Trama
Introduzione
Il narratore e personaggio che offre il suo punto di vista è un pastore di nome Norman McCay, amico di vecchia data di Wesley Dodds, il Sandman originale. Ora però Dodds è infermo e costretto a letto, e gli incubi che una volta aiutavano i suoi combattimenti ora sono diventati inquietanti visioni apocalittiche, che i medici e McCay attribuiscono alla senilità. Quando Dodds perde la vita, le visioni passano a McCay, il quale, già colpito da una crisi di fede, si convince di essere finalmente impazzito quando gli appare lo Spettro, ancora nel corpo di Jim Corrigan ma non più in contatto con la sua umanità; questi recluta Norman per testimoniare e aiutarlo a giudicare gli innocenti e i colpevoli, e in definitiva a dare un giudizio sull'imminente apocalisse superumana e umana.
I figli e i nipoti dei supereroi originali sono dei pazzi violenti che passano il loro tempo combattendo tra loro, scontrandosi a vicenda e portando distruzione nelle città senza curarsi dell'incolumità dei civili e degli innocenti. In uno di questi scontri il supereroe Magog, che anni prima aveva superato Superman in consenso da parte dell'opinione pubblica, provoca una esplosione nucleare nel mezzo del Kansas.
Prologo
La storia è ambientata circa una generazione dopo l'attuale universo DC. Dieci anni prima dell'inizio della storia, Joker massacra tutto lo staff del Daily Planet, uccidendo tra gli altri Jimmy Olsen, Perry White e Lois Lane. Arrivato al suo processo, viene ucciso dal nuovo supereroe chiamato Magog; questi, in un'istanza di annullamento della giuria, viene assolto per aver agito a sangue freddo. Già scoraggiato dalla morte di Lois Lane, Superman rimane inorridito nel vedere il pubblico apprezzare un assassino come eroe; abbandona così la sua vita come Superman e si ritira nella sua Fortezza della solitudine, dove trascorrerà i dieci anni successivi, senza realizzare la propria importanza come costante ispirazione/modello per altri eroi. Anche questi ultimi, vedendo la reazione positiva della stragrande maggioranza del pubblico alle azioni di Magog, abdicano al loro ruolo. Senza la bussola morale fornita da Superman e dalla sua generazione, rimane soltanto una piccola, se non inesistente, distinzione tra supereroi e supercriminali. I metaumani si battono apertamente per le strade senza motivo, incuranti dei danni da loro causati e senza preoccuparsi per la vita dei cittadini coinvolti.
Il ritorno di Superman
In seguito al già citato disastro avvenuto in Kansas, Wonder Woman persuade Superman a tornare in azione, e questi decide di far ritorno a Metropolis, riformare la Justice League e mettere a freno la nuova generazione di "nuovi eroi". Riesce a far tornare gli ex-eroi (inclusi Lanterna Verde, Flash, Hawkman e Dick Grayson, ora conosciuto come Red Robin, tra gli altri) e ne recluta di nuovi, come Avia (la figlia di Big Barda e Mister Miracle), ma Batman, uno dei più eminenti della vecchia guardia, rifiuta di unirsi alla crociata di Superman; credendo infatti che le idee del kriptoniano siano obsolete e che la sua interferenza possa solo ingigantire il problema, egli interpreta il suo piano come esempio della prevaricazione dei forti sui più deboli, cosa di cui lui non vuole far parte. Al contrario comincia ad organizzare un terzo gruppo di eroi, costituito in gran parte di eroi senza super poteri, quali Freccia Verde e Blue Beetle, così come eroi della seconda e terza generazione quali Jade (figlia di Alan Scott), e Zatara, figlio di Zatanna e nipote dell'originale Zatara.
Lex Luthor, ancora vivo e vegeto, ha organizzato il Fronte di Liberazione dell'Umanità, una quarta fazione che lavora per strappare il controllo del mondo dalla volontà dei superumani ed è principalmente formata dai supercriminali della Silver Age, inclusi i nemici di Batman, tra cui Catwoman, l'Enigmista (attuale compagno di Selina Kyle), Vandal Savage e il Re (leader della Banda della Scala Reale), così come cattivi di terza generazione, quale il successore di Ra's Al Ghul, Ibn al Xu'ffasch (figlio di Batman e Talia).
