen ihnen direkt (wozu beispielsweise eine epibiontische Lebensweise gehört).

Aufbau

Die Mitglieder der Minisyncoccota (CPR-Gruppe) haben folgende strukturelle Eigenschaften:

Ein sehr dichtes zytoplasmatisches Kompartiment mit dicht gepackter DNA (Supercoiled DNA).
Eine geringe Zahl an Ribosomen (im Schnitt um die 42 ±9,5), die sich an den Zellenden in Ansammlungen befinden, die als Polysome bezeichnet werden.
Ein bakterielles Lipid der Cytoplasmamembran, das Fettsäuren mit langen Alkylketten (-CH₂-) enthält, die nur eine oder zwei endständige Methylgruppen (–CH₃) aufweisen. Die Genomanalyse zeigt, dass die normalerweise in Bakterien vorkommenden Komponenten für die Synthese von Membranlipiden nicht vorhanden sind.
Sie haben eine komplexe Zellwand aus Peptidoglykan und sind von einem charakteristischen S-Layer mit hexagonaler Symmetrie umhüllt.
Die Zellen sind gramnegativ aufgrund des äußeren S-Layers. Die meisten haben jedoch keine äußere Membran, so dass die Struktur monodermal ist (mit Einfach-, nicht Doppelmembran), ähnlich wie bei Archaeen.
Es sind zahlreiche Strukturen die Pili ähneln erkennbar, die die Zellwand durchdringen, mit unterschiedlichen Längen und Dicken. Gelegentlich verbinden sich diese Pili mit anderen großen Zellen.
Nicht näher identifizierte ringförmige Strukturen, die im Inneren mit Fäden verbunden sind.

Habitat

Die Bakterien der Minisyncoccota (CPR-Gruppe) sind sehr vielfältig und in der terrestrischen und marinen Umgebungen weit verbreitet und auch im Grundwasser sehr häufig. Bislang (Stand 2019) wurden sie im menschlichen Mikrobiom, im Trinkwasser, in Grundwasserleitern, im Meeressediment, im Boden, in tiefen unterirdischen Sedimenten, im Maul von Delfinen und in anderen Umgebungen gefunden. Sie wurden als Episymbionten anderer Mikroorganismen gefunden, von denen sie aufgrund ihrer begrenzten Biosynthesekapazität abhängig sind. Sie sind auch von Bedeutung in heißen Quellen, allerdings nimmt ihre Häufigkeit mit steigender Temperatur ab.

Es wurde festgestellt, dass Grundwasserumgebungen eine besonders große Fülle an CPR-Bakterien enthalten (bis zu 38 % des gesamten Mikrobioms). Vertreter wurden auch in Tiefseesedimenten, im Permafrost und im tiefen kontinentalen Untergrund gefunden.

„Guaymas1“ ist eine vorgeschlagene Klade von mit den Thermodesulfobacteria verwandten mutmaßlichen Minisyncoccota [Patescibacteria] aus den hydrothermal aktiven Meeressedimenten des Guaymas-Beckens (siehe auch Saccharimonadia §Phylogenie).

Etymologie

Die Bezeichnung ‚Minisyncoccota‘ ist neulateinisch und bezieht sich auf die Typusgattung Minisyncoccus, versehen mit dem Suffix ‚-ota‘ zur Kennzeichnung von Bakterienphyla. Der Name der Typusgattung, Minisyncoccus setzt sich zusammen aus lateinischen Adjektiv minor ‚kleiner‘, der altgriechischen Präposition συν- sym-, deutsch ‚zusammen‘, ‚mit(einander)‘ und κόκκος kókkos, deutsch ‚Korn‘, ‚Saatgut‘. Die Bezeichnung verweist daher auf körnchenförmige Mikroorganismen, die mit anderen Organismen zusammenleben.

Die Bezeichnung ‚Patescibacteria‘ bzw. ‚Patescibacteriota‘ leitet sich ab von lateinisch patesco ‚ich bin sauber, kahl, einfach‘, englisch ‚bare‘, was auch als ‚schlicht‘ oder ‚einfach‘ verstanden werden kann und auf die geringeren Stoffwechselkapazitäten dieser Bakterien anspielt.

Die englische Bezeichnung ‚Candidate Phyla Radiation‘ verweist auf die Auffächerung (Radiation) der ursprünglich mit diesem Rang belegten Kandidaten-Phyla.

Phylogenie

Frühe phylogenetische Analysen um 2016–2018 ergaben aufgrund von Profilen der ribosomalen Proteine und des Vorkommens von Proteinfamilien, dass die CPR-Klade die „basalste“ Verzweigungslinie in der Domäne der Bakterien sein sollte. Nach diesen Studien ergab sich damals die folgende Phylogenie mit Phyla und Superphyla (letztere sind fett wiedergegeben):

Bacteria

CPR

Wirthbacteria (CG2-30-54-11)

„Microgenomates-Cluster“

Dojkabacteria (WS6)

	Katanobacteria (Katan)

	Microgenomates (OP11)

„Saccharibacteria-Cluster“

	Berkelbacteria (ACD58)

	Saccharimonadia (TM7)

„Parcubacteria-Gruppe“ (OD1)

„Gracilibacteria-Cluster“

Peregrinibacteria (PER)

GN02

	Absconditabacteria (SR1 & BD1-5)

	Gracilibacteria

„Parcubacteria-Cluster“

Parcubacteria (ABY1 & …)

andere Bakterien

Diese Phylogenie basiert auf ribosomalen Proteinen (Hug et al., 2016). Andere Ansätze, einschließlich der Existenz von Proteinfamilien und 16S rRNA, lieferten ähnliche Ergebnisse bei geringerer Auflösung (2017, 2019). Mehrere neuere Studien deuten jedoch darauf hin, dass die CPR-Gruppe zu den Terrabacteria gehört und enger mit den Chloroflexi verwandt ist.

Systematik

Die meisten großen Kladen der ursprünglich als CPR-Gruppe bezeichneten Minisyncoccota waren um 2015/2016 als Phyla vorgeschlagen worden, allerdings mit einer diese Rangstufe nicht repräsentierenden Endung (meist ‚-bacteria‘). was anschließend korrigiert wurde (d. h. auf den Suffix ‚-ota‘, meist also ‚-bacteriota‘).

Wegen der geringen Größe (genauer: Genomgröße) der Minisyncoccota wird die phylogenetische Distanz von Vertretern leicht überschätzt. Bei kleinem Genom bedeutet der Austausch eines einzigen Gens bereits einen viel größeren prozentualen Unterschied als bei einem großen Genom. Daher müssen – wie bei Viren die prozentualen Grenzwerte für Abweichungen innerhalb der einzelnen taxonomischen Rangstufen (Familie, Ordnung, Klasse etc.) unterschiedlich vergeben werden.

Daher werden diese ursprünglichen Gruppen heute nur noch im Rang von einer Klasse bis herab zu einer Familie innerhalb eines einzigen Phylums gesehen. Viele davon wurden dabei aufgeteilt – sei es, weil sie sich als polyphyletisch erwiesen hatten, oder um etwa im Rang zwischen Ordnung und Familie liegende Gruppen in einzelne Familien herabzubrechen. Allerdings ist für viele dieser Gruppen bislang (Stand Mitte Februar 2026) noch kein offizieller Vorschlag mit einem den neuen taxonomischen Rang korrekt kennzeichnenden Suffix erfolgt; diese Namen sind daher noch provisorisch – das gilt erst recht für die Abspaltungen von den Hauptgruppen. Gleichzeitig existieren in der LPSN noch die (verwaisten) Einträge zu den ursprünglichen Phyla mit dem korrigierten (diese Rangstufe kennzeichnenden) Suffix einschließlich der originalen Namen.

Im Jahr 2025 gaben Meri Nakajima et al. die erfolgreiche Co-Kultivierung von Minisyncoccus archaeophilus (Referenzstamm JCM 39522 alias PMX.108) mit dem Archaeon Methanospirillum hungatei (Referenzstamm DSM 864 alias JF-1; Fam. Methanospirillaceae, Ord. Methanomicrobiales, Klasse Methanomicrobia, Phylum Methanobacteriota) bekannt. Das anaerobe Bakterium ist ein obligater Parasit des Archaeons; es war nicht möglich, das Bakterium in Reinkultur (axenischer Kultur) zu züchten. Dabei wurde auch der heutige Name ‚Minisyncoccota‘ für die gesamte CPR-Gruppe als Phylum festgelegt.

Phylogenie der Minisyncoccota

„Wirthbacteria“ [c__CG2-30-54-11]

„Microgenomates-Cluster“

„Dojkabacteria“ (WS6)

	„Katanobacteria“ [c__WWE3]

	„Microgenomatia“ (OP11)

„Saccharibacteria-Cluster“

„Berkelbacteria“
[c__UBA1384]

„Kazanbacteria“
[c__Kazan-3B-28]

	„Howlettbacteria“ [c__CPR2]

	„Saccharimonadia“ (TM7)

„Gracilibacteria-Cluster“

	„Absconditabacteria“ [c__JAEDAM01]

	„Peribacteria“

„Parcubacteria-Cluster“

„Doudnabacteria“

„Andersenbacteria“

	„Torokbacteria“ [c__GCA-2792135]

	„Patescibacteriia“ [c__ABY1]

Minisyncoccia
[„Paceibacteria“]

Die folgende auszugsweise Systematik versucht, die Entwicklung transparent darzustellen (Stand 21. Februar 2026):

Phylum Minisyncoccota Nakajima et al. 2025^(L,N)
[„Ca. Paceibacterota“ corrig. Brown et al. 2015^(L),
[„Ca. Paceibacterota“ corrig. Brown et al. 2015^(N),
[„Ca. Patescibacteriota“ Dutkiewicz et al. 2025^(L,G),
[„Ca. Altimarinota“ corrig. Rinke et al. 2013^(L),
[„Ca. Microgenomatota“ corrig. Rinke et al. 2013^(L),
[„Ca. Microgenomates“ Rinke et al. 2013^(L),
[„Ca. Saccharimonadota“ corrig. Albertsen et al. 2013^(L),
[„Ca. Peregrinibacteriota“ corrig. Wrighton et al. 2012^(L,G),
[„Ca. Elulimicrobiota“ Rodriguez-R et al. 2020^(N) bzw. corrig. Rodriguez et al. 2020^(L),
[„Ca. Elulota“ Rodriguez et al. 2020^(L),
[„Ca. Saccharibacteria“ Albertsen et al. 2013 (Phylum)^(L),
[„Ca. Peregrinibacteria“ Wrighton et al. 2012 (Phylum)^(L),
[„Ca. Pacebacteria“ Brown et al. 2015 (Phylum)^(L),
[„Ca. Gracilibacteria“ Rinke et al. 2013 (Phylum)^(L),
[„Ca. Parcubacteria“ Rinke et al. 2013 (Phylum)^(L),
[„Patescibacteria“,
[„CPR-Gruppe“,
[OP11-derived 1,
[Candidate division OD1]
– vom Umfang her entsprechend der „Microgenomates group“ [„Microgenomates superphylum“, Candidate division OP11]^(N)

Absconditabakterien

Klasse „Ca. Absconditabacteria“ [c__JAEDAM01^(G), „Ca. Gracilibacteria“ Yakimov et al. 2022^(L)]
- Ordnung „Ca. Absconditabacterales“ Yakimov et al. 2022^(L,N,G) – früher Phylum „Ca. Absconditibacteriota“ corrig. Hug et al. 2016 [„Ca. Absconditabacteria“ Hug et al. 2016^(L°,N), Candidate division SR1^(N), Candidate division Sulphur River 1^(N)]
- Ordnung o__BD1-5^(G) – früher (vom Umfang her) Phylum „Ca. Altimarinota“ corrig. Rinke et al. 2013^(L,N) [Candidate division BD1-5, Candidate division ACD80]^(N)

