平成
1992年（平成4年）ごろに、ANIMEXレーベル内の特撮音楽（旧ブラジルレコード）とアニメソング一部作品の制作・発売元を株式会社フォルテ・ミュージックエンタテインメント（Forte Music Enterprise、FME）に分社化し、ディレクターが独立。しかし、1996年（平成8年）ごろに債務超過に陥り会社が清算されたため、コロムビアが同社の音源を買い上げるかたちで収束している。
リップルウッドによる買収
平成期に入ると、小室ブームの牽引により売上シェアが急激に拡大したエイベックスの様にミリオンセラーを誇るキラーアーティストの不在に加え、他社と比べて積極的ではなかったJ-POP部門で、THE YELLOW MONKEY（ → ファンハウスへの移籍を経てその後の再結成と同時に古巣のコロムビアに一旦回帰、2022年現在はワーナーミュージック・ジャパンに在籍中）・HOUND DOG（ → R and C）・観月ありさ（ → avex tune）ら、当時のオリコンチャートに入る複数の有力アーティストが1997年（平成9年）前後に所属事務所側の意向によって他社へ移籍すると、代わりの新人アーティスト発掘に出遅れたこと、演歌・歌謡曲部門では、2000年（平成12年）デビューの氷川きよしを除いてヒット曲に恵まれなかったこと等による売り上げ減少が続き次第に経営不振に陥った。
このため、経営再建のスキームとして2001年（平成13年）5月に日立製作所と主力取引銀行（第一勧銀・三和銀など）の意向により、経営権を企業再生ファンドであるリップルウッド（RH）の手に委ねた。
これと前後して、J-POP部門を1998年（平成10年）に分社化した株式会社ヒートウェーブ（HEAT WAVE）が2001年（平成13年）3月に債務超過に陥り、清算後にコロムビアに吸収されている。同年8月にはレコーディングスタジオを兼ねた赤坂4丁目の本社屋の不動産を売却し、六本木移転まで賃借する形式をとった。
そして同年10月1日に、先ず音響機器部門をデノンとして分社化（日本コロムビア完全子会社）。即座にリップルウッド中間持株会社の「ニューデノン」（98%・59億円出資）と日立（2%・1億円出資）に、デノン持株分を日本コロムビアが売却することで60億円を調達。さらに事業分割後の日本コロムビアは、同日に第三者割当増資によって65円の優先株を9230.8万株発行し、匿名組合出資ファンド「リップルウッドニッポンコロムビアパートナーズ」（リップルウッドが8割、第一興商と三菱商事が残りの1割ずつ出資）に対して83%、日立製作所に13%を割り当て、投資ファンドが筆頭株主（全体の41.66%出資）となる。この時点で日立製作所の持株比率が全体の2割強となり、外資主導の資本構成となる。なお、日立へ累積債務の引換として41億円相当の普通株が割り当てられた。
100億円規模の資金調達が実現した結果、財務状態は健全化。当時の株価が200円前後で推移したため、普通株に転換できればこの時点でリップルウッドに含み益が発生しているが、2002年（平成14年）7月にも、リップルウッドを主な引受先とする68億円分の普通株発行により資本を増強している。
リップルウッドは、2002年（平成14年）にデノンと日本マランツが株式移転（経営統合）によって設立したディーアンドエムホールディングスの株式保有を続け、2008年（平成20年）にベインキャピタルへ売却したことにより、126億円という莫大な譲渡益（キャピタルゲイン）を得ることになった。
経営改革の成果と業績の低迷
RHの方策により、アメリカのBMGエンタテインメントで会長職を歴任したストラウス・ゼルニックが代表取締役会長に内定し、ソニー・ミュージックのプロデューサー・BMGファンハウス（現：ソニー・ミュージックレーベルズ）副社長を歴任した元サディスティック・ミカ・バンドのメンバーであった松村克己（ジャック松村）と、ビーイングでプロデューサーをしていた中島正雄を取締役として招致した。RHへ経営権が移る2001年（平成13年）10月1日付けで松村が代表取締役CEOに就任する新体制が築かれた。
これよりJ-POP部門のアーティスト育成に本格的に乗り出すとされたが、2002年（平成14年）8月に松村は心不全により48歳で急逝し、CEOは中島に交代となった。そして2002年（平成14年）10月に55年間親しまれてきた「日本コロムビア」から、「コロムビアミュージックエンタテインメント」へ社名変更された。