Patto
La Justice League di Superman raccoglie più prigionieri che convertiti, e la sua prigione (chiamata Gulag) viene riempita quasi del tutto appena dopo la fine della sua costruzione. Superman delega Capitan Comet in qualità di guardiano e lavora per persuadere i detenuti che i loro metodi sono sbagliati e pericolosi, ma i suoi discorsi vengono ignorati, e la tensione sale con cattivi quali 666, Kabuki Kommando e Von Bach rinchiusi insieme. Nel frattempo Superman, spinto da Wonder Woman, reagisce con crescente inflessibilità verso l'inappropriata condotta della comunità dei metaumani. Egli apprende anche che la posizione militare incalzante di Wonder Woman potrebbe essere influenzata dal suo recente esilio dall'isola Paradiso: secondo le Amazzoni, la sua missione di portare pace al mondo esterno è fallita.
Inizialmente, Batman e il suo gruppo di eroi sembrano entrare in complicità con il Fronte di Liberazione dell'Umanità come un unico gruppo unito contro La Justice League. Intanto Luthor rivela il suo piano, ovvero inasprire il conflitto tra la League e i detenuti del Gulag mettendo Capitan Marvel contro la Justice League, il Gulag e Superman. Il caos che ne conseguirà darà a Luthor la possibilità di conquistare il potere. Con l'aiuto di Martian Manhunter, Batman scopre che l'adulto Billy Batson, che diventa Capitan Marvel quando pronuncia la parola "Shazam!" ed è l'unico essere capace di tenere testa a Superman, è sotto il controllo dei supercriminali.
Quando i detenuti del Gulag si ribellano uccidendo Capitan Comet, le forze di Batman attaccano Luthor e i suoi alleati e li catturano. Batman tenta, ma invano, di controllare il lavaggio del cervello fatto a Billy Batson, che si trasforma in Capitan Marvel e vola in Kansas, distruggendo le mura del Gulag e provocando il caos.
Armageddon
Una volta al Gulag, Superman e Capitan Marvel si battono sotto gli occhi dello Spettro e di Norman McCay. Le forze di Batman si buttano nella mischia aiutando la Justice League nel tentativo di calmare la rivolta; Batman indossa un'armatura da battaglia che gli consente di volare ed entra in diretto conflitto con Wonder Woman, che aveva ucciso Von Bach in ritorsione all'omicidio di Capitan Comet.
Al peggiorare della condizione, il Segretario generale delle Nazioni Unite Wyrmwood autorizza l'utilizzo di tre testate nucleari impenetrabili da poteri metaumani. Anche se quest'azione distruggerà sia eroi che criminali, le Nazioni Unite capiscono che non c'è via di mezzo: se l'umanità deve sopravvivere, i metaumani devono essere annientati. Batman e Wonder Woman si battono nel mezzo della guerra fino ad arrivare in volo oltre le nuvole, dove vedono arrivare gli aerei stealth che trasportano le bombe nucleari; ne neutralizzano due, mentre il terzo li sorpassa e sgancia il suo carico.
Capitan Marvel continua a battersi con Superman scaricandogli contro il fulmine magico più e più volte, ma mentre sta per ripetere la parola magica "Shazam!", Superman lo agguanta prima che possa spostarsi e il fulmine colpisce entrambi, con Marvel che si ritrasforma in Billy Batson. Tenendo chiusa la bocca del ragazzo, Superman gli dice che deve fermare la bomba e che Billy deve fare una scelta importante: o battere Superman e permettere alle testate di eliminare i metaumani o lasciare che Superman fermi la bomba e permettere alla guerra dei metaumani di contaminare il mondo. Superman aggiunge che Batson è l'unico che può fare questa scelta in quanto è l'unico che vive in entrambi i mondi, quello umano (nei panni di Billy Batson) e quello metaumano (nei panni di Capitan Marvel). Quando Superman lo lascia e vola a fermare la bomba, Batson, ormai libero dall'influenza del lavaggio del cervello di Luthor, pronuncia la parola magica, si trasforma in Capitan Marvel, vola sorpassando Superman e prende possesso della bomba, trovando una terza opzione. Urla "Shazam!" tre volte in rapida successione, e il fulmine fa esplodere la bomba prematuramente, con l'esplosione risultante che uccide Batson.