Andersenbakterien

Klasse „Ca. Andersenbacteria“^(G) [RIF9-Gruppe] – früher Phylum „Ca. Anderseniibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Andersenbacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung o__UBA10190^(G) – monotypisch
  - Familie f__CAIZMI01^(G)
    - Gattung CAIZMI01^(G)
    - Gattung VMFP01^(G) – mit VMFP01 sp007376145 [Parcubacteria group bacterium Gr01-1014_38^(N,G)]
  - Familie f__UBA10190^(G) – Andersenbakterien im engeren Sinn
    - Gattung UBA10190^(G) – mit UBA10190 sp001817065^(G) [Ca. Andersenbacteria bacterium RIFCSPHIGHO2_02_FULL_46_16^(N,G)]
    - Gattung …^(G)

Berkelbakterien

Klasse „Ca. Berkelbacteria“ [c__UBA1384^(G)] – früher Phylum „Ca. Berkeliibacteriota“ corrig. Wrighton et al. 2014 [„Ca. Berkelbacteria“ Wrighton et al. 2014]^(L°,N)
- Ordnung o__2-12-FULL-50-11^(G)
  - Familie f__2-12-FULL-50-11^(G) – mit 2-12-FULL-50-11 sp001774395^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium RIFCSPLOWO2_01_FULL_50_28^(N,G)]
  - Familie f_DASWYB01^(G)
- Ordnung o__CAILIB01^(G)
  - Familie f__CAILIB01^(G) – mit CAILIB01 sp903834195^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium isolate Ki1-1-6m_bin-0597^(N,G)]
  - Familie f_JAUSJZ01^(G)
- Ordnung o__CAJBMM01^(G)
  - Familie f__CAJBMM01^(G) – mit CAJBMM01 sp903954185^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium isolate Loc090907-8m_bin-217^(N,G)]
- Ordnung o__GWA2-35-9^(G)
  - Familie f__CG2-30-39-44^(G) – mit CG2-30-39-44 sp002789815^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium CG_4_9_14_3_um_filter_39_23^(N,G)]
  - Familie f__CG2-30-43-20^(G) – mit CG2-30-43-20 sp002780235^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium CG06_land_8_20_14_3_00_43_10^(N,G)]
  - Familie f__GWA2-35-9^(G) – mit GWA2-35-9 sp000991185^(G) [Berkelbacteria bacterium GW2011_GWA2_35_9^(N,G)]
- Ordnung o__JACPKC01^(G)
  - Familie f__JACPKC01^(G) – mit JACQIO01 sp016198415^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium isolate NC_groundwater_1127_Ag_S-0.1um_62_29^(N,G)]
- Ordnung o__JAGVHQ01^(G)
  - Familie f__JAGVHQ01^(G) – mit JAGVHQ01 sp020056565^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium isolate DeMMO2_25^(N,G)]
- Ordnung o__JAHJRZ01^(G)
  - Familie f__JAHJRZ01^(G) – mit JAHJRZ01 sp026397195^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium isolate LacPavin_0920_SED5_MAG_40_8^(N,G)]
- Ordnung o__JAPLVJ01^(G)
  - Familie f__JAPLVJ0^(G) – mit JAPLVJ01 sp0263971555^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium isolate LacPavin_0920_SED5_MAG_37_11^(N,G)]
- Ordnung o__UBA12157^(G)
  - Familie f__JAENIV01^(G) – mit JAENIV01 sp016844295^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium isolate CoA_1_bin.50^(N,G)]
  - Familie f__UBA12157^(G) – mit GWE1-39-12 sp001029735^(G) [Berkelbacteria bacterium GW2011_GWE1_39_12^(N,G)]
- Ordnung o__UBA1384^(G)
  - Familie f__1-14-0-10-41-12^(G) – mit 1-14-0-10-41-12 sp002778735^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium CG10_big_fil_rev_8_21_14_0_10_41_12^(N,G)]
  - Familie f__DTJR01^(G) – mit JAOUGE01 sp029865605^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium isolate 4_1_July_SF_Bin64^(N,G)]
  - Familie f__UBA1384^(G) – mit UBA1384 sp002305395^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium UBA1384^(N,G)]
- Ordnung o__VFKW01^(G)
  - Familie f__VFKW01^(G) – mit VFKW01 sp009885355^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium isolate Bin_65_7^(N,G)]
- Ordnung o__XYA2-FULL-43-10^(G)
  - Familie f__1-14-0-10-43-13^(G) – mit JAPLVL01 sp026397135^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium isolate LacPavin_0818_WC55_MAG_43_8^(N,G)] und 1-14-0-10-43-13 sp002773985^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium CG10_big_fil_rev_8_21_14_0_10_43_13^(N,G)]
  - Familie f__CAINNR01^(G) – mit CAINNR01 sp903851235^(G) [Ca. Candidatus Berkelbacteria bacterium isolate AlinenLipids_bin-4476^(N,G)]
  - Familie f__JAKAMI01^(G)
  - Familie f__XYA2-FULL-43-10^(G) – mit XYA2-FULL-43-10 sp001776195^(G) [Ca. Berkelbacteria bacterium RIFOXYA2_FULL_43_10

Dojkabakterien

Klasse „Ca. Dojkabacteria“ Wrighton et al. 2016^(N,G) [WS6-Gruppe] – früher Phylum „Ca. Dojkaibacteriota“ corrig. Wrighton et al. 2016^(L°,N) [„Ca. Dojkabacteria“ Wrighton et al. 2016^(L°), Candidate division WS6^(N), Candidate division Wurtsmith 6^(N)]
- Ordnung o__B142^(G)
- Ordnung o__CALFHW01^(G)
- Ordnung o__GCA-002793355^(G)
- Ordnung o__GCA-016699595^(G)
- Ordnung o__J137^(G)
- Ordnung o__JAFGFJ01^(G)
- Ordnung o__JAFGLO01^(G)
- Ordnung o__JAHIVN01^(G)
- Ordnung o__JAOAGR01^(G)
- Ordnung o__SC72^(G) – Dojkabacterien im engeren Sinn
  - Familie f__JAHDCA01^(G) – abgetrennt von „Nomurabacteraceae“ [f__UBA9973]
    - Gattung JACKFQ01^(G) – mit JACKFQ01 sp020632395^(G) [Ca. Nomurabacteria bacterium isolate HK-STAS-PATE-6^(N,G)] (verschoben)
    - Gattung JACKFR01^(G) – mit JACKFR01 sp020632375^(G) [Ca. Nomurabacteria bacterium isolate HK-STAS-PATE-7^(N,G)] (verschoben)
    - Gattung …^(G)
  - Familie f__SC72^(G)
    - Gattung UBA5209^(G) – mit UBA5209 sp002840365^(G) [Ca. Dojkabacteria bacterium HGW-Dojkabacteria-1^(N,G)]
    - Gattung …^(G)
  - Familie …^(G)
- Ordnung …^(G)

Doudnabakterien

Klasse „Ca. Doudnabacteria“^(G) [SM2F11-Gruppe] – früher Phylum „Ca. Doudnaibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Doudnabacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung o__UBA920^(G) – monotypisch
  - Familie f__2-01-FULL-46-14^(G) – mit 2-01-FULL-46-14 sp001779925^(G) [Ca. Doudnabacteria bacterium RIFCSPHIGHO2_01_FULL_46_14^(N,G)]
  - Familie f__2-01-FULL-50-11^(G) – mit 2-01-FULL-50-11 sp001777585^(G) [Ca. Doudnabacteria bacterium RIFCSPHIGHO2_01_FULL_50_11^(N,G)]
  - Familie f__2-02-FULL-46-11^(G) – mit 2-02-FULL-46-11 sp001779955^(G) [Ca. Doudnabacteria bacterium RIFCSPHIGHO2_02_FULL_46_11^(N,G)]
  - Familie f__O2-02-FULL-48-8^(G) – mit O2-02-FULL-48-8 sp001777575^(G) [Ca. Doudnabacteria bacterium RIFCSPHIGHO2_01_FULL_46_24^(N,G), Ca. Doudnabacteria bacterium RIFCSPLOWO2_02_FULL_48_8^(N,G)]
  - Familie f__UBA920^(G) – mit UBA920 sp035327465^(G) [Ca. Doudnabacteria bacterium isolate AMR_MDS_0148^(N,G)] und UBA920 sp002293685^(G) [Patescibacteria group bacterium UBA920^(N,G)]
  - Familie f__VMFF01^(G) – mit VMFF01 sp007375915^(G) [Ca. Doudnabacteria bacterium Gr01-1014_77^(N,G)]

Howlettbakterien

Klasse „Ca. Howlettbacteria“ [c__CPR2^(G), Candidate division CPR2^(N)]
- Ordnung o__CPR2^(G)
  - Familie f__CPR2^(G)
    - Gattung GWC2-39-10^(G) – mit GWC2-39-10 sp000993275^(G) [Candidate division CPR2 bacterium GW2011_GWC1_39_9^(N,G)], GWC2-39-10 sp000993275^(G) [Candidate division CPR2 bacterium GW2011_GWC2_39_10^(N,G)] und GWC2-39-10 sp001872945^(G) [Bacterium CG2_30_37_16^(N)]
    - Gattung UBA9978^(G) – mit UBA9978 sp000995065^(G) [Candidate division CPR2 bacterium GW2011_GWC2_39_35^(N,G), Candidate division CPR2 bacterium GWD2_39_7^(N,G)]
- Ordnung o__UBA1875^(G)
  - Familie f__GCA-2785325^(G)
    - Gattung GCA-2785325^(G) – mit GCA-2785325 sp002785325^(G) [Bacterium (Ca. Howlettbacteria) CG_4_10_14_0_8_um_filter_40_9^(N,G)]
  - Familie f__UBA1875^(G)
    - Gattung UBA1875^(G) – mit UBA1875 sp002338125^(G) [Patescibacteria group bacterium UBA1875^(N,G)]
    - Gattung …^(G)
  - Familie …^(G)

Katanobakterien

Klasse „Ca. Katanobacteria“ [c__WWE3^(G), WWE3-Gruppe] – früher Phylum „Ca. Katanibacteriota“ corrig. Hug et al. 2016^(L°) [„Ca. Katanobacteria“ Hug et al. 2016^(L°,N), Candidate division WWE3^(N), Candidate division Waste Water of Evry 3^(N)]
- Ordnung o__0-14-0-20-40-13^(G)
  - Familie f__0-14-0-20-40-13^(G) – mit 0-14-0-20-40-13 sp002774285^(G) [Candidate division WWE3 bacterium CG08_land_8_20_14_0_20_40_13^(N,G)]
  - Familie f__0-14-0-20-40-13^(G) – mit JAHINB01; s__JAHINB01 sp018896215^(G) [Patescibacteria group bacterium isolate KR13_N2.mb.93^(N,G)]
- Ordnung o__2-01-FULL-39-13^(G)
  - Familie f__2-01-FULL-39-13^(G) – mit 2-01-FULL-39-13 sp001772665^(G) [Candidate division WWE3 bacterium RIFCSPLOWO2_01_FULL_39_13^(N,G)], …^(G)
  - Familie …^(G)
- Ordnung o__9FT-COMBO-53-11^(G)
  - Familie f__9FT-COMBO-53-11^(G) – mit 9FT-COMBO-53-11 sp001443395^(G) [Candidate division WWE3 bacterium CSP1-7^(N,G)]
- Ordnung o__CG2-30-40-12 4^(G)
  - Familie f__CG2-30-40-12 – mit CG2-30-40-12 sp002770755^(G) [Candidate division WWE3 bacterium CG23_combo_of_CG06-09_8_20_14_all_40_14^(N,G)]
- Ordnung o__JAMCXX01^(G)
  - Familie f__JAMCXX01^(G) – mit JAMCXX01 sp023474425^(G) [Patescibacteria group bacterium isolate FK_Sedi_B_Bin.386^(N,G)]
  - Familie f__JBBTUG01^(G) – mit JBBTUG01 sp038063895^(G) [Patescibacteria group bacterium isolate H41-bin267_1^(N,G)]
- Ordnung o__JAPLWK01^(G)
  - Familie f__JAPLWK01^(G) – mit JAPLWK01 sp026396615^(G) [Candidate division WWE3 bacterium isolate LacPavin_0818_WC55_MAG_43_8^(N,G), Ca. Berkelbacteria bacterium isolate LacPavin_0818_WC55_MAG_43_8^(N)]
- Ordnung o__JAUXAW01^(G)
  - Familie f__JAUXAW01^(G) – mit JAUXAW01 sp030619715^(G) [Candidate division WWE3 bacterium isolate CSMAG_2772^(N,G)]
  - Familie f__JAYEID01^(G) – mit JAYEID01 sp034659915^(G) [Patescibacteria group bacterium isolate MAG200^(N,G), Ca. Saccharimonadota bacterium isolate MAG200^(N)]
- Ordnung o__PEYW01^(G)
  - Familie f__PEYW01^(G) – mit PEYW01 sp002774225^(G) [Candidate division WWE3 bacterium CG08_land_8_20_14_0_20_43_13^(N,G)]
- Ordnung o__UBA101185^(G)
  - Familie f__2-01-FULL-41-18^(G) – mit 2-01-FULL-41-18 sp001772615^(G) [Candidate division WWE3 bacterium RIFCSPHIGHO2_01_FULL_40_23^(N,G)]
  - Familie f__UBA10185^(G)
    - Gattung JACKGU01^(G) – mit JACKGU01 sp020631855 [Ca. Nomurabacteria bacterium isolate HK-STAS-PATE-46^(N,G)] (verschoben)
    - Gattung UBA10185^(G) – mit UBA10185 sp000994815^(G) [Candidate division WWE3 bacterium GW2011_GWC2_44_9^(N,G)]
    - Gattung …^(G)

