Palpitomonas bilix

Palpitomonas bilix
Rendszertani besorolás
Domén: Eukarióták (Eukaryota)
Csoport: Diaphoretickes
Csoport: Pancryptista
Törzs: Cryptista
Altörzs: Palpitia
Osztály: Palpitea
Rend: Palpitida
Család: Palpitomonadidae
Nemzetség: Palpitomonas
Faj: Palpitomonas bilix
Tudományos név
Palpitomonas bilix
Yabuki, Inagaki et Ishida 2010
Hivatkozások
A Wikimédia Commons tartalmaz Palpitomonas bilix témájú kategóriát.

A Palpitomonas bilix a Cryptista először 2010-ben leírt faja. A Cryptista többi tagjától (például Rollomonadia) korán elágazó bazális faj kloroplasztisz nélkül.

Történet

2010-ben fedezték fel A. Yabuki, Y. Inagaki és K. Ishida. Egykor a Cryptistát a Hacrobia csoportba sorolták, a Palpitomonast és a Rappemonada csoportot lehetséges átmeneti csoportoknak tekintették.

2012-ben Thomas Cavalier-Smith létrehozta a Palpitia altörzset, ennek egyetlen osztálya a Palpitea, egyetlen rendje a Palpitida, egyetlen családja a Palpitomonadidae, egyetlen nemzetsége a Palpitomonas lett. Ezt Yabuki et al. 2014-es tanulmánya is alátámasztotta, ahol 157, összesen 41 372 aminosavhelyet tartalmazó gént vizsgáltak.

2016-ban kiderült, hogy a Hacrobia nem monofiletikus, mivel a Haptista és a Cryptista filogenetikailag távol vannak.

2017-ben egy mikrobaszőnyeg 2 felső rétegében (LLA9-A-1, LLA9-B-1) is megtalálták. Ez alapján információ szerezhető a korai fotoszintetikus eukarióták evolúciójáról is.

Morfológia

Mitokondriális cristái laposak, ez feltehetően a Cryptistában ősi jelleg. 2 mintegy 20 μm-es ostora van, az egyiken kétrészes masztigonémákkal. A Cryptista többi tagjával szemben nem rendelkezik ejektoszómákkal. Sejtteste 3 μm széles, 8 μm hosszú. Lassan, körkörösen mozog, sejtplazmájában vakuólumok vannak. Elülső ostora élénken mozog, a hátulsó követi. Egyik ostorával a szubsztrátra rögzülhet.

Életmód

Szabadon élő heterotróf bakterivor és algivor, ezen életmód fejlődéséről két feltételezést írt le Yabuki et al.: az egyik szerint a Cryptista őse mixotróf volt, és a P. bilix, a Katablepharidaceae és a Goniomonada egymástól függetlenül vesztették el fotoszintetikus képességüket, míg a másik szerint az ős heterotróf volt, a Cryptophyta fotoszintetikus képessége apomorf jellemző.

A megevett zöldmoszatok klorofilljait nem alakítja nem fényérzékeny 132,173-ciklofeoforbid-enolokká (CPE), azonban már a fagoszómában megszűnik a pigmentáció.

Élőhely

Tengerekben él többek közt mikrobaszőnyegeken. Az LLA9-A-1 és LLA9-B-1 rétegekben nagy mennyiségben él a chilei Llamara közelében.

Genomika

2016-ban szekvenált 76 kbp-os lineáris mitokondriális genomja szerkezete levezetett: 16 kbp-os középső része egyszer szerepel, 60 kbp ellentétes irányú azonos 30 kbp-os régiókban van. 6 gén, a ccmA, a ccmB, a ccmC, a ccmF, az rpl10 és az rpl2, vagyis a citokróm c-maturáz A, B, C és F alegysége mellett a 60S riboszóma L10 és L2 60S riboszóma-fehérjéi kivételével minden mitokondriális génje közös a Rhodomonas salina és a Hemiselmis andersenii mitokondriális genomjával.