Nonostante il sacrificio di Marvel, la maggior parte dei metaumani è rimasta coinvolta nell'esplosione, sebbene alcuni siano sopravvissuti sotto un campo di forza generato da Lanterna Verde e sua figlia Jade, e altri siano stati teletrasportati all'ultimo secondo dal Dottor Fate. Anche se fuori dal campo di forza, Superman è invece praticamente incolume, e infuriato per l'enorme perdita di vite superumane, vola al Palazzo delle Nazioni Unite e minaccia di abbatterlo sui delegati come punizione per aver ucciso tutti i suoi amici, senza sapere che ci sono dei sopravvissuti. I metaumani sopravvissuti arrivano, ma Norman McCay è l'unico che riesce a parlargli, puntualizzando il fatto che ciò che sta facendo in quel preciso istante è il motivo per cui gli umani temono i superumani. Castigato e vergognato, Superman cessa immediatamente la sua furia. Tenendo in mano il mantello di Capitan Marvel, tutto quel che resta dell'eroe, dice ai rappresentanti delle Nazioni Unite che userà la sua saggezza per guidare l'umanità, piuttosto che obbligarla; lega quindi il mantello di Capitan Marvel ad un'asta e l'alza tra le altre bandiere dei membri delle Nazioni Unite, suggerendo che il suo ruolo di guida sarà più di natura politica e globale che di repressione del crimine come in passato.
Epilogo
In seguito alla guerra con i metaumani, gli eroi si sforzano attivamente di diventare membri a pieno titolo della comunità da cui prima avevano scelto di separarsi, e le maschere vengono abbandonate. L'esilio di Wonder Woman dall'Isola Paradiso termina, ed ella diventa un'ambasciatrice per la superumanità, portando i sopravvissuti del Gulag sull'Isola Paradiso per la riabilitazione.
Batman abbandona la sua crociata e diventa un guaritore, aprendo la sua villa in qualità di ospedale per la cura di quelli feriti dalla distruzione del Kansas e la conseguente violenza, e si riconcilia anche con Dick Grayson e con suo figlio Ibn al Xu'ffasch. Superman lega a se stesso un gigantesco aratro e inizia l'arduo compito di ripristinare i terreni coltivati del Midwest, devastati dal Justice Battalion nel tentativo di catturare il Parassita. Addirittura viene a patti con il suo passato come Clark Kent, accettando un paio di occhiali da Wonder Woman, e la bacia prima che lei ritorni all'Isola Paradiso.
Norman McCay riprende il ruolo di pastore della sua congregazione, predicando un messaggio di speranza per l'umanità. Tra il suo gregge c'è Jim Corrigan, l'ospite umano dello Spettro.
Scena aggiunta nel Collector Edition
Al Planet Krypton, un ristorante a tema di proprietà di Michael Jon Carter, Clark e Diana intendono informare Bruce che aspettano un bambino, ma lui se ne accorge prima che lo possano informare. Diana chiederà a Bruce di essere padrino e mentore del nascituro, ed egli accetta dopo che Clark afferma di credere che Bruce influenzerà positivamente il bambino, aggiungendo che nonostante le divergenze nel corso degli anni lui ha sempre creduto in Batman. Nell'uscita dal ristorante, Bruce è l'unico ad accorgersi di Norman McCay e Jim Corrigan che pranzano, il che è strano visto che dei tre membri della "Trinità" della Justice League, Batman è l'unico a non averli mai visti.