Kazanbakterien

Klasse „Ca. Kazanbacteria“ [c__Kazan-3B-28^(G), Candidate division Kazan-3B-28^(N), Candidate division Kazan^(N)]
- Ordnung o__Kazan-3B-28^(G)
  - Familie f__Kazan-3B-28^(G) – mit Kazan-3B-28 sp001029795^(G) [Candidate division Kazan bacterium GW2011_GWA1_50_15^(N,G)] und Kazan-3B-28 sp001771185^(G) [Candidate division Kazan bacterium RIFCSPHIGHO2_01_FULL_44_14^(N,G)]
  - Familie f__UBA10110^(G) – mit RBG-13-50-9 sp001772255^(G) [Candidate division Kazan bacterium RBG_13_50_9^(N,G)]

Microgenomatia

Klasse „Ca. Microgenomatia“ Herrmann et al. 2019^(L,N,G) – früher Phylum Candidate division CPR1 / Candidate division OP11
- Kladen OP11-1, OP11-2, OP11-4b, OP11-4c
- Ordnung „Ca. Chazhemtobacteriales“^(G°) [o__UBA1400^(G)]
- Ordnung „Ca. Curtissbacterales“^(G) – früher Phylum „Ca. Curtissiibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Curtissbacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Daviesbacterales“^(G) – früher Phylum „Ca. Daviesiibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Daviesbacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Gottesmannbacterales“^(G°) [o__UBA10105^(G)] – zum früheren Phylum „Ca.?“
- Ordnung „Ca. Levybacterales“^(G) – früher Phylum „Ca. Levyibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Levybacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Roizmanbacterales“^(G°) [o__UBA1406^(G)] – früher Phylum „Ca. Roizmaniibacteriota“ [„Ca. Roizmanbacteria“]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Shapirobacterales“^(G°) [o__UBA12405^(G)] – früher Phylum „Ca. Shapironibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Shapirobacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Woykebacterales“^(G) – früher Phylum „Ca. Woykeibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Woykebacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung o__0-14-0-10-38-17 – abgetrennt von „CA. Shapirobacterales“ [o__UBA12405]
- Ordnung o__2-02-FULL-39-11^(G) – abgetrennt von „Ca. Gottesmannbacterales“ [o__UBA10105]
- Ordnung o__GWA2-44-7^(G)
- Ordnung o__JACOXO01^(G) – abgetrennt von „Ca. Gottesmannbacterales“ [o__UBA10105]
- Ordnung o__JACPZF01^(G) – abgetrennt von „Ca. Gottesmannbacterales“ [o__UBA10105]
- Ordnung o__PFEM01^(G) – abgetrennt von „Ca. Shapirobacterales“ [o__UBA12405]
- Ordnung o__UM-FILTER-39-15^(G) – abgetrennt von „Ca. Shapirobacterales“ [o__UBA12405]
- Ordnung o__UM-FILTER-40-11^(G) – abgetrennt von „Ca. Shapirobacterales“ [o__UBA12405]
- Ordnung o__VGLL01^(G) – abgetrennt von „Ca. Shapirobacterales“ [o__UBA12405]
- Ordnung …^(G)

Minisyncoccia oder Paceibacterien

Phylogenie der Minisyncoccia inkl. Parcunitrobacteria

„Moranbacterales“

o__UBA6257

„Jorgensenbacteraceae“ [f__GWB1-50-10]

„Wolfebacteraceae“ [f__UBA9933]

„Colwellbacteraceae“

	„Harrisonbacteraceae“ [f__WO2-44-18]

	„Liptonbacteraceae“ [f__2-01-FULL-56-20]

„Brennerbacteraceae“

*

	„Spechtbacterales“

	„Terrybacterales“

„Parcunitrobacterales“ [o__GWA2-38-13b]

„Portnoybacterales“

„Paceibacterales“ [Minisyncoccales]

„Wildermuthbacteraceae“ [f__UBA10102]

„Gribaldobacteraceae“ [f__CG1-02-41-26]

„Paceibacteraceae“ [„Parcubacteria“]

	„Nealsonbacteraceae“ [f__PWPS01]

	„Staskawiczbacteraceae“

„Azambacterales“ [o__UBA10092]

„Yanofskybacterales“ [o__2-02-FULL-40-12]

„Sungbacterales“

„Ryanbacterales“

„Giovannonibacterales“ (UBA11713)

„Niyogibacterales“ [o__HO2-45-28]

„Tagabacterales“ [o__JAHISW01]

Phycocordibacterales [o__UBA9973]

„Yonathbacteraceae“ [f__UBA1539]

„Nomurabacteraceae“ [f__UBA9973]

	„Adlerbacteraceae“ [f__SBAW01]

	„Kaiserbacteraceae“ [f__UBA2103]

„Campbellbacteraceae“ [f__UBA12079]

	„Taylorbacteraceae“ [f__PALSA-1337]

	„Zambryskibacteraceae“

„Vogelbacteraceae“ [f__XYD1-FULL-46-19]

Klasse Minisyncoccia Nakajima et al. 2025^(L,N,G) „Ca. Paceibacteria“ Chuvochina et al. 2023^(N) „Ca. Elulimicrobia“ Rodriguez-R et al. 2020^(N) bzw. Rodriguez et al. 2020^(L) „Ca. Elulimicrobiia“ corrig. Rodriguez et al. 2020^(L)
- Ordnung „Ca. Azambacterales“^(G°) [o__UBA10092^(G)] – zum früheren Phylum „Ca. Azamiibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Azambacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Giovannonibacterales“^(G°) [o__UBA11713^(G)] – früher Phylum „Ca. Giovannoniibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015^(L,N) [„Ca. Giovannonibacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N) – siehe auch Abspaltung o__JACPKW01 mit Familie f__UBA11713 in dieser Klasse
- Ordnung Minisyncoccales Nakajima et al. 2025^(L,G) [„Ca. Paceibacterales“ Chuvochina et al. 2023^(L)]
- Ordnung „Ca. Moranbacterales“ Chuvochina et al. 2023^(L°,G) [OD1-i-Gruppe] – früher Phylum „Ca. Moraniibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Moranbacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Niyogibacterales“^(G°) [o__H02-45-28^(G), RIF11-Gruppe] – früher Phylum „Ca. Niyogiibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Niyogibacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Phycocordibacterales“ Jonas et al. 2025^(L,N) [o__UBA9973^(N,G), „Parcubacteria 4“, „Ca. Elulimicrobiales“ Rodriguez-R et al. 2020^(L,N)]
- Ordnung „Ca. Portnoybacterales“ Chuvochina et al. 2023^(L°,G) [RIF22-Gruppe] – früher Phylum „Ca. Portnoyibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Portnoybacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Ryanbacterales“ Chuvochina et al. 2023^(L°,G) [RIF10-Gruppe] – früher Phylum „Ca. Ryaniibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Ryanbacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Spechtbacterales“ Chuvochina et al. 2023^(L°,G) – früher Phylum „Ca. Spechtiibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Spechtbacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Sungbacterales“ Chuvochina et al. 2023^(L°,G) [RIF17-Gruppe] – früher Phylum „Ca. Sungiibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Sungbacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Tagabacterales“^(G°) [o__JAHISW01^(G), RIF12-Gruppe] – früher Phylum „Ca. Tagaibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Tagabacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N), monotypisch
- Ordnung „Ca. Terrybacterales“ Chuvochina et al. 2023^(L°,G) – früher Phylum „Ca. Terryibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Terrybacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Yanofskybacterales“^(G°) [o__2-02-FULL-40-12^(G)] – früher Phylum „Ca. Yanofskyibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Yanofskybacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N) – in der GTDB abgetrennt von Ordnung Minisyncoccales
- Ordnung o__1-14-0-10-42-19^(G) – abgetrennt von „Niyogibacterales“ [o__H02-45-28]
- Ordnung o__2-12-FULL-41-13^(G) – abgetrennt von „Niyogibacterales“ [o__H02-45-28]
- Ordnung o__GCA-002779875^(G) – ausgegliedert aus o__JAHISW01 (Tagabakterien)
- Ordnung o__GWC2-36-17^(G) – abgetrennt von „Ca. Azambacterales“ [o__UBA10092]
- Ordnung o__JACPKW01^(G) – abgetrennt von „Giovannonibacterales“ [o__UBA11713]
- Ordnung o__JACROR01^(G) – abgetrennt von „Niyogibacterales“ [o__H02-45-28]
- Ordnung o__SURF-38^(G)
- Ordnung o__UBA6257^(G) [„Parcubacteria 3“]
- Ordnung o__UBA9936^(G) – abgetrennt von „Ca. Azambacterales“ [o__UBA10092]
- Ordnung o__UBA9983^(G)

Parcunitrobakterien

Klasse „Ca. Parcunitrobacteria“ Castelle et al. 2017^(L,N) [GWA2-38-13b-Gruppe] – früher Phylum „Ca. Parcunitrobacterota“ corrig. Castelle 'et al.' 2017^(L,N) – in der GTDB synonym mit Minisyncoccia
- Ordnung „Ca. Parcunitrobacterales“ Castelle et al. 2017 (L,N,G°) [o__GWA2-38-13b^(G)] – in der GTDB zur Klasse Minisyncoccia

Patescibakterien

Phylogenie der Patescibacteriia

„Kerfeldbacterales“ [o__SBBC01]

„Jacksonbacterales“ [o__UBA9629]

	„Komeilibacterales“ [o__UBA1558]

	„Kuenenbacterales“ [o__UBA2196]

„Veblenbacterales“

	„Magasanikbacterales“

	„Uhrbacterales“ [o__SG8-24]

„Buchananbacterales“

	„Falkowbacterales“ [o__BM507]

	„Moisslbacterales“ [o__UBA2591]

