Legfontosabb közúti elérési útvonala a 49-es főút, amely a nyugati határszéle közelében, a várostól alig 2 kilométerre ágazik ki a 41-es főútból az országhatár irányába, és végighalad a lakott területén. Az ország távolabbi részei felől a 41-es, majd a 49-es főúton érhető el a legegyszerűbben, míg Ópályival a 4116-os út kapcsolja össze.
Vasúton a Nyíregyháza–Vásárosnamény-vasútvonalon érhető el, amelynek két megállási pontja van itt, az egyik a szomszéd faluval közös. Vaja-Rohod vasútállomás a belterület északi részén helyezkedik el, nem messze a 49-es főút vasúti keresztezésétől, közúti elérését az abból kiágazó, rövidke 41311-es számú mellékút teszi lehetővé. Rákóczitanya megállóhely a névadó településrész déli széle közelében található, közúton csak a 41-es főút felől érhető el, a 41101-es számú mellékúton.
Neve személynévi eredetű, valószínűleg egykori tulajdonosáról kapta. Először 1272-ben említik IV. Béla király birtokadományozásakor, ekkor a név Woya és Waya alakokban fordult elő. 1312-ben már a Vay család birtokaként van említve a település. 1370 körül Vay Lászlóváradi püspök volt a tulajdonosa. A család címerét Vay Titusz kapta Zsigmond királytól hűségéért, vitézi tetteiért.
1412-ben Csernavodai István, a szomszédos Papos birtokosának jobbágyait a Vay család tagjai Vajára költöztették. 1418-ban Vajának már pallosjoga is volt.
A Vajai vár egykor terjedelmes erősség volt, a mostani épülettől kissé távolabb álló templom volt a várkápolna. A vár jelenleg fennálló épülete a réginek csupán a lakórészét képezte. A tatár invázió alatt itt húzták meg magukat a szabolcsi rendek is, és itt tárgyalták meg Rákóczival a szatmári békét.
A 16. században – házasság révén – az Ibrányiak, valamint a Jármy család is szerzett itt birtokrészt.
1578-ban Nagyvaja és Kustosvég mint két különálló falu van említve.
Az 1700-as évek végén 650 fő lakosa volt a településnek. A református gyülekezet tagjainak anyakönyvezése 1714-ben indult meg.
1711-ben itt, a vajai várban találkozott II. Rákóczi FerencPálffy János gróffal, a magyarországi császári csapatok főparancsnokával, néhány nappal azelőtt, hogy végleg elhagyta az országot. A vajai vár urát, kuruc Vay Ádámot is bujdosásai során érte a halál. Danzigban halt meg 1719-ben. 1906-ban, Rákóczi és bujdosótársainak újratemetésekor Vay Ádám hamvait is hazaszállították, s Vaján temették el. Síremléke a református templom előtti parkban áll.
A második világháború harcai közvetlenül érintették a települést, komoly emberi és anyagi veszteségeket okozva. 1944. október végén a visszavonuló német csapatok védelmi állást vettek fel a község házai előtt, és tüzérségi megfigyelőpontot létesítettek a helyi református templom tornyában. Emiatt Vaja három napon keresztül a harcoló felek közvetlen tűzvonalában feküdt, és heves tüzérségi támadás érte. A román hadsereg egységei végül 1944. [október 29-én vonultak be a településre. A harcok során a középkori eredetű református templom tornyát hat tüzérségi találat érte, amelynek következtében az épület, valamint a helyi iskolák, a lelkészi és a tanítói lakások is súlyosan megrongálódtak. A település életét évszázadokon át meghatározó főnemesi Vay család tagjai 1944 őszéig éltek a vajai várkastélyban, ám a front közeledtével elhagyták a birtokot. A gazdátlanul maradt kastélyépület a háborút követő években súlyos pusztulásnak indult, a berendezése széthordódott, az épületet végül az 1960-as években állították helyre. A világháború katonai áldozatainak, valamint a deportált és életét vesztett helyi zsidó lakosságnak a tiszteletére 1992-ben a templomkertben emlékművet avattak, amelyen a falu 47 áldozatának neve olvasható.
A Vay család az 1940-es évekig birtokosa maradt a településnek.
A településen 2020. szeptember 6-án időközi polgármester-választást kellett tartani, mert a kisvárost 1998-tól vezető Tisza Sándor 2020. május 2-án, 56 évesen váratlanul elhunyt. A választást a korábbi polgármester fia nyerte meg.
A kisváros polgármestere 2026. május29-dikén lemondott, családi okokra hivatkozva. A lemondás után a város vezetését az alpolgármester vette át. 2026 október 4.-én tartották meg az időközi polgármester-választást a településen, melyet a 6 jelölt közül függetlenként induló Tisza Andrásné nyerte meg.
2001-ben a település lakosságának 96%-a magyar, 4%-a cigány nemzetiségűnek vallotta magát.
2019-ben a település lakossága 3683 volt.