Az ATP-szintáz legtöbb génjével rendelkezik.

A TatC mellett a TatA mitokondriális transzlokázzal is rendelkezik, ez csak kevés eukariótában található meg, például a Jakobida, az Ochrophytina és az Ancoracysta twista taxonokban.

A Rheb fehérjékben feltehetően a Cryptistában jelent meg a GTPázdomén N-terminusához kapcsolódó PX domén, mely specifikusan köt foszfatidilinozit-3-foszfátot.

A Microheliella marishoz hasonló szekvenciákkal is rendelkezik.

GULO génnel rendelkezik több más, nem fotoszintetikus élőlényhez hasonlóan.

Jelentőség

A Cam monofíliájának kimutatásában fontosnak bizonyultak a nem fotoszintetikus Cryptista-tagok, például a Palpitomonas bilix vagy a Katablepharidaceae.

Filogenetika

A Palpitomonas bilix helyzete a Cam kládban:

Cam
Pancryptista
Cryptista
Palpitia

Palpitomonas bilix



Cryptophyta



Microhelida

Microheliella maris




Archaeplastida



Jegyzetek

  1. 1 2 Yabuki A, Inagaki Y, Ishida K (2010. október). "Palpitomonas bilix gen. et sp. nov.: A novel deep-branching heterotroph possibly related to Archaeplastida or Hacrobia". Protist. 161 (4): 523–538. doi:10.1016/j.protis.2010.03.001. PMID 20418156.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  2. 1 2 3 4 Yabuki A, Kamikawa R, Ishikawa SA, Kolisko M, Kim E, Tanabe AS, Kume K, Ishida K, Inagaki Y (2014. április 10.). "Palpitomonas bilix represents a basal cryptist lineage: insight into the character evolution in Cryptista". Sci Rep. 4: 4641. doi:10.1038/srep04641. PMC 3982174. PMID 24717814.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  3. ↑ Burki F, Okamoto N, Pombert JF, Keeling PJ (2012. június 7.). "The evolutionary history of haptophytes and cryptophytes: phylogenomic evidence for separate origins". Proc Biol Sci. 279 (1736): 2246–2254. doi:10.1098/rspb.2011.2301. PMC 3321700. PMID 22298847.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  4. ↑ Cavalier-Smith; Chao; Lewis (2015). "Multiple origins of Heliozoa from flagellate ancestors: New cryptist subphylum Corbihelia, superclass Corbistoma, and monophyly of Haptista, Cryptista, Hacrobia and Chromista". Molecular Phylogenetics and Evolution. 93: 331–362. doi:10.1016/j.ympev.2015.07.004. PMID 26234272.
  5. 1 2 3 Yazaki E, Yabuki A, Imaizumi A, Kume K, Hashimoto T, Inagaki Y (2022. április 13.). "The closest lineage of Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris". Open Biol. 12 (4): 210376. doi:10.1098/rsob.210376. PMC 9006020. PMID 35414259.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link) CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  6. 1 2 3 4 Saghaï A, Gutiérrez-Preciado A, Deschamps P, Moreira D, Bertolino P, Ragon M, López-García P (2017. május 10.). "Unveiling microbial interactions in stratified mat communities from a warm saline shallow pond". Environ Microbiol. 19( (6): 2405–2421. doi:10.1111/1462-2920.13754. PMC 5554446. PMID 28489281.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  7. ↑ Ruggiero MA, Gordon DP, Orrell TM, Bailly N, Bourgoin T, Brusca RC, Cavalier-Smith T, Guiry MD, Kirk PM (2015). "Higher Level Classification of All Living Organisms". PLOS ONE. 10 (4): e0119248. Bibcode:2015PLoSO..1019248R. doi:10.1371/journal.pone.0119248. PMC 4418965. PMID 25923521.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  8. 