Klasse „Ca. Patescibacteriia“ Dutkiewicz et al. 2025^(L,G)[c__ABY1^(G°)]
- Klade (Ordnung?) „Ca. Brownbacteria“ – früher Phylum „Ca. Browniibacteriota“ corrig. Danczak et al 2017 [„Ca. Brownbacteria“ Danczak et al. 2017]^(L°) – abgetrennt von „Ca. Uhrbacterales“ [o__SG8-24^(G)]
- Ordnung „Ca. Buchananbacterales“^(G) – früher Phylum „Ca. Buchananiibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Buchananbacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Jacksonbacterales“^(G°) [o__UBA9629^(G)] – früheres Phylum „Ca. Jacksoniibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Jacksonbacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Kerfeldbacterales“^(G°) [o__SBBC01^(G)] – früheres Phylum „Ca. Kerfeldiibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Kerfeldbacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Komeilibacterales“^(G°) [o__UBA1558^(G)] – früheres Phylum „Ca. Komeiliibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Komeilibacteria“ Anantharaman et al. 2016, „Komelilbacteria“]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Kuenenbacterales“^(G°) [o__UBA2196^(G)] – früheres Phylum „Ca. Kueneniibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Kuenenbacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Magasanikbacterales“^(G) – früheres Phylum „Ca. Magasanikiibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Magasanikbacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Moisslbacterales“^(G°) [o__UBA2591^(G)] – früheres Phylum „Ca. Moissliibacteriota“ corrig. Probst et al. 2018 [ „Ca. Moisslbacteria“ Probst et al. 2018]^(L°)
- Ordnung „Ca. Patescibacteriales“ Dutkiewicz et al. 2025^(L,G)[„Falkowbacterales“^(G°), o__BM507^(G°)] – inkl. früheres Phylum „Ca. Falkowiibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Falkowbacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Uhrbacterales“^(G°) [o__SG8-24^(G)] – früheres Phylum „Ca. Uhriibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015 [„Ca. Uhrbacteria“ Brown et al. 2015]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Veblenbacterales“^(G) [RIF39-Gruppe] – früheres Phylum „Ca. Vebleniibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Veblenbacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung o__2-02-FULL-49-11^(G) – abgetrennt von „Ca. Uhrbacterales“ [o__SG8-24]
  - Familie f__2-02-FULL-49-11(G)
    - Gattung 2-02-FULL-49-11^(G) – mit 2-02-FULL-49-11 sp001791465^(G) [Ca. Uhrbacteria bacterium RIFCSPLOWO2_02_FULL_49_11^(N,G)
- Ordnung o__2-12-FULL-57-11^(G) – abgetrennt von „Ca. Uhrbacterales“ [o__SG8-24]
- Ordnung o__2-12-FULL-60-25^(G)< – abgetrennt von „Ca. Uhrbacterales“ [o__SG8-24]
- Ordnung o__CAIXNZ01^(G) – abgetrennt von „Ca. Falkowbacterales“ [o__BM507, „Ca. Patescibacteriales“]
  - Familie f__CAIXNZ01^(G)
    - Gattung CAIXNZ01^(G) – mit CAIXNZ01 sp903920975^(G) [Ca. Falkowbacteria bacterium isolate AlinenLipids_bin-6572^(N,G)] und CAIXNZ01 sp016927685^(G) [Ca. Falkowbacteria bacterium isolate Zod_Metabat.442^(N,G)]
    - Gattung DSBA01^(G) – mit DSBA01 sp011046145^(G) [Ca. Uhrbacteria bacterium isolate SpSt-1161^(N,G)] (verschoben)
  - Familie f__JADLGS0^(G)
    - Gattung JADLGS01^(G) – mit JADLGS01 sp020849205^(G) [Ca. Falkowbacteria bacterium isolate SJ45^(N,G)]
    - Gattung …^(G)
  - Familie f__JADLGS01^(G)
- Ordnung o__GWA2-43-13^(G) – abgetrennt von „Ca. Jacksonbacterales“ [o__UBA9629]
- Ordnung o__GWA2-46-9^(G) – abgetrennt von „Ca. Uhrbacterales“ [o__SG8-24]
- Ordnung o__GWA2-47-26^(G) – abgetrennt von „Ca. Uhrbacterales“ [o__SG8-24]
- Ordnung o__H02-48-17^(G) – abgetrennt von „Ca. Kerfeldbacterales“ [o__SBBC01]
- Ordnung o__HK-STAS-PATE-3^(G) – abgetrennt von „Ca. Phycocordibacterales“ [o__UBA9973]
- Ordnung o__JAACEG01^(G) – abgetrennt von „Ca. Falkowbacterales“ [o__BM507, „Ca. Patescibacteriales“]
- Ordnung o__JACPHY01^(G) – abgetrennt von „Ca. Uhrbacterales“ [o__SG8-24]
- Ordnung o__JACRJV01^(G) – abgetrennt von „Ca. Uhrbacterales“ [o__SG8-24]
- Ordnung o__JACQRZ01^(G) – abgetrennt von „Ca. Uhrbacterales“ [o__SG8-24]
- Ordnung o__JACQSD01^(G) – abgetrennt von „Ca. Uhrbacterales“ [o__SG8-24]
- Ordnung o__JACRDY01^(G) – abgetrennt von „Ca. Falkowbacterales“ [o__BM507, „Ca. Patescibacteriales“]
- Ordnung o__PEXW01^(G) – abgetrennt von „Ca. Kerfeldbacterales“ [o__SBBC01]
  - Familia f__PEXW01^(G)
- Ordnung o__UBA11705^(G) – abgetrennt von „Ca. Falkowbacterales“ [o__BM507, „Ca. Patescibacteriales“]
- Ordnung o__UBA2169^(G) – abgetrennt von „Ca. Komeilibacterales“ [o__UBA1558]
- Ordnung o__UBA2591^(G) – abgetrennt von „Ca. Kuenenbacterales“ [o__UBA2196]
- Ordnung o__UBA9570^(G) – abgetrennt von „Ca. Kerfeldbacterales“ [o__SBBC01]
- Ordnung o__UBA9934^(G) – abgetrennt von „Ca. Uhrbacterales“ [o__SG8-24]
- Ordnung o__UM-FILTER-42-10^(G) – abgetrennt von „Ca. Kerfeldbacterales“ [o__SBBC01]
- Ordnung o__XYB2-FULL-38-15^(G) – abgetrennt von „Ca. Falkowbacterales“ [o__BM507, „Ca. Patescibacteriales“]
- Ordnung …^(G)

Peribakterien

Klasse „Ca. Peribacteria“ Anantharaman et al. 2016^(L,G) [Gracilibacteria^(G)]
- Ordnung „Ca. Abawacabacteriales“^(G°) [o__RBG-16-42-10^(G)] – früher „Ca. Abawacaibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016 [„Ca. Abawacabacteria“ Anantharaman et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Fallacibacteriales“^(G°) [o__UBA4473^(G)] – früher „Ca. Fallacibacteriota“ corrig. Dudek et al. 2017 [„Ca. Fertabacteria“ Dudek et al. 2017]^(L°,N)
- Ordnung „Ca. Peregrinibacterales“^(G°) [o__UBA1369^(G)] – früher Phylum „Ca. Peregrinibacteriota“ corrig. Wrighton et al. 2012 2012^(L°) bzw. corrig. Brown et al. 2015^(N) [„Ca. Peregrinibacteria“ Wrighton et al. 2012^(L°) bzw. Brown et al. 2015^(N)]
- Ordnung „Ca. Peribacterales“ Anantharaman et al. 2016^(L,G)
- Ordnung o__1-14-2-50-48-13^(G)
- Ordnung o__CAIRYL01^(G)
- Ordnung o__GCA-2401425^(G)
- Ordnung o__JAHISY01^(G)
- Ordnung o__UBA1369^(G)
- Ordnung o__UBA4473^(G)
- Ordnung o__UM-FlLTER-43-11^(G)
- Ordnung …^(G)

Saccharimonadia

Klasse „Ca. Saccharimonadia“ corrig. Lemos et al. 2019^(L,G)bzw. corrig. McLean et al. 2020^(N) „Ca. Saccharimonia“ Lemos et al. 2019^(L) bzw. McLean et al. 2020^(N) „Ca. Nanoperiodontomorbia“ corrig. McLean et al. 2020^(L) „Ca. Nanoperiomorbia“ McLean et al. 2020^(L) „Ca. Nanosyncoccia“ corrig. McLean et al. 2020^(L) „Ca. Nanosyncoccalia“ McLean et al. 2020^(L,N) – in der NCBI-Taxonomie sind „Ca. Nanosyncoccia“ und „Ca. Saccharimonadia“ nicht synonym
- Ordnung „Ca. Nanogingivalales“ corrig. McLean et al. 2020^(L,N) „Ca. Nanogingivales“ McLean et al. 2020^(L) „Ca. Nanosynbacterales“ McLean et al. 2020^(L,N) „Ca. Nanosyncoccales“ McLean et al. 2020^(L,N) „Ca. Saccharimonadales“ Chuvochina et al. 2023^(L,G)bzw. corrig. Lemos et al. 2019^(L) „Ca. Saccharimonales“ Lemos et al. 2019^(L) „Ca. Nanoperiomorbales“ McLean et al. 2020^(N)
- Ordnung o__CAILAD01^(G)
- Ordnung o__JAGOAT01^(G) – abgetrennt von „Ca. Phycocordibacterales“ [o__UBA9973]
- Ordnung o__QS-5-54-17^(G)
- Ordnung o__UBA4664^(G)

Torokbakterien

Klasse „Ca. Torokbacteria“ [c__GCA-2792135^(G)] – früher Phylum „Ca. Torokiibacteriota“ corrig. Probst et al. 2018 [„Ca. Torokbacteria“ Probst et al. 2018]^(L°,N)
- Ordnung o__GCA-2792135^(G)
  - Familie f__GCA-2792135^(G) – mit GCA-2792135 sp002792135^(G) [Bacterium (Ca. Torokbacteria) CG_4_10_14_0_2_um_filter_35_8^(N,G), Ca. Levybacteria bacterium CG_4_10_14_0_2_um_filter_35_8^(N)] – letzteres verschoben

Wirthbakterien

Klasse „Ca. Wirthbacteria“ [c__CG2-30-54-11^(G)] – früher Phylum „Ca. Wirthibacterota“ corrig. Hug et al. 2016 [„Ca. Wirthbacteria“ Hug et al. 2016]^(L°,N)
- Ordnung o__CG2-30-54-11^(G) – mit Typusgattung „Ca. Wirthibacter“
- Ordnung o__JBAXVQ01^(G)
- ohne Ordnungs-, Familien- und Gattungszuweisung
  Spezies Ca. Wirthbacteria bacterium isolate SpSt-1205^(N,G)

Splittergruppen

4484-211-Bakterien

Klasse c__4484-211^(G) – abgetrennt von „Katanobacteria“ [c__WWE3]
- Ordnung o_4484-211^(G)
  - Familie f__4484-211^(G)
    - Gattung 4484-211 – mit 4484-211 sp002084955^(G) [Candidate division CPR3 bacterium 4484_211^(N,G)] – verschoben
    - Gattung JAHJGY01 – mit JAHJGY01 sp018824115^(G) [Patescibacteria group bacterium isolate Modern_marine_glass_biofilm.mb.91^(N,G)]
    - Gattung …^(G)
- Ordnung o_GCA-002791395^(G)
  - Familie f__GCA-002791395^(G)
    - Gattung GCA-002791395 – mit GCA-002791395 sp002771355^(G) [Candidate division WWE3 bacterium CG22_combo_CG10-13_8_21_14_all_39_12^(N,G)]
    - Gattung JAAXWF01 – mit JAAXWF01 sp013335095^(G) [Candidate division WWE3 bacterium isolate W9_Combined_metabat1_117^(N,G)]
    - Gattung …^(G)
- Ordnung o_JAGQKX01^(G)
  - Familie f__JAGQKX01^(G)
    - Gattung JAGQKX01 – mit JAGQKX01 sp020429905^(G) [Candidate division WWE3 bacterium isolate HKST-UBA01^(N,G)]