A 2011-es népszámlálás során a lakosok 91,4%-a magyarnak, 3% cigánynak, 0,2% románnak mondta magát (8,5% nem nyilatkozott; a kettős identitások miatt a végösszeg nagyobb lehet 100%-nál). A vallási megoszlás a következő volt: római katolikus 10,4%, református 65,7%, görögkatolikus 9,1%, felekezeten kívüli 1,9% (10,7% nem válaszolt).
2022-ben a lakosság 92,7%-a vallotta magát magyarnak, 2,2% cigánynak, 0,4% ukránnak, 0,1-0,1% németnek, bolgárnak és románnak, 0,9% egyéb, nem hazai nemzetiségűnek (7,3% nem nyilatkozott; a kettős identitások miatt a végösszeg nagyobb lehet 100%-nál). Vallásuk szerint 8,1% volt római katolikus, 52,1% református, 6,5% görög katolikus, 2,6% egyéb keresztény, 6,6% felekezeten kívüli (23,9% nem válaszolt).
A kastély II. emeleti nagytermének mennyezet-freskója – A Vay család 1896-ban, a honfoglalás ezeréves évfordulójának emlékére készíttette. Alkotója Lohr Ferenc festőművész volt, aki az 1396-os nikápolyi csata azon eseményét örökítette meg, amikor a Vay család egyik tagja, Vay Titusz, Zsigmond királyt kimenekíti a csatából.
A kastély parkjában található a szoborpark, ahol a kuruc kor és a Rákóczi-szabadságharc híres személyeinek mellszobrai láthatók:
vitéz Csengeri Imre (1888–1941) – az I. világháború hőse, a Vitézi Rend elsőként felavatott tagja. Életének jelentős részét Vaján töltötte, itt gazdálkodott, és itt is helyezték végső nyugalomra.
Molnár Mátyás (1923–1982) – A Vay Ádám Múzeum alapítója és vezetője
A kuruc emlékeket őrző városban alakult meg a Rákóczi Tárogató Egyesület, amely magára vállalta, hogy összefogja a hagyományos magyar hangszer, a tárogató hazai és külföldi megszólaltatóit. Az egyesület évente országos tárogatós találkozót, négyévente pedig világtalálkozót rendez. Az utóbbi eseményre, amelyet más-más településen rendeznek, számos európai országból és még a tengerentúlról is érkeznek művészek.
Keresztényi Nándor: A vajai negyedszázad. Krónika a II. Rákóczi Ferenc Termelőszövetkezetről; II. Rákóczi Tsz., Vaja, 1985
Asztalos János: Játékkert a vajai óvodában; Vay Ádám Múzeum Baráti Kör, Vaja, 1990
30 éves a Vay Ádám Múzeum; összeáll. Molnár Sándor; Vay Ádám Múzeum Baráti Kör, Vaja, 1994
Száz éves a vajai freskó. Tudományos ülésszak, Vaja 1996. április 19.; szerk. Molnár Sándor; Vay Ádám Múzeum Baráti Kör, Vaja, 1997 (A Vay Ádám Múzeum Baráti Kör kiadványai)
Vaja; szerk. Németh Péter; Száz Magyar Falu Könyvesháza Kht., Bp., 2001 (Száz magyar falu könyvesháza)
I. Komédiás Napok a vajai várkastélyban; Vay Ádám Múzeum Baráti Kör; Vay Ádám Múzeum Baráti Kör, Vaja, 2004
A vajai Vay-várkastély és múzeum; összeáll. Molnár Sándor; Vay Ádám Múzeum Baráti Kör, Vaja, 2004
II. Komédiás Napok a vajai várkastélyban. 2005. május 27-29.; Vay Ádám Múzeum Baráti Kör, Vaja, 2005
A vajai Vay-várkastély és múzeum; összeáll. Molnár Sándor; Szabolcs-Szatmár-Bereg Megyei Múzeumok Igazgatósága, Vaja, 2006
Városavató ünnepség. Vaja, 2009. szeptember 12.; összeáll. Molnár Sándor; Vay Ádám Múzeum Baráti Kör, Vaja, 2009
Molnár Mátyás, a múzeumalapító. Emlékülés Molnár Mátyás születésének 90. évfordulóján; szerk. Molnár Sándor; Vay Ádám Múzeum Baráti Kör, Vaja, 2014
Ötvenéves a Magyar Nemzeti Múzeum Vay Ádám Muzeális Gyűjteménye. Alapítva: Kuruc Vay Ádám Múzeum; összeáll. Molnár Sándor; Vay Ádám Múzeum Baráti Kör, Vaja, 2015
A historikus vár negyedszázadai; összeáll. Molnár Sándor; MNM Vay Ádám Muzeális Gyűjtemény, Vaja, 2019
Magyarország
é. sz. 47° 59′ 58″, k. h. 22° 10′ 16″47.999444°N 22.171111°EKoordináták: é. sz. 47° 59′ 58″, k. h. 22° 10′ 16″47.999444°N 22.171111°E
