Variant of Concern

Variant of concern (VOC - «bekymringsverdige varianter») er en kategori som benyttes i den innledende vurdering av nye varianter av et virus. Forut for dette stadium kan en ny variant bli kalt en variant of interest. Under eller etter en grundigere vurdering som variant of concern vil en variant typisk bli tilordnet en linje («Lineage») i nomenklatursystemet PANGOLIN og til kladene GISAID-- og Nextstrain- systemene.

Under covid-19-pandemien observerte man at viruset Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) muterte. Dette er helt vanlig for virus. Det viste seg at visse kombinasjoner av spesifikke punktmutasjoner var mer bekymringsverdige enn andre. Dette var i stor grad fordi mutasjonene kunne gjøre viruset mer smittsomt og virulent, og dessuten på grunn av en mulig utvikling av immunitetsomgående mutasjoner.

Kriterier av vekt i forhold til covid-19

En rekke nasjonale og helseorganisasjoner (som Centers for Disease Control and Prevention (CDC) i USA, Public Health England (PHE) og COVID-19 Genomics UK Consortium i Storbritannia, og Canadian COVID Genomics Network (CanCOGeN) i Canada, benyttet alle noen av de følgende kriterier ved vurdering av varianter:

Terminologi

Varianter som synes å oppfylle ett eller flere av disse kriterier kan bli kategorisert som variants of interest eller variants under investigation ('VUI') mens man søker verifikasjon og validering av slike observasjoner. Når de er blitt validert, kan variants of interest/VUI omkategoriseres til variants of concern av organisasjoner som monitorerer slikt, som for eksempel CDC.

Eksempler

Storbritannia

Som situasjonen var per 5. mars 2021, hadde Storbritannia åtte varianter på sin «watch list»; 4 med 'VOC'-status og 4 som 'VUI', der PHE hadde tiføyd det fjerde VUI etter at 16 personer hadde testet positiv for det i løpet av en periode fra og med 15. februar. Den siste varianten var VUI-202102/04 (Lineage B.1.1.318), og ble designert som en VUI den 24. februar. De andre VUI var P.2, VUI-202102/01 (A.23.1 med E484K), og B.1.525. Storbritannias VOCs var SARS-CoV-2 Alfa-varianten, SARS-CoV-2 Beta-varianten (også kalt Lineage B.1.351), SARS-CoV-2 Gamma-varianten, og VOC-202102/02 ('B.1.1.7 med E484K').

USA

I USA beskrev en artikkel i JAMA i februar 2021 tre 'variants of concern': B.1.1.7, B.1.351 (også kalt 501.V2 variant), og P.1, som ble funnet verdige tett observasjon («merit close monitoring»).

Referanser

  1. 1 2 «Variants: distribution of cases data». GOV.UK. 28. januar 2021. At "Differences between a Variant of Concern and Variant Under Investigation". Besøkt 19. februar 2021. «SARS-CoV-2 variants, if considered to have concerning epidemiological, immunological, or pathogenic properties, are raised for formal investigation. At this point they are designated Variant Under Investigation (VUI) with a year, month, and number. Following a risk assessment with the relevant expert committee, they may be designated Variant of Concern (VOC)»
  2. ↑ Rambaut, A.; Holmes, E.C.; O’Toole, Á.; m.fl. (2020). «A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology». Nature Microbiology. 5 (11): 1403–1407. PMID 32669681. doi:10.1038/s41564-020-0770-5.
  3. ↑ «clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature')». www.gisaid.org. 4. juli 2020. Besøkt 7. januar 2021.
  4. ↑ Bedford, Trevor; Hodcroft, Emma B; Neher, Richard A (6. januar 2021). «Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy». nextstrain.org/blog. Besøkt 19. januar 2021.
  5. 1 2 Griffiths, Emma; Tanner, Jennifer; Knox, Natalie; Hsiao, Will; Van Domselaar, Gary (15. januar 2021). «CanCOGeN Interim Recommendations for Naming, Identifying, and Reporting SARS-CoV-2 Variants of Concern» (PDF). CanCOGeN (nccid.ca). Besøkt 25. februar 2021.
  6. ↑ Contributor, IDSA (2. februar 2021). «COVID “Mega-variant” and eight criteria for a template to assess all variants». Science Speaks: Global ID News (på engelsk). Arkivert fra originalen 21. april 2021. Besøkt 20. februar 2021.
  7. ↑ CDC. «Emerging SARS-CoV-2 Variants» (på engelsk). Centers for Disease Control and Prevention. Besøkt 4. januar 2021. Mal:PD-notice
  8. ↑ Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern in EnglandTechnical briefing 6 13. februar 2021 (See section: Nomenclature of variants in the UK, P.3) assets.publishing.service.gov.uk, accessed 27. februar 2021
  9. ↑ Covid-19: Another new variant added to UK watch list Michelle Roberts, 4 March 2021 www.bbc.com, accessed 5. marsh 2021
  10. ↑ Variants of concern or under investigation: data up to 3. mars 2021 4. mars 2021 www.gov.uk, lest 5. mars 2021
  11. ↑ Latest update: New Variant Under Investigation designated in the UK 4. mars 2021 www.gov.uk, lest 5. mars 2021
  12. ↑ SARS-CoV-2 Variants of Concern in the United States—Challenges and Opportunities 17. februar 2021, jamanetwork.com, lest 5. mars 2021