CPR2_A-Bakterien

Klasse c__CPR2_A^(G) – abgetrennt von „Howlettbacteria“ [c__CPR2]
- Ordnung o__CG2-30-33-46^(G)
  - Familie f__CG2-30-33-46^(G)
    - Gattung CG2-30-33-46^(G) – mit CG2-30-33-46 sp002792735^(G) [Bacterium CG06_land_8_20_14_3_00_33_50^(N,G)]
    - Gattung JBBIQZ01^(G) – mit JBBIQZ01; s__JBBIQZ01 sp037442065^(G) [Bacterium isolate SIF170217_bin_338^(N,G)}

CPR3-Bakterien

Klasse c__CPR3^(G) – früher Candidate division CPR3
- Ordnung o__CPR3^(G)
  - Familie f__GCA-002780085^(G) – abgetrennt von Katanobacteria
    - Gattung GCA-002780085^(G) – mit GCA-002780085 sp002791435^(G) [Candidate division WWE3 bacterium CG_4_9_14_3_um_filter_43_9^(N,G)]
    - Gattung …^(G)
  - Familie f__GWF2-35-18^(G)
    - Gattung GWF2-35-18^(G) – mit GWF2-35-18 sp001771135^(G) [Candidate division CPR3 bacterium GWF2_35_18^(N,G)]

JABMPQ01-Bakterien

Klasse c__JABMPQ01^(G)
- Ordnung o__JABMPQ01^(G)
  - Familie f__JABMPQ01^(G)
    - Gattung JABMPQ01 – mit JABMPQ01 sp013202585^(G) [Parcubacteria group bacterium isolate bin.624^(N,G)]
    - Gattung JBGTBM01 – mit JBGTBM01 sp041749335^(G) [Patescibacteria group bacterium isolate JTS-AC97^(N,G)]
  - Familie …^(G)

JACMRA01-Bakterien

Klasse c__JACMRA01^(G) – abgetrennt von „Paceibacteraceae“ („Parcubacteria“)
- Ordnung o__JACMRA01^(G)
  - Familie f__JACMRA01^(G)
    - Gattung JACMRA01^(G) mit JACMRA01 sp014376695^(G) [Minisyncoccota bacterium isolate LF-bin-483^(N), Ca. Paceibacterota bacterium isolate LF-bin-483^(G)]
    - Gattung …^(G)

SICC01-Bakterien

Klasse c__SICC01^(G)
- Ordnung o__SICC01^(G)
  - Familie f__SICC01^(G)
    - Gattung JALYJZ01^(G)
    - Gattung SICC01^(G) mit SICC01 sp009694835^(G) [Patescibacteria group bacterium isolate Baikal-deep-G193^(N,G)]

SOKK01-Bakterien

Klasse c__SOKK01^(G)
- Ordnung o__SOKK01^(G)
  - Familie f__SOKK01^(G)
    - Gattung SOKK01^(G) mit SOKK01 sp004374725^(G) [Patescibacteria group bacterium isolate E44_bin74^(N,G)]

WS5-Bakterien

Klasse „WS5 bacteria“ – früheres Phylum Candidate division WS5^(N) [Candidate division Wurtsmith 5^(N)]
- ohne Ordnungs-, Familien- und Gattungszuweisung
  Spezies Uncultured bacterium ACE-42^(N)
  
  Spezies Uncultured eubacterium WCHB1-60^(N)
  
  Spezies Candidate division WS5 bacterium isolate SURF_29^(N,G)
  
  Spezies Uncultured candidate division WS5 bacterium clone DSR2W1u57^(N)
  
  Spezies Uncultured candidate division WS5 bacterium clone YL018^(N)

Ohne Klassenzuweisung

Klasse incertae sedis
- Ordnung „Ca. Amisiscales“ Pallen et al. 2022^(N)
  - Familie „Ca. Laneganaceae“ Pallen et al. 2022^(N)
- Guaymas bacterial group [Guaymas1]
  Spezies Uncultured bacterium a1b020^(N) [AF419675]
  
  Spezies Uncultured bacterium a2b002^(N) [AF419676]
  
  Spezies Uncultured bacterium a2b033^(N) [AF419677]

Verschiebungen

Verschiebungen (gemäß GTDB):

Ca. Elulimicrobium sp. isolate SulCav_GS09_5_2_46_18 ⇒ Fredricksoniimonadaceae in der Ordnung Zapsychrales, Klasse „Koll11“, Phylum „Ca. Omnitrophota“ corrig. Rinke et al. 2013^(L) bzw. Williams et al. 2021^(N), Reich Pseudomonadati
Ca. Nealsoniibacteriota bacterium isolate bin.20 ⇒ Thermoguttaceae in der Ordnung Pirellulales, Klasse Planctomycetia, Phylum Planctomycetota^(L,G), Reich Pseudomonadati^(L)

Ca. Falkowbacteria bacterium isolate AB_1215_Bin_116 ⇒ f__GCA-2688035 in der Ordnung Iainarchaeales^(L), Klasse Iainarchaeia^(L), Phylum Iainarchaeota^(L), Reich Nanobdellati^(L) der Archaeen
Ca. Dojkabacteria bacterium isolate AB_1215_Bin_135 ⇒ f__GW2011-AR1 in der Ordnung „Ca. Pacearchaeales“, Klasse Nanobdellia^(L,G), Phylum Nanobdellota^(L,G), Reich Nanobdellati^(L)

Fußnoten

L – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ),
L° – verwaister LPSN-Eintrag (Taxon ohne ausgewiesene innere und äußere Systematik, aber ggf. Synonyme),
N – Taxonomie des National Center for Biotechnology Information (NCBI),
G – Genome Taxonomy Database (GTDB),
G° – GTDB (veralteter) Release 09-RS220

Viren

Über Viren (Bakteriophagen) der Minisyncoccota (CPR-Bakterien) ist wenig bekannt. Die Identifizierung solcher Phagen ist aber wichtig für das Verständnis ihrer Evolution und der Einschränkungen, denen sie in ihrer natürlichen Umgebung ausgesetzt sind.

Mit Stand 2021 sind Absconditabacteria und Saccharimonadia [Saccharibacteria] die einzigen Minisyncoccota-Klassen (früher: CPR-Stämme), für die Phagen identifiziert wurden.

Saccharimonadia [Saccharibacteria]
- Wirt: Candidate division TM7 DolZOral124_TM7_55_12 [DolZOral124_Saccharibacteria_55_12_B]
- Virus: TM7 phage DolZOral124_53_65 [DolZOral124_Phage_53_65] (Klasse Caudoviricetes incertae sedis, Genom zirkulär dsDNA, Länge 38,841 bp, ~50 ORFs)

Absconditabacteria [Candidate phylum SR1, SR-1]
- Wirt: Candidate division SR1 bacterium taxon 345
- Virus: sg_16566 (7000000005_SRS022536_LANL_scaffold_61331)

Dazu kommen Einträge beim National Center for Biotechnology Information (NCBI) zu einer mutmaßlichen Beziehung zwischen einem Jumbo-Phagen und Vertretern der Gattung „Ca. Strigamonas“ (Klasse „Ca. Absconditabacteria“) – Näheres siehe § Weiterführende Literatur:

Wirt: „Ca. Strigamonas methylophilicida“ Bouderka et al. 2024
Virus: Patescibacteria phage anagtz-2024a [inkl. Strigamonas phage Smet_jumbo]

Anmerkungen

Markierung mit DAPI (blau), der ARC915-Sonde (markiert mit Fluorescein-Isothiocyanat alias FITC) für den Archaeenstamm DSM 864ᵀ (grün) und der 32-520-1066-Sonde (markiert mit Cy3) für Minisyncoccaceae (magenta). Die Pfeile zeigen je eine einzelne PMX.108ᵀ-Zelle an einer DSM 864ᵀ-Zelle (gelb, durchgezogen) bzw. verkettete PMX.108ᵀ-Zellen (grün, gestrichelt).
↑ Markierung mit DAPI (blau), der ARC915-Sonde (markiert mit Fluorescein-Isothiocyanat alias FITC) für den Archaeenstamm DSM 864ᵀ (grün) und der 32-520-1066-Sonde (markiert mit Cy3) für Minisyncoccaceae (magenta). Die Pfeile zeigen je eine einzelne PMX.108ᵀ-Zelle an einer DSM 864ᵀ-Zelle (gelb, durchgezogen) bzw. verkettete PMX.108ᵀ-Zellen (grün, gestrichelt).
↑ Parcubacteria-Gruppe
↑ Fluorescence In Situ Hybridization and Catalyzed Reporter Deposition (CARD-FISH)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 synonymisiert nach Rangstufe der Klade, nicht nach deren Umfang
↑ synonym wegen Ordnung „Ca. Peribacterales“ (GTDB: Klasse Gracilibacteria, LPSN: Klasse „Ca. Peribacteria“ Anantharaman et al. 2016
↑ OD1 = OP11 derived 1
↑ nach NCBI synonym zu Parcubacteria group innerhalb der Patescibacteria group, deren Mitglieder nach LPSN alle zum Phylum Minisyncoccota gehören – bis auf „Ca. Parcunitrobacter“ (s. u.)
↑ die GTDB listet die abgespaltenen Gattungen Microgenomatus_A und Microgenomatus_B in der Klasse Patescibacteriia, nicht in der von dieser verschiedenen Klasse Microgenomatia. Es gibt jedoch andere Stämme, die in der NCBI-Taxonomie der Gattung Microgenomatus und in der GTDB nach wie vor der Klasse Microgenomatia eingeordnet werden
↑ nach der GTDB gehören alle in der NCBI-Taxonomie als Andersenbacteria gekennzeichneten Stämme zu dieser Familie.
↑ nach der GTDB gehören gut die Hälfte der in der NCBI-Taxonomie als Dojkabacteria gekennzeichneten Stämme zu dieser Ordnung.
↑ mit Buchstabe O in O2
↑ Gleichsetzung wegen Stamm GW2011_GWA2_42_17
↑ Gleichsetzung wegen Stämmen OLB22 und OLB23
↑ Klade „Parcubacteria 3“
↑ Klade „Parcubacteria 2“
↑ Klade „Parcubacteria 4“
1 2 Klassen synonymisiert wg. „Ca. Elulimicrobiales“
↑ gesplittet, da die „Azambacteria“ Brown et al. 2015 offenbar polyphyletisch sind
↑ synonymisiert wg. Stämmen SulCav_GS09_5_3_41_19 und SulCav_PC08_66_47_31
↑ gesplittet, da die „Uhrbacteria“ Brown et al. 2015 offenbar polyphyletisch sind
↑ wegen Ordnung Peribacterales
↑ in der NCBI-Taxonomie sind „Ca. Nanoperiomorbales“, „Ca. Nanosynbacterales“, „Ca. Nanosynbacterales“, „Ca. Nanogingivalales“ und „Ca. Saccharimonadales“ nicht synonym
↑ meint Mitglied der Domäne Bacteria, nicht der Gattung Eubacterium
1 2 Name in der angegebenen Studie Pallen et al. (2022) nicht verifiziert
↑ Im Excel-Supplement als „caidate_division_SR1_bacterium_taxon_345“ bezeichnet

Weiterführende Literatur

Feriel Bouderka, Purificación López-García, Philippe Deschamps, Yifan Zhou, Mart Krupovic, Ana Gutiérrez-Preciado, Maria Ciobanu, Paola Bertolino, Gwendoline David, David Moreira, Ludwig Jardillier: Parasitic connections: a patescibacterial epibiont, its methylotrophic gammaproteobacterial host and their phages. Preprint auf: bioRχiv vom 25. Juli 2025; doi:10.1101/2024.03.08.584096 (englisch).