まず社名変更後の同年10月末に一青窈のデビュー作として発売された『もらい泣き』が、ロングセールスとオリコンチャートトップ5へのランクインを記録した。それ以降も2003年（平成15年）の木村カエラのデビューや、氷川きよし等既存アーティスト作品の安定した売上に加え、演歌・アニメソング分野でのベスト盤の発売、虫プロダクションの旧作アニメや中部日本放送の昼ドラマキッズ・ウォーシリーズのDVDソフト化を次々と行うなどの施策によって売上は微増傾向となっていく。
なお、2005年（平成17年）までの間に、コロムビア音響工業、旧日本コロムビアのライブハウス事業と位置づけられていた株式会社エッグマン（Shibuya eggman運営） 、コロムビアデジタルメディアの3子会社を企業買収ファンドを営むパインリッジ株式会社へ売却した。売却後もコロムビア健康保険組合の事業主を構成しているため、旧日本コロムビアグループとして括られている。
経営再建途上の2007年（平成19年）以降、レコード会社業界全般で音楽配信のシェアが急速に拡大し、CDメディアの売上が縮小する状態に陥る。コロムビアもその影響を受けて売り上げが再び減少。これに伴い、制作部門を含めた数百人規模の社員希望退職者募集に加え、売上不振となっているアーティストとの所属契約を期間満了で更新させずに退かせるなど、大胆なリストラを行った。
2007年（平成19年）にはTDK子会社で映像ソフトを中心とした制作・販売を行う「TDKコア」を15億円で買収し、2008年（平成20年）にクリエイティヴ・コアへ社名変更した。映像ソフト分野については事業統合するも、飛躍的な事業拡大へは至っていない。
株価についても、2008年（平成20年）以来100円前後から徐々に下落した。特に世界金融危機によって株式市場全体で株安傾向が強まっていた2009年（平成21年）2月22日には年初来最安値の16円を記録した。その後は2009年3月期決算が悲観的ではなかったため40円台まで回復したものの、継続企業の前提が財務諸表に付記され、2009年（平成21年）9月以降は25円-30円台という低水準で推移するといった厳しい経営状態が続く。
企業年金への取り組み
2009年（平成21年）に日本航空の再建問題で挙がった確定給付型企業年金の積立金不足問題に関連して、2009年（平成21年）12月9日の日経新聞朝刊9面（企業欄）に、コロムビアの給付債務の不足金（約41億円）に自己資本（約8億円）を割ると不足額比率が489%となり、上場企業では最悪であることが掲載された。この時期に、OBに対して給付額の減額交渉を行い、大半の同意を得たことが同月11日付記事で掲載された。企業年金の給付額削減の妥結を見いだした事例として、2010年（平成22年）3月22日号の日経ビジネスにも特集記事として詳述されている。
フェイスによる買収
2010年（平成22年）1月、コンテンツ配信サービス企業のフェイスは、2001年（平成13年）10月以来筆頭株主で経営権を握っていた、RHJインターナショナルが組成した「リップルウッドニッポンコロムビアパートナーズ」から、コロムビアミュージックエンタテインメントの発行株式（合計31.39%）を取得すると発表。これにより、フェイスはコロムビアの筆頭株主となり、持分法適用会社として同社グループ入りとなった。
なおこの結果、CEOをはじめとする現職の取締役が全て退任し、フェイスグループから派遣された役員による新経営陣への刷新が、同年4月6日に行われた臨時株主総会および同年6月の定期株主総会で承認され、フェイス創業者の平澤創が取締役会長に、代表執行役社長兼COOに原康晴（前副社長、旧日本コロムビアで営業畑を歩んできた生え抜き）が就任。社外取締役と社外監査役はほぼフェイス側の役員が兼任する形となった。
一方、日立製作所は2009年（平成21年）9月と2010年（平成22年）2月以降、徐々に保有しているコロムビアの株式を売却していることがEDINETでの5%ルールによる大量保有報告書（変更報告）の提出によって明らかとなっている。
フェイスは2014年（平成26年）3月に株式公開買付けの結果、出資比率を50%超とし、コロムビアを子会社とした。
2017年（平成29年）8月、フェイスは株式交換によりコロムビアを機能（完全）子会社化し、2021年2月1日に本社をフェイスの東京オフィス内に移転した。
日本
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