Il nome del comune, nel tempo, è passato attraverso le denominazioni di: Massalia, Massallia, Masalia, Massaria, Massaia, e Massaglia, mantenendo sempre quella radice massa che assume il significato di "podere". In effetti, le origini di Missaglia sono quelle di un grande podere.
Storia
Una serie di reperti archeologici riportati alla luce nei dintorni di Missaglia lasciano supporre a insediamenti in prevalenza Celtici e successivamente in epoca romana
Durante il VI secolo arrivarono sul territorio i Longobardi e da loro il territorio missagliese fu dotato di fortificazioni.
Sede plebana già dall'VIII secolo, Missaglia fu per lungo tempo a capo dell'omonima pieve, donata da Berengario del Friuli al Capitolo del duomo di Monza e successivamente in mano all'arcidiocesi di Milano. Il territorio della pieve fu più volte infeudato, in alcuni casi a familiari dei vescovi stessi come il caso di un certo Ubertino, il cui fratello era appunto arcivescovo di Milano. Nel 1491 Missaglia e tutta la pieve divennero parte del feudo delle Quattro Pievi, conferito da Ludovico il Moro a Bartolomeo Calco. Con lo scorporamento dal territorio delle Quattro Pievi, avvenuto nel 1538, Missaglia e la sua pieve passarono ai Brebbia. Nel 1647 il feudo della pieve missagliese passò alla famiglia di Paolo Sormani (distintosi durante una vittoriosa battaglia contro i francesi a Lecco nel corso dell'anno precedente), la quale vi esercitò i propri diritti feudali fino al 1796.
Gonfalone comunale
Simboli
Lo stemma attuale è stato concesso, assieme al gonfalone, con decreto del presidente della Repubblica n. 3536 del 4 giugno 1986 e riprende quello riportato dallo Stemmario Cremosano del XVII secolo, conservato presso l'Archivio di Stato di Milano.
«Bandato d'oro e di azzurro (sei pezzi), al leone attraversante sul tutto di rosso. Ornamenti esteriori da Comune.»
Il gonfalone è un drappo di rosso.
«Drappo di colore rosso caricato dell'arma sopra descritta ed ornato di ricchi fregi d'argento.»
Monastero di S. Maria della Misericordia Fondato da Michele Carcano, era dotato dell'omonima chiesa, consacrata nel 1498 dal vescovo di Sagona Guglielmo Speloncata e trasformata in magazzino nel 1797, a seguito della secolarizzazione dei beni ecclesiastici voluta da Napoleone. Dei numerosi dipinti che ornavano l'interno della chiesa, sopravvivono oggi solo una Madonna col Bambino e san Sebastiano, attribuita al Foppa, una Morte di santa, di mano morazzoniana, e alcuni quadri di Giovanni Antonio Cucchi. Le opere sono oggi conservate presso il municipio di Missaglia.
Chiesa di San Zenone, in frazione Missagliola
Oratorio di Santa Maria in Villa, ristrutturato nel XVIII secolo e restaurato nel 1942
Oratorio di Santa Croce, nell'omonima frazione di Valle
Architetture civili
Villa Sormani Marzorati Uva, con annesso l'oratorio di S. Maria in Villa
Popolazione residente - Serie storica, su esploradati.istat.it. Nota bene: il dato del 2021 si riferisce al dato del censimento permanente al 31 dicembre di quell'anno.
Annalisa Borghese, Missaglia, in Il territorio lariano e i suoi comuni, Milano, Editoriale del Drago, 1992, pp.306-307.
Luigi Mario Belloni, Renato Besana e Oleg Zastrow, Castelli basiliche e ville - Tesori architettonici lariani nel tempo, a cura di Alberto Longatti, Como - Lecco, La Provincia S.p.A. Editoriale, 1991.