Einzelnachweise

1 2 3 4 5 6 7 Meri Nakajima, Ryosuke Nakai, Yuga Hirakata, Kengo Kubota, Hisashi Satoh, Masaru K. Nobu, Takashi Narihiro, Kyohei Kuroda: Minisyncoccus archaeiphilus gen. nov., sp. nov., a mesophilic, obligate parasitic bacterium and proposal of Minisyncoccaceae fam. nov., Minisyncoccales ord. nov., Minisyncoccia class. nov. and Minisyncoccota phyl. nov. formerly referred to as Candidatus Patescibacteria or candidate phyla radiation. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Band 75, Nr. 2, 10. Februar 2025; doi:10.1099/ijsem.0.006668, PMC 12281837 (freier Volltext), PMID 39928396 (englisch).
1 2 3 Birgit Luef, Kyle R. Frischkorn, Kelly C. Wrighton, Hoi-Ying N. Holman, Giovanni Birarda, Brian C. Thomas, Andrea Singh, Kenneth H. Williams, Cristina E. Siegerist, Susannah G. Tringe, Kenneth H. Downing, Luis R. Comolli, Jillian F. Banfield: Diverse uncultivated ultra-small bacterial cells in groundwater. In: Nature Communications, Band 6, Nr. 6372, 27. Februar 2015; doi:10.1038/ncomms7372, ResearchGate:272835328, PMID 25721682 (englisch).
1 2 3 4 5 LPSN: Phylum Minisyncoccota Nakajima et al. 2025.
1 2 3 Zuzanna Dutkiewicz, Caitlin M. Singleton, Mantas Sereika,.Juan C. Villada, Aaron J. Mussig, Maria Chuvochina, Mads Albertsen, Frederik Schulz, Tanja Woyke, Per H. Nielsen, Philip Hugenholtz, Christian Rinke: Proposal of Patescibacterium danicum gen. nov., sp. nov. in the ubiquitous bacterial phylum Patescibacteriota phyl. nov. In: ISME Communications, Band 5, Nr. 1, Januar 2025, S. ycae147; doi:10.1093/ismeco/ycae147, PMC 11809585 (freier Volltext), PMID 39931676, ResearchGate:385501012, ePub 19. November 2024 (englisch).
1 2 3 4 Laura A. Hug, Brett J. Baker, Karthik Anantharaman, Christopher T. Brown, Alexander J. Probst, Cindy J. Castelle, Cristina N. Butterfield, Alex W. Hernsdorf, Yuki Amano, Kotaro Ise, Yohey Suzuki, Natasha Dudek, David A. Relman, Kari M. Finstad, Ronald Amundson, Brian C. Thomas, Jillian F. Banfield: A new view of the tree of life. In: Nature Microbiology. 1. Jahrgang, Nr. 5, Mai 2016, S. 16048, doi:10.1038/nmicrobiol.2016.48, PMID 27572647 (englisch).
1 2 3 4 Cindy J. Castelle, Jillian F. Banfield: Major New Microbial Groups Expand Diversity and Alter our Understanding of the Tree of Life. In: Cell. 172. Jahrgang, Nr. 6, März 2018, S. 1181–1197, doi:10.1016/j.cell.2018.02.016, PMID 29522741 (englisch).
↑ Kyohei Kuroda, Kyosuke Yamamoto, Ryosuke Nakai, Yuga Hirakata, Kengo Kubota, Masaru K. Nobu, Takashi Narihiro: Symbiosis between Candidatus Patescibacteria and Archaea Discovered in Wastewater-Treating Bioreactors. In: ASM Journals: mBio, Band 13, Nr. 5, 31. August 2022; doi:10.1128/mbio.01711-22 (englisch).
↑ Kyohei Kuroda, Meri Nakajima, Ryosuke Nakai, Yuga Hirakata, Shuka Kagemasa, Kengo Kubota, Taro Q. P. Noguchi, Kyosuke Yamamoto, Hisashi Satoh, Masaru K. Nobu, Takashi Narihiro: Microscopic and metatranscriptomic analyses revealed unique cross-domain parasitism between phylum Candidatus Patescibacteria/candidate phyla radiation and methanogenic archaea in anaerobic ecosystems. In: mBio, Band 15, Nr. 3, 7. Februar 2024, S. e03102-23 [S. e0310223]; doi:10.1128/mbio.03102-23, PMC 10936435 (freier Volltext), PMID 38323857, Epub 13. März 2024 (englisch).
↑ Qiu Zhong, Binyou Liao, Jiazhen Liu, Wei Shen, Jing Wang, Leilei Wei, Yansong Ma, Pu-Ting Dong, Batbileg Bor, Jeffrey S. McLean, Yunjie Chang, Wenyuan Shi, Lujia Cen, Miaomiao Wu, Jun Liu, Yan Li, Xuesong He, Shuai: Episymbiotic Saccharibacteria TM7x modulates the susceptibility of its host bacteria to phage infection and promotes their coexistence. In: PNAS, Band 121, Nr. 16, 9. April 2024, S. e2319790121; doi:10.1073/pnas.2319790121, PMC 11032452 (freier Volltext), PMID 38593079 (englisch).
↑ Jing Tian, Daniel R. Utter, Lujia Cen, Pu-Ting Dong, Wenyuan Shi, Batbileg Bor, Man Qin, Jeffrey S. McLean, Xuesong He: Acquisition of the arginine deiminase system benefits epiparasitic Saccharibacteria and their host bacteria in a mammalian niche environment. In: PNAS, Band 119, Nr. 2, 11. Januar 2022, S. e2114909119; doi:10.1073/pnas.2114909119, PMC 8764695 (freier Volltext), PMID 34992141 (englisch).
↑ Pooja Srinivas, S. Brook Peterson, Larry A. Gallagher, Yaxi Wang, Joseph D. Mougous: Beyond genomics in Patescibacteria: A trove of unexplored biology packed into ultrasmall bacteria. In: PNAS, Band 121, Nr. 51, 12. Dezember 2024, S. e2419369121; doi:10.1073/pnas.2419369121, PMC 11665869 (freier Volltext), PMID 39665754 (englisch).
1 2 Marlene Belfort, Mary E. Reaban, Timothy Coetzee, Jacob Z. Dalgaard: Prokaryotic introns and inteins: a panoply of form and function. In: Journal of Bacteriology. 177. Jahrgang, Nr. 14, Juli 1995, ResearchGate:15591201, S. 3897–3903, doi:10.1128/jb.177.14.3897-3903.1995, PMID 7608058, PMC 177115 (freier Volltext) – (englisch). PDF.
1 2 3 4 5 Robert E. Danczak, Michael D. Johnston, Michael Slattery, Kelly C. Wrighton, Michael J. Wilkins: Members of the candidate phyla radiation are functionally differentiated by carbon- and nitrogen-cycling capabilities. In: Microbiome. 5. Jahrgang, Nr. 1, September 2017, ResearchGate:319450132, S. 112, doi:10.1186/s40168-017-0331-1, PMID 28865481, PMC 5581439 (freier Volltext), bibcode:2017AGUFM.B14D..08D (englisch). . Siehe insbes. Additional file 1 (xlsx).
1 2 Donovan Parks, Maria Chuvochina, David Waite, Christian Rinke, Adam Skarshewski, Pierre-Alain Chaumeil, Philip Hugenholtz: A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life. In: Nature Biotechnology. 36. Jahrgang, Nr. 10, 27. August 2018, S. 996–1004, doi:10.1038/nbt.4229, PMID 30148503 (englisch).
↑ Donovan H. Parks, Christian Rinke, Maria Chuvochina, Pierre-Alain Chaumeil, Ben J. Woodcroft, Paul N. Evans, Philip Hugenholtz, Gene W. Tyson: Recovery of nearly 8,000 metagenome-assembled genomes substantially expands the tree of life. In: Nature Microbiology. 2. Jahrgang, Nr. 11, November 2017, S. 1533–1542, doi:10.1038/s41564-017-0012-7 (englisch).
1 2 3 4 5 Christopher T. Brown, Laura A. Hug, Brian C. Thomas, Itai Sharon, Cindy J. Castelle, Andrea Singh, Michael J. Wilkins, Kelly C. Wrighton, Kenneth H. Williams, Jillian F. Banfield: Unusual biology across a group comprising more than 15 % of domain Bacteria. In: Nature. 523. Jahrgang, Nr. 7559, Juli 2015, eScholarship:9ks7v8nv, S. 208–211, doi:10.1038/nature14486, PMID 26083755, bibcode:2015Natur.523..208B (englisch).
1 2 Vitaly V. Kadnikov, Andrey V. Mardanov, Alexey V. Beletsky, Olga V. Karnachuk, Nikolai V. Ravin: Complete Genome of a Member of a New Bacterial Lineage in the Microgenomates Group Reveals an Unusual Nucleotide Composition Disparity Between Two Strands of DNA and Limited Metabolic Potential. In: MDPI: Microorganisms, Special Issue Microbial Evolution of Extremophiles, Band 8, Nr. 3, 25. Februar 2020, S. 320; doi:10.3390/microorganisms8030320, PMC 7143001 (freier Volltext), PMID 32106565 (englisch).
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↑ Luis R. Comolli, Brett J. Baker, Kenneth H. Downing, Cristina E. Siegerist, Jillian F. Banfield: Three-dimensional analysis of the structure and ecology of a novel, ultra-small archaeon. Microbial Population and Community Ecology. In: Nature: ISME Journal, Band 3, 2009, S. 159–167; doi:10.1038/ismej.2008.99, Epub 23. Oktober 2008 (englisch).
↑ Jie Liu, Renxin Zhao, Jiayu Zhang, Guijuan Zhang, Ke Yu, Xiaoyan Li, Bing Li: Occurrence and Fate of Ultramicrobacteria in a Full-Scale Drinking Water Treatment Plant. In: Frontiers in Microbiology, Band 9, Nr. 2922, 5. Dezember 2018; doi:10.3389/fmicb.2018.02922 (englisch).
1 2 Raphaël Méheust, David Burstein, Cindy J. Castelle, Jillian F. Banfield: The distinction of CPR bacteria from other bacteria based on protein family content. In: Nature Communications. 10. Jahrgang, Nr. 1, 13. September 2019, S. 4173, doi:10.1038/s41467-019-12171-z, PMID 31519891, PMC 6744442 (freier Volltext), bibcode:2019NatCo..10.4173M (englisch).
↑ Lin-Xing Chen, Basem Al-Shayeb, Raphaël Méheust, Wen-Jun Li, Jennifer A. Doudna, Jillian F. Banfield: Candidate Phyla Radiation Roizmanbacteria From Hot Springs Have Novel and Unexpectedly Abundant CRISPR-Cas Systems. In: Frontiers in Microbiology, Band 10, 3. Mai 2019; doi:10.3389/fmicb.2019.00928, ResearchGate:328435497 (englisch).
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 Martina Herrmann, Carl-Eric Wegner, Martin Taubert, Patricia Geesink, Katharina Lehmann, Lijuan Yan, Robert Lehmann, Kai Uwe Totsche, Kirsten Küsel1: Predominance of Cand. Patescibacteria in Groundwater Is Caused by Their Preferential Mobilization From Soils and Flourishing Under Oligotrophic Conditions. In: Frontiers in Microbiology, Band 10, Nr. 1407, 20. Juni 2019; doi:10.3389/fmicb.2019.01407 (englisch).
↑ NCBI Taxonomy Browser: Thermodesulfobacteriota. Details: Thermodesulfobacteriota corrig. Garrity and Holt 2021 (phylum); homotypic synonym: „Thermodesulfobacteraeota“ Oren et al. 2015, „Thermodesulfobacteriota“ Whitman et al. 2018; heterotypic synonym: Desulfobacterota Waite et al. 2023. Graphisch: Damien M. de Vienne: Thermodesulfobacteriota, Lifemap, CNRS. Lifemap ist ein interaktives Tool zur Erkundung der NCBI-Taxonomie.
↑ Fredrik Bäckhed, Ruth Ley, Justin L Sonnenburg, Daniel A. Peterson: Host‐Bacterial Mutualism in the Human Intestine. In: Science, Band 307, Nr. 5717, April 2005, S. 1915–1920; doi:10.1126/science.1104816, PMID 15790844, ResearchGate:7944773 (englisch). Siehe insbes. Fig. 1, die Bakteriengattung B. ist Bacteroides.
1 2 Michael S. Rappé, Stephen J. Giovannoni: The Uncultured Microbial Majority. In: Annual Review of Microbiology. Band 57, 2003, ResearchGate:9065480, PDF (hawaii.edu), S. 369–394, doi:10.1146/annurev.micro.57.030502.090759, PMID 14527284 (englisch). Siehe insbes. Fig. 2 (S. 374).
1 2 Andreas Teske, Kai-Uwe Hinrichs, Virginia Edgcomb, Alvin de Vera Gomez, David Kysela, Sean P. Sylva, Mitchell L. Sogin, Holger W. Jannasch: Microbial Diversity of Hydrothermal Sediments in the Guaymas Basin: Evidence for Anaerobic Methanotrophic Communities. In: Applied and Environmental Microbiology, Band 68, 1. April 2002, S. 1994–2007; doi:10.1128/AEM.68.4.1994-2007.2002, PMC 123873 (freier Volltext), PMID 11916723 (englisch).
↑ Christian Rinke, Patrick Schwientek, Alexander Sczyrba, Natalia N. Ivanova, Iain J. Anderson, Jan-Fang Cheng, Aaron Darling, Stephanie Malfatti, Brandon K. Swan, Esther A. Gies, Jeremy A. Dodsworth, Brian P. Hedlund, George Tsiamis, Stefan M. Sievert, Wen-Tso Liu, Jonathan A. Eisen, Steven J. Hallam, Nikos C. Kyrpides, Ramunas Stepanauskas, Edward M. Rubin, Philip Hugenholtz, Tanja Woyke: Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter. In: Nature. 499. Jahrgang, Nr. 7459, 14. Juli 2013, hdl:10453/27467, S. 431–437, doi:10.1038/nature12352, PMID 23851394, bibcode:2013Natur.499..431R (englisch).
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↑
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↑ GTDB: GCA_013335095.1 JAAXWF01 sp013335095 syn. Candidate division WWE3 bacterium isolate W9_Combined_metabat1_117 (NCBI).
↑ GTDB: GCA_002771355.1 GCA-002791395 sp002771355.
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↑ GTDB: GCA_013202585.1 JABMPQ01 sp013202585.
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- Corrigendum, 12. Mai 2023: doi:10.1099/ijsem.0.005885.
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[1] Markierung mit DAPI (blau), der ARC915-Sonde (markiert mit Fluorescein-Isothiocyanat alias FITC) für den Archaeenstamm DSM 864ᵀ (grün) und der 32-520-1066-Sonde (markiert mit Cy3) für Minisyncoccaceae (magenta). Die Pfeile zeigen je eine einzelne PMX.108ᵀ-Zelle an einer DSM 864ᵀ-Zelle (gelb, durchgezogen) bzw. verkettete PMX.108ᵀ-Zellen (grün, gestrichelt).

