1990年代の初めにはニセ486 やニセPentium が大量にアジアの闇CPU市場に出現してその対策に苦慮した。これらはリマーク品 といわれ、低性能品のセラミックパッケージ表面の型番印刷を巧みに削ぎ落として高性能品の型番を印字し直したものだった。最初に出された対策はホログラム を貼り付ける方法だったが、当時のCPUパッケージには貼りつけられるだけの余分な空間が全くなかった。その後、新たなPentiumファミリーであるPentium II ・Pentium III ・Celeron では、二次キャッシュの実装問題とリマーク品問題とを一挙に解決する方策として、CPUパッケージにS.E.C.C.（Single Edge Contact Cartridge）やS.E.P.P.（Single Edge Processor Package）が採用された。この結果、類似するリマーク品は流通しなくなった。
CPUを製造する半導体メーカーは、世界初のCPUである4004の時代から、宿命的に性能向上の手法としてクロック周波数の高速化が求められ、インテルは常に（時には求められる以上に）高速化を推し進めてきた。数百kHzの初期世代からやがてMHz、GHzで数えるまでになった。他社とのクロック競争 を常にリードしてきたインテルは、2000年前後にはクロックの物理的な限界に行き着いている自覚を持った。
現在の半導体プロセスの主流であるCMOS テクノロジーでは、クロックを高速化すると、それに完全に比例して消費電力が増大する。さらに、プロセスルールの微細化が面積当り消費電力に2乗で効いてくるので、「光速度でも1 ns（＝1 GHzでの1クロック）の時間内には30 cmしか情報を伝播できない」という物理法則の制約以前に、まずCPUダイが自らの発熱で溶ける可能性が目前の危機となった。
この問題の究極の解答として、シングルコア（単一のプロセッサコア）でのこれ以上の無理な高速化を避けて、マルチコア （複数のプロセッサコア）による並列的な動作によって性能向上を図る道を採った。デュアルコアやクアッドコアの新世代CPUによって、新たなコア数競争 の時代に突入した。
インテルは、4004から80286 まではセカンドソース としてAMD やNEC にもセカンドソース製造契約を与え、普及とリスク分散を優先したが、普及した80386 からはセカンドソース製造契約を停止した。また、インテルに出資していたIBM はi486 までは製造権を持ち独自のカスタム版を出荷していた。
セカンドソース製造契約の提出を停止した後のインテルは、CPUの半導体製造ライン（Fab）を完全な自社製造で貫き、外部契約の半導体製造会社（ファウンドリ ）には一切出していない。これは技術情報漏洩（ろうえい）防止のためだけでなく、そもそも、最高密度の製造プロセス を使ってチップ製造を行うメーカーは自社とその競合メーカーだけに限られるということが最大の理由である。すなわち、最先端を行くインテルが求めているプロセスでの製造ラインを維持することは、技術力のみならず製造販売量も世界トップであるインテル以外には不可能であり、外部の委託製造会社では最先端製造ラインの開発・建設・維持コストを負担するだけの業績が見込めないからである。半導体製造装置メーカーも常にインテルと共に新プロセス対応の新世代製造装置を開発しており、2008年12月15日から17日にかけて開催された「2008 International Electron Device Meeting」（IEDM 2008）で、2009年後半からラスト・ゲート方式HKMG（High-k 、Metal Gate：高誘電率ゲート絶縁膜とメタルゲート電極）による32 nmプロセスの量産を開始する予定と発表した。逆に、CPU以外のチップは、CPUがより新しい製造技術に移ってコストの償却が完了した旧世代の製造ラインを再利用して製造している。そのため、インテル製のチップセットやオンボードグラフィックスチップなどは、同時期のCPUに比して数世代前の仕様にて製造されている。
米インテルは1998年 6月より米連邦取引委員会 （FTC）の独占禁止法 違反に関する審理を受け、1999年 3月に和解している。日本法人は2005年 3月8日に独占禁止法違反で日本の公正取引委員会 より排除勧告を受けている。ヨーロッパでは、インテルが欧州で不当な販売方法を行っているとして欧州委員会 が2001年 から調査してきた。一時静かだった後、あらためて欧州委員会が2004年に調査を開始した。この結果、2007年 7月27日に欧州委員会は米インテルに対して欧州連合競争法 違反の疑いがあると告知した。日本と欧州連合の勧告では、CPUの販売で競合他社の製品を使わないように不当に働きかけたと指摘された。この取引に応じなかったシャープ とインテルとは、一時期ほぼ断絶状態にあった。
これに対して、インテルの法務責任者は、MPU市場は正常に機能しており、インテルの行動は適法だと確信していると発表した。一方でアドバンスト・マイクロ・デバイセズ （AMD）は、消費者やPCメーカーのためのMPU市場開放が進むだろうと今回の告知を歓迎した。
2008年 には、ニューヨーク州 が米インテルに対して独占禁止法違反の疑いがあるとして、文章や情報を求める召喚状を送付した。同社がライバルのAMDをCPU市場から閉め出すことでAMDならびに消費者・コンピューターメーカーに損害を与え、独占禁止法に違反していないかを検討するのが目的だとされる。インテルは現在PC向けプロセッサ（MPU）市場の8割近くを占有しており、こうした地位を乱用していないかが争点とされている。政府機関による同様のインテル調査は2005年 3月の日本を皮切りに、韓国、欧州の3拠点で立て続けに行われており、米国でのケースは4例目となる。
2009年 5月13日、欧州委員会はインテルに対して10億6000万ユーロの制裁金を命じた。欧州委員会の発表では、インテルは主要なコンピュータメーカーに対して働きかけ、インテルからCPUを購入することの見返りにメーカーに対してリベートを支払ったとされる。また、各小売業者に対して金銭を渡し、インテル製のCPUを搭載したコンピュータのみ販売するよう取り計らったことが指摘されている。更に、インテルはコンピュータメーカーに対して、AMD製のCPUを搭載した製品の販売差し止めや、発売延期を求め、それら製品の販売ルートに制限を加えたとされる。インテルは欧州委員会の決定内容については争うものの、同委員会の制裁措置を受け入れる意向を発表した。
2009年 11月4日、ニューヨーク州のアンドリュー・クオモ司法長官 が、インテルを独占禁止法（反トラスト法）違反の疑いで告訴した。当時、一部のコンピューターメーカーに巨額のリベートを提供する見返りとして、AMD製のCPUを使わないよう圧力をかけていたという。更に、ヒューレット・パッカード 、IBM 、デル などの主要コンピューターメーカーに対しては、AMD製のCPUを利用したパソコンやサーバなどを販売した場合は報復措置を取ると脅していたとされ、例えば当時のヒューレット・パッカードに対しては、一つでもAMD製品を利用した場合は開発中のインテル製品の一部を「引き上げる」と圧力をかけたとしている。
訴訟では、不当行為の是正、州政府機関および顧客への損害賠償 、追徴金 などを求めている。
2009年11月にインテルとAMDは和解を発表した。和解によって両社は独占禁止法やライセンスなどのすべての訴えを取り下げ、5年間の特許クロスライセンスを締結し、インテルはAMDに12億5000万ドルを支払い、不当な契約を行わないことで合意した。ただし、両社間だけの問題でない独占禁止法違反に関する調査は米連邦取引委員会や欧州委員会などの各国機関で継続される。
2009年12月16日、米連邦取引委員会 （FTC）はインテルを提訴した。同日、インテルは反論の声明を発表した。
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