1 2 3 Adl SM, Bass D, Lane CE, Lukeš J, Schoch CL, Smirnov A, Agatha S, Berney C, Brown MW, Burki F, Cárdenas P, Čepička I, Chistyakova L, Del Campo J, Dunthorn M, Edvardsen B, Eglit Y, Guillou L, Hampl V, Heiss AA, Hoppenrath M, James TY, Karnkowska A, Karpov S, Kim E, Kolisko M, Kudryavtsev A, Lahr DJG, Lara E, Le Gall L, Lynn DH, Mann DG, Massana R, Mitchell EAD, Morrow C, Park JS, Pawlowski JW, Powell MJ, Richter DJ, Rueckert S, Shadwick L, Shimano S, Spiegel FW, Torruella G, Youssef N, Zlatogursky V, Zhang Q (2019). "Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes". J Eukaryot Microbiol. 66 (1): 4–119. doi:10.1111/jeu.12691. PMC 6492006. PMID 30257078. {{cite journal}}: Unknown parameter |month= ignored (súgó)CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  9. 1 2 Kashiyama Y, Yokoyama A, Shiratori T, Hess S, Not F, Bachy C, Gutierrez-Rodriguez A, Kawahara J, Suzaki T, Nakazawa M, Ishikawa T, Maruyama M, Wang M, Chen M, Gong Y, Seto K, Kagami M, Hamamoto Y, Honda D, Umetani T, Shihongi A, Kayama M, Matsuda T, Taira J, Yabuki A, Tsuchiya M, Hirakawa Y, Kawaguchi A, Nomura M, Nakamura A, Namba N, Matsumoto M, Tanaka T, Yoshino T, Higuchi R, Yamamoto A, Maruyama T, Yamaguchi A, Uzuka A, Miyagishima S, Tanifuji G, Kawachi M, Kinoshita Y, Tamiaki H (2019. február 26.). "Taming chlorophylls by early eukaryotes underpinned algal interactions and the diversification of the eukaryotes on the oxygenated Earth". ISME J. 13 (8): 1899–1910. doi:10.1038/s41396-019-0377-0. PMC 6775998. PMID 30809012.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  10. 1 2 Nishimura Y, Tanifuji G, Kamikawa R, Yabuki A, Hashimoto T, Inagaki Y (2016. október 13.). "Mitochondrial Genome of Palpitomonas bilix: Derived Genome Structure and Ancestral System for Cytochrome c Maturation". Genome Biol Evol. 8 (10): 3090–3098. doi:10.1093/gbe/evw217. PMC 5174734. PMID 27604877.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  11. ↑ Kim JI, Yoon HS, Yi G, Shin W, Archibald JM (2018. április 20.). "Comparative mitochondrial genomics of cryptophyte algae: gene shuffling and dynamic mobile genetic elements". BMC Genomics. 19: 275. doi:10.1186/s12864-018-4626-9. PMC 5910586. PMID 29678149.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  12. ↑ Betrů M, Wideman J, Moore K, Alcock F, Palmer T, Doležal P (2018. november 22.). "Evolution of mitochondrial TAT translocases illustrates the loss of bacterial protein transport machines in mitochondria". BMC Biol. 16: 141. doi:10.1186/s12915-018-0607-3. PMC 6251230. PMID 30466434.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  13. ↑ Záhonová K, Petrželková R, Valach M, Yazaki E, Tikhonenkov DV, Butenko A, Janouškovec J, Hrdá Š, Klimeš V, Burger G, Inagaki Y, Keeling PJ, Hampl V, Flegontov P, Yurchenko V, Eliáš M (2018. március 27.). "Extensive molecular tinkering in the evolution of the membrane attachment mode of the Rheb GTPase". Sci Rep. 8: 5239. doi:10.1038/s41598-018-23575-0. PMC 5869587. PMID 29588502.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  14. ↑ Wheeler G, Ishikawa T, Pornsaksit V, Smirnoff N (2015. március 13.). "Evolution of alternative biosynthetic pathways for vitamin C following plastid acquisition in photosynthetic eukaryotes". eLife. 4: e06369. doi:10.7554/eLife.06369. PMC 4396506. PMID 25768426.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link) CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)