[3] Markierung mit DAPI (blau), der ARC915-Sonde (markiert mit Fluorescein-Isothiocyanat alias FITC) für den Archaeenstamm DSM 864ᵀ (grün) und der 32-520-1066-Sonde (markiert mit Cy3) für Minisyncoccaceae (magenta). Die Pfeile zeigen je eine einzelne PMX.108ᵀ-Zelle an einer DSM 864ᵀ-Zelle (gelb, durchgezogen) bzw. verkettete PMX.108ᵀ-Zellen (grün, gestrichelt).

[32] Parcubacteria-Gruppe

[36] Fluorescence In Situ Hybridization and Catalyzed Reporter Deposition (CARD-FISH)

[nachRang-41] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 synonymisiert nach Rangstufe der Klade, nicht nach deren Umfang

[Peregrini-42] synonym wegen Ordnung „Ca. Peribacterales“ (GTDB: Klasse Gracilibacteria, LPSN: Klasse „Ca. Peribacteria“ Anantharaman et al. 2016

[44] OD1 = OP11 derived 1

[46] NCBI synonym zu Parcubacteria group innerhalb der Patescibacteria group, deren Mitglieder nach LPSN alle zum Phylum Minisyncoccota gehören – bis auf „Ca. Parcunitrobacter“ (s. u.)

[49] GTDB listet die abgespaltenen Gattungen Microgenomatus_A und Microgenomatus_B in der Klasse Patescibacteriia, nicht in der von dieser verschiedenen Klasse Microgenomatia. Es gibt jedoch andere Stämme, die in der NCBI-Taxonomie der Gattung Microgenomatus und in der GTDB nach wie vor der Klasse Microgenomatia eingeordnet werden

[52] r GTDB gehören alle in der NCBI-Taxonomie als Andersenbacteria gekennzeichneten Stämme zu dieser Familie.

[53] r GTDB gehören gut die Hälfte der in der NCBI-Taxonomie als Dojkabacteria gekennzeichneten Stämme zu dieser Ordnung.

[54] t Buchstabe O in O2

[57] Gleichsetzung wegen Stamm GW2011_GWA2_42_17

[58] Gleichsetzung wegen Stämmen OLB22 und OLB23

[60] Klade „Parcubacteria 3“

[61] Klade „Parcubacteria 2“

[62] Klade „Parcubacteria 4“

[c_Elul-63] 1 2 Klassen synonymisiert wg. „Ca. Elulimicrobiales“

[64] splittet, da die „Azambacteria“ Brown et al. 2015 offenbar polyphyletisch sind

[65] synonymisiert wg. Stämmen SulCav_GS09_5_3_41_19 und SulCav_PC08_66_47_31

[71] splittet, da die „Uhrbacteria“ Brown et al. 2015 offenbar polyphyletisch sind

[74] wegen Ordnung Peribacterales

[75] r NCBI-Taxonomie sind „Ca. Nanoperiomorbales“, „Ca. Nanosynbacterales“, „Ca. Nanosynbacterales“, „Ca. Nanogingivalales“ und „Ca. Saccharimonadales“ nicht synonym

[85] t Mitglied der Domäne Bacteria, nicht der Gattung Eubacterium

[Amisiscales-87] 1 2 Name in der angegebenen Studie Pallen et al. (2022) nicht verifiziert

[94] Im Excel-Supplement als „caidate_division_SR1_bacterium_taxon_345“ bezeichnet

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[Chen2019-24] Lin-Xing Chen, Basem Al-Shayeb, Raphaël Méheust, Wen-Jun Li, Jennifer A. Doudna, Jillian F. Banfield: Candidate Phyla Radiation Roizmanbacteria From Hot Springs Have Novel and Unexpectedly Abundant CRISPR-Cas Systems. In: Frontiers in Microbiology, Band 10, 3. Mai 2019; doi:10.3389/fmicb.2019.00928, ResearchGate:328435497 (englisch).

[Herrmann2019-25] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 Martina Herrmann, Carl-Eric Wegner, Martin Taubert, Patricia Geesink, Katharina Lehmann, Lijuan Yan, Robert Lehmann, Kai Uwe Totsche, Kirsten Küsel1: Predominance of Cand. Patescibacteria in Groundwater Is Caused by Their Preferential Mobilization From Soils and Flourishing Under Oligotrophic Conditions. In: Frontiers in Microbiology, Band 10, Nr. 1407, 20. Juni 2019; doi:10.3389/fmicb.2019.01407 (englisch).

[NCBI-TSB-26] NCBI Taxonomy Browser: Thermodesulfobacteriota. Details: Thermodesulfobacteriota corrig. Garrity and Holt 2021 (phylum); homotypic synonym: „Thermodesulfobacteraeota“ Oren et al. 2015, „Thermodesulfobacteriota“ Whitman et al. 2018; heterotypic synonym: Desulfobacterota Waite et al. 2023. Graphisch: Damien M. de Vienne: Thermodesulfobacteriota, Lifemap, CNRS. Lifemap ist ein interaktives Tool zur Erkundung der NCBI-Taxonomie.

[Bäckhed2005-27] Fredrik Bäckhed, Ruth Ley, Justin L Sonnenburg, Daniel A. Peterson: Host‐Bacterial Mutualism in the Human Intestine. In: Science, Band 307, Nr. 5717, April 2005, S. 1915–1920; doi:10.1126/science.1104816, PMID 15790844, ResearchGate:7944773 (englisch). Siehe insbes. Fig. 1, die Bakteriengattung B. ist Bacteroides.

[Rappe2003-28] 1 2 Michael S. Rappé, Stephen J. Giovannoni: The Uncultured Microbial Majority. In: Annual Review of Microbiology. Band 57, 2003, ResearchGate:9065480, PDF (hawaii.edu), S. 369–394, doi:10.1146/annurev.micro.57.030502.090759, PMID 14527284 (englisch). Siehe insbes. Fig. 2 (S. 374).

[Teske2002-29] 1 2 Andreas Teske, Kai-Uwe Hinrichs, Virginia Edgcomb, Alvin de Vera Gomez, David Kysela, Sean P. Sylva, Mitchell L. Sogin, Holger W. Jannasch: Microbial Diversity of Hydrothermal Sediments in the Guaymas Basin: Evidence for Anaerobic Methanotrophic Communities. In: Applied and Environmental Microbiology, Band 68, 1. April 2002, S. 1994–2007; doi:10.1128/AEM.68.4.1994-2007.2002, PMC 123873 (freier Volltext), PMID 11916723 (englisch).

[Rinke2013-30] Christian Rinke, Patrick Schwientek, Alexander Sczyrba, Natalia N. Ivanova, Iain J. Anderson, Jan-Fang Cheng, Aaron Darling, Stephanie Malfatti, Brandon K. Swan, Esther A. Gies, Jeremy A. Dodsworth, Brian P. Hedlund, George Tsiamis, Stefan M. Sievert, Wen-Tso Liu, Jonathan A. Eisen, Steven J. Hallam, Nikos C. Kyrpides, Ramunas Stepanauskas, Edward M. Rubin, Philip Hugenholtz, Tanja Woyke: Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter. In: Nature. 499. Jahrgang, Nr. 7459, 14. Juli 2013, hdl:10453/27467, S. 431–437, doi:10.1038/nature12352, PMID 23851394, bibcode:2013Natur.499..431R (englisch).

[ACD58-31] Search: „ACD58“ (inexact). Auf: ggKbase (berkeley.edu).

[Coleman2021-33] Gareth A. Coleman, Adrián A. Davín, Tara A. Mahendrarajah, Lénárd L. Szánthó, Anja Spang, Philip Hugenholtz, Gergely J. Szöllősi, Tom A. Williams: A rooted phylogeny resolves early bacterial evolution. In: Science. 372. Jahrgang, Nr. 6542, 7. Mai 2021, doi:10.1126/science.abe0511, PMID 33958449 (englisch).

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[Taib2020-35] Najwa Taib, Daniela Megrian, Jerzy Witwinowski, Panagiotis Adam, Daniel Poppleton, Guillaume Borrel, Christophe Beloin, Simonetta Gribaldo: Genome-wide analysis of the Firmicutes illuminates the diderm/monoderm transition. In: Nature Ecology and Evolution. 4. Jahrgang, 19. Oktober 2020, S. 1661–1672, doi:10.1038/s41559-020-01299-7, PMID 33077930 (englisch).

[Anantharaman2016-10-37] 1 2 3 Karthik Anantharaman, Christopher T. Brown, Laura A. Hug, Itai Sharon, Cindy J. Castelle, Alexander J. Probst, Brian C. Thomas, Andrea Singh, Michael J. Wilkins, Ulas Karaoz, Eoin L. Brodie, Kenneth H. Williams, Susan S. Hubbard, Jillian F. Banfield: Thousands of microbial genomes shed light on interconnected biogeochemical processes in an aquifer system. In: Nature Communications, Band 7, Nr. 13219, 24. Oktober 2016; doi:10.1038/ncomms13219, PMC 5079060 (freier Volltext), PMID 27774985 (englisch).

[GTDB-38] 1 2 GTDB: Patescibacteriota (Phylum).

[LPSN_home-39] 1 2 LPSN: Search taxonomy.

[GTDB_09-RS220-40] 1 2 3 4 Genome Taxonomy Database (GTDB) Release 09-RS220
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[mwEyc] About. In: GTDB. Abgerufen am 19. Mai 2024 (englisch).

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[mwE0A] Taxon History. In: GTDB. Abgerufen am 19. Mai 2024 (englisch).

[Beam2020-43] 1 2 Jacob P. Beam, Eric D. Becraft, Julia M. Brown, Frederik Schulz, Jessica K. Jarett, Oliver Bezuidt, Nicole J. Poulton, Kayla Clark, Peter F. Dunfield, Nikolai V. Ravin, John R. Spear, Brian P. Hedlund, Konstantinos A. Kormas, Stefan M. Sievert, Mostafa S. Elshahed, Hazel A. Barton, Matthew B. Stott, Jonathan A. Eisen, Duane P. Moser, Tullis C. Onstott, Tanja Woyke, Ramunas Stepanauskas: Ancestral Absence of Electron Transport Chains in Patescibacteria and DPANN. In: Frontiers in Microbiology. 11. Jahrgang, 17. August 2020, S. 1848, doi:10.3389/fmicb.2020.01848, PMID 33013724, PMC 7507113 (freier Volltext) – (englisch).

[Jaffe2020-45] 1 2 3 4 5 6 7 8 Alexander L. Jaffe, Cindy J. Castelle, Paula B. Matheus Carnevali, Simonetta Gribaldo, Jillian F. Banfield: The rise of diversity in metabolic platforms across the Candidate Phyla Radiation. In: BMC Biology. Band 18, Nr. 69, Juni 2020; doi:10.1186/s12915-020-00804-5 (englisch). iehe insbes. Fig. S2.

[GTDB_Microgenomatus_split-47] GTDB: „Organism Name“ CONTAINS „Microgenomatus“ AND „GTDB Taxonomy“ CONTAINS „g__Microgenomatus“.

[GTDB_Microgenomatus_ori-48] GTDB: „Organism Name“ CONTAINS „Microgenomatus“ AND „GTDB Taxonomy“ CONTAINS „c__Microgenomatia“.

[Yakimov2022-50] Michail M. Yakimov, Alexander Y. Merkel, Vasil A. Gaisin, Martin Pilhofer, Enzo Messina, John E. Hallsworth, Alexandra A. Klyukina, Ekaterina N. Tikhonova, Vladimir M. Gorlenko: Cultivation of a vampire: ‘Candidatus Absconditicoccus praedator’. In: Environmental Microbiology, Band 24, Nr. 1, Januar 2022, S. 30-49; doi:10.1111/1462-2920.15823, PMID 34750952, Epub 9. November 2021 (englisch).

[Campbell2013-51] James H. Campbell, Patrick O’Donoghue, Alisha G. Campbell, Patrick Schwientek, Alexander Sczyrba, Tanja Woyke, Dieter Söll, Mircea Podar: UGA is an additional glycine codon in uncultured SR1 bacteria from the human microbiota. In: PNAS, Band 110, Nr. 14, 18. März 2013, S. 5540–5545; doi:10.1073/pnas.130309011 (englisch).

[NCBI_CPR2-55] NCBI Taxonomy Browser: Candidate division CPR2, Details: Candidate division CPR2 (phylum).

[Guermazi2008-56] 1 2 Sonda Guermazi, Patrick Daegelen, Catherine Dauga, Delphine Rivière, Théodore Bouchez, Jean Jacques Godon, Gábor Gyapay, Abdelghani Sghir, Eric Pelletier, Jean Weissenbach, Denis Le Paslier: Discovery and characterization of a new bacterial candidate division by an anaerobic sludge digester metagenomic approach. In: Environmental Microbiology. 10. Jahrgang, Nr. 8, August 2008, ISSN 1462-2912, S. 2111–2123, doi:10.1111/j.1462-2920.2008.01632.x, PMID 18459975, PMC 2702496 (freier Volltext) – (englisch).

[NCBI_1817899-59] NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Woykeibacteriota; Details: „Candidatus Woykeibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016; homotypic synonym: „Candidatus Woykebacteria“ Anantharaman et al. 2016 (phylum).

[LPSN_Nitro-66] LPSN: Phylum „Candidatus Parcunitrobacteria“ Castelle et al. 2017; Phylum „Candidatus Parcunitrobacterota“ corrig. Castelle et al. 2017.

[Castelle2017-67] Cindy J. Castelle, Christopher T. Brown, Brian C. Thomas, Kenneth H. Williams, Jillian F. Banfield: Unusual respiratory capacity and nitrogen metabolism in a Parcubacterium (OD1) of the Candidate Phyla Radiation. In: Scientific Reports. Band 7, Nr. 40101, 9. Januar 2017; doi:10.1038/srep40101, PMC 5220378 (freier Volltext), PMID 28067254 (englisch).

[GTDB_GCA_002785295-68] GTDB: GCA_002785295.1 UBA1558 sp002785295 syn. Candidatus Komeilibacteria bacterium CG_4_10_14_0_8_um_filter_37_78 (NCBI).

[NCBI_1817908-69] NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Komeiliibacteriota, Details: „Candidatus Komeiliibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016; homotypic synonym: „Candidatus Komeilibacteria“ Anantharaman et al. 2016 (phylum).

[NCBI_1752731-70] NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Magasanikiibacteriota; Details: „Candidatus Magasanikiibacteriota“ corrig. Brown et al. 2015; homotypic synonym: „Candidatus Magasanikbacteria“ Brown et al. 2015 (phylum).

[GTDB_GCA_001818235-72] GTDB: GCA_001818235.1 UBA9629 sp001818235 syn. Candidatus Jacksonbacteria bacterium RIFOXYB2_FULL_44_15 (NCBI).

[NCBI_1817906-73] NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Jacksoniibacteriota, Details: „Candidatus Jacksoniibacteriota“ corrig. Anantharaman et al. 2016; homotypic synonym: „Candidatus Jacksonbacteria“ Anantharaman et al. 2016 (phylum).

[NCBI_Torokbacteria-76] NCBI Taxonomy Browser: Torokbacteria (Liste). Dazu:
bacterium (Candidatus Torokbacteria) CG_4_10_14_0_2_um_filter_35_8 (species).

bacterium (Candidatus Torokbacteria) CG09_land_8_20_14_0_10_42_11 (species).

[mwFDM] terium (Candidatus Torokbacteria) CG_4_10_14_0_2_um_filter_35_8 (species).

[mwFDU] terium (Candidatus Torokbacteria) CG09_land_8_20_14_0_10_42_11 (species).

[JGI_Torokbacteria-77] JGI: Candidate division Torokbacteria bacterium CG_4_10_14_0_2_um_filter_35_8, Integrated Micronial Genomes & Microbiomes.

[NCBI_Wirthbacteria-78] NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Wirthbacteria, Details: Candidatus Wirthbacteria (phylum); graphisch: Damien M. de Vienne: Candidatus Wirthbacteria, Lifemap, Universität Lyon. Lifemap ist ein interaktives Tool zur Erkundung der NCBI-Taxonomie.

[GTDB_GCA_013335095-79] GTDB: GCA_013335095.1 JAAXWF01 sp013335095 syn. Candidate division WWE3 bacterium isolate W9_Combined_metabat1_117 (NCBI).

[GTDB_GCA_002771355-80] GTDB: GCA_002771355.1 GCA-002791395 sp002771355.

[GTDB_GCA_002084955-81] GTDB: GCA_002084955.1 4484-211 sp002084955.

[NCBI_CPR3-82] NCBI Taxonomy Browser: Candidate division CPR3, Details: Candidate division CPR3 (phylum).

[GTDB_JABMPQ01-83] GTDB: GCA_013202585.1 JABMPQ01 sp013202585.

[GTDB_JACMRA01-84] GTDB: GCA_014376695.1 JACMRA01 sp014376695.

[Pallen2022-86] 1 2 Mark John Pallen, Nabil-Fareed Alikhan, Luis M. Rodríguez-R: Naming the unnamed: Over 65,000 Candidatus names for unnamed Archaea and Bacteria in the Genome Taxonomy Database. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Band 72, Nr. 9, 20. September 2022; doi:10.1099/ijsem.0.005482, PMID 36125864, ResearchGate:363695508 (englisch). Dazu:
Corrigendum, 12. Mai 2023: doi:10.1099/ijsem.0.005885.

Version 2.0.0, 27. April 2022; doi:10.5281/zenodo.6477137. Hier: Protologues built from named genera.

65 000 Mikroben erhalten neue Namen. Auf: VBiO. Quelle: Universität Innsbruck.

[mwFHc] Corrigendum, 12. Mai 2023: doi:10.1099/ijsem.0.005885.

[mwFHk] Version 2.0.0, 27. April 2022; doi:10.5281/zenodo.6477137. Hier: Protologues built from named genera.

[mwFH0] 65 000 Mikroben erhalten neue Namen. Auf: VBiO. Quelle: Universität Innsbruck.

[NCBI-88] NCBI Taxonomy Browser: Patescibacteria group, Details: Patescibacteria group (no rank); graphisch: Damien M. de Vienne: Patescibacteria group, Lifemap, Universität Lyon. Lifemap ist ein interaktives Tool zur Erkundung der NCBI-Taxonomie.

[Kadnikov2020-09-89] Vitaly V. Kadnikov, Andrey V. Mardanov, Alexey V. Beletsky, Olga V. Karnachuk, Nikolai V. Ravin: Microbial Life in the Deep Subsurface Aquifer Illuminated by Metagenomics. In: Frontiers in Microbiology, Sec. Extreme Microbiology, Band 11, 3. September 2020; doi:10.3389/fmicb.2020.572252 (englisch). Siehe insbes. Supplementary Table S1.

[Paez2016-90] 1 2 3 4 David Paez-Espino, Emiley A. Eloe-Fadrosh, Georgios A. Pavlopoulos, Alex D. Thomas, Marcel Huntemann, Natalia Mikhailova, Edward Rubin, Natalia N. Ivanova, Nikos C. Kyrpides: Uncovering Earth's virome. In: Nature, Band 536, Nr. 7617, 25. August 2016, S. 425–430; doi:10.1038/nature19094, PMID 27533034, Epub 17. August 2016 (englisch). Siehe insbes. Supplementary Data (xlsx, 21221 kb), Supplementary Information (PDF, 512 kb)

[Dudek2017-91] 1 2 3 Natasha K. Dudek, Christine L. Sun, David Burstein, Rose S. Kantor, Daniela S. Aliaga Goltsman, Elisabeth M. Bik, Brian C. Thomas, Jillian F. Banfield, David A. Relman: Novel Microbial Diversity and Functional Potential in the Marine Mammal Oral Microbiome. In: Current Biology, Band 27, Nr. 24, 18. Dezember 2017, S. 3752-3762.e6; doi:10.1016/j.cub.2017.10.040, PMID 29153320, Epub 16. November 2017 (englisch).

[Moreira2021-92] David Moreira, Yvan Zivanovic, Ana I. López-Archilla, Miguel Iniesto, Purificación López-García: Reductive evolution and unique predatory mode in the CPR bacterium Vampirococcus lugosii. In: Nature Communications, Band 12, Nr. 2454, 28. April 2021; doi:10.1038/s41467-021-22762-4 (englisch).

[93] NCBI Taxonomy Browser: TM7 phage DolZOral124_53_65. Nucleotide: TM7 phage DolZOral124_53_65, complete genome. Accession: MG269973.

[95] NCBI Taxonomy Browser: candidate division SR1 bacterium taxon 345.

[96] NCBI: SRS022536.

[97] NCBI Taxonomy Browser: Strigamonas (genus). „Candidatus Strigamonas methylophilicida“ Bouderka et al. 2024.

[98] NCBI Taxonomy Browser: Patescibacteria phage anagtz-2024a, includes: Strigamonas phage Smet_